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- EMDB-51559: Human monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51559
タイトルHuman monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine
マップデータMonocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine
試料
  • 複合体: Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-thyroxine
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 10
  • リガンド: 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE
キーワードL-thyroxine / Thyroid / Transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine transmembrane transporter activity / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transport / thyroid-stimulating hormone secretion / L-tryptophan transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane ...L-tyrosine transmembrane transporter activity / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transport / thyroid-stimulating hormone secretion / L-tryptophan transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / thyroid hormone generation / amino acid transport / transmembrane transporter activity / cell junction / basolateral plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocarboxylate transporter 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Coscia F / Tassinari M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101041298European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of thyroxine transport by monocarboxylate transporters.
著者: Matteo Tassinari / Giorgia Tanzi / Francesco Maggiore / Stefan Groeneweg / Ferdy S van Geest / Matthijs E T Freund / Christiaan J Stavast / Irene Boniardi / Sebastiano Pasqualato / W Edward ...著者: Matteo Tassinari / Giorgia Tanzi / Francesco Maggiore / Stefan Groeneweg / Ferdy S van Geest / Matthijs E T Freund / Christiaan J Stavast / Irene Boniardi / Sebastiano Pasqualato / W Edward Visser / Francesca Coscia /
要旨: Thyroid hormones (the common name for prohormone thyroxine and the bioactive form triiodothyronine) control major developmental and metabolic processes. Release of thyroid hormones from the thyroid ...Thyroid hormones (the common name for prohormone thyroxine and the bioactive form triiodothyronine) control major developmental and metabolic processes. Release of thyroid hormones from the thyroid gland into the bloodstream and their transport into target cells is facilitated by plasma membrane transporters, including monocarboxylate transporter (MCT)8 and the highly homologous MCT10. However, the molecular mechanism underlying thyroid hormone transport is unknown. The relevance of such transporters is illustrated in patients with MCT8 deficiency, a severe neurodevelopmental and metabolic disorder. Using cryogenic-sample electron microscopy (cryo-EM), we determined the ligand-free and thyroxine-bound human MCT8 structures in the outward-facing state and the thyroxine-bound human MCT10 in the inward-facing state. Our structural analysis revealed a network of conserved gate residues involved in conformational changes upon thyroxine binding, triggering ligand release in the opposite compartment. We then determined the structure of a folded but inactive patient-derived MCT8 mutant, indicating a subtle conformational change which explains its reduced transport activity. Finally, we report a structure of MCT8 bound to its inhibitor silychristin, locked in the outward-facing state, revealing the molecular basis of its action and specificity. Taken together, this study advances mechanistic understanding of normal and disordered thyroid hormone transport.
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 312 pix.
= 233.376 Å		0.75 Å/pix.
x 312 pix.
= 233.376 Å		0.75 Å/pix.
x 312 pix.
= 233.376 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.748 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.050612003 - 0.0867043
平均 (標準偏差)0.000068021756 (±0.0014825454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 233.376 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine - Half1

ファイルemd_51559_half_map_1.map
注釈Monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine - Half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine - Half2

ファイルemd_51559_half_map_2.map
注釈Monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine - Half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-...

全体名称: Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-thyroxine
要素
  • 複合体: Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-thyroxine
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 10
  • リガンド: 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE

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超分子 #1: Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-...

超分子名称: Monocarboxylate transporter 10 bound to anti-alfa nanobody and L-thyroxine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa

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分子 #1: Monocarboxylate transporter 10

分子名称: Monocarboxylate transporter 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.242465 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKM VLSQEEPDSA RGTSEAQPLG PAPTGAAPPP GPGPSDSPEA AVEKVEVELA GPATAEPHEP PEPPEGGWGW LVMLAAMWC NGSVFGIQNA CGVLFVSMLE TFGSKDDDKM VFKTAWVGSL SMGMIFFCCP IVSVFTDLFG CRKTAVVGAA V GFVGLMSS ...文字列:
MDYKDDDDKM VLSQEEPDSA RGTSEAQPLG PAPTGAAPPP GPGPSDSPEA AVEKVEVELA GPATAEPHEP PEPPEGGWGW LVMLAAMWC NGSVFGIQNA CGVLFVSMLE TFGSKDDDKM VFKTAWVGSL SMGMIFFCCP IVSVFTDLFG CRKTAVVGAA V GFVGLMSS SFVSSIEPLY LTYGIIFACG CSFAYQPSLV ILGHYFKKRL GLVNGIVTAG SSVFTILLPL LLRVLIDSVG LF YTLRVLC IFMFVLFLAG FTYRPLATST KDKESGGSGS SLFSRKKFSP PKKIFNFAIF KVTAYAVWAV GIPLALFGYF VPY VHLMKH VNERFQDEKN KEVVLMCIGV TSGVGRLLFG RIADYVPGVK KVYLQVLSFF FIGLMSMMIP LCSIFGALIA VCLI MGLFD GCFISIMAPI AFELVGAQDV SQAIGFLLGF MSIPMTVGPP IAGLLRDKLG SYDVAFYLAG VPPLIGGAVL CFIPS RLEE ELRRRLTEP

UniProtKB: Monocarboxylate transporter 10

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分子 #2: 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE

分子名称: 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: T44
分子量理論値: 776.87 Da
Chemical component information

ChemComp-T44:
3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン / ホルモン*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHepes
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 36610 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9500000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57707
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: blush
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: ITasser / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: model generated from PDB 7YR5
ソフトウェア名称: ISOLDE
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9gsz:
Human monocarboxylate transporter 10 bound to L-thyroxine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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