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万見
- EMDB-5154: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5154
タイトルNegative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis chaperonin beta.
マップデータThis is the negative stain microscopy reconstruction of the recombinant thermosome beta from Acidianus tengchongensis
試料
  • 試料: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis chaperonin beta
  • タンパク質・ペプチド: rATcpn-beta
キーワードrATcpn-beta / Group II chaperonin / Thermosome
生物種Acidianus tengchongensis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Huo Y / Hu Z / Zhang K / Wang L / Zhai Y / Zhou Q / Lander G / Zhu J / He Y / Pang X ...Huo Y / Hu Z / Zhang K / Wang L / Zhai Y / Zhou Q / Lander G / Zhu J / He Y / Pang X / Xu W / Bartlam M / Dong Z / Sun F
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of group II chaperonin in the open state.
著者: Yanwu Huo / Zhongjun Hu / Kai Zhang / Li Wang / Yujia Zhai / Qiangjun Zhou / Gabe Lander / Jiang Zhu / Yongzhi He / Xiaoyun Pang / Wei Xu / Mark Bartlam / Zhiyang Dong / Fei Sun /
要旨: Thermosomes are group II chaperonins responsible for protein refolding in an ATP-dependent manner. Little is known regarding the conformational changes of thermosomes during their functional cycle ...Thermosomes are group II chaperonins responsible for protein refolding in an ATP-dependent manner. Little is known regarding the conformational changes of thermosomes during their functional cycle due to a lack of high-resolution structure in the open state. Here, we report the first complete crystal structure of thermosome (rATcpnβ) in the open state from Acidianus tengchongensis. There is a ∼30° rotation of the apical and lid domains compared with the previous closed structure. Besides, the structure reveals a conspicuous hydrophobic patch in the lid domain, and residues locating in this patch are conserved across species. Both the closed and open forms of rATcpnβ were also reconstructed by electron microscopy (EM). Structural fitting revealed the detailed conformational change from the open to the closed state. Structural comparison as well as protease K digestion indicated only ATP binding without hydrolysis does not induce chamber closure of thermosome.
履歴
登録2009年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年8月4日-
マップ公開2010年10月21日-
更新2010年10月21日-
現状2010年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5154_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the negative stain microscopy reconstruction of the recombinant thermosome beta from Acidianus tengchongensis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.15 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.57348 - 4.7008
平均 (標準偏差)0.0479447 (±0.477139)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-800-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 320 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.5734.7010.048

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis cha...

全体名称: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis chaperonin beta
要素
  • 試料: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis chaperonin beta
  • タンパク質・ペプチド: rATcpn-beta

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超分子 #1000: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis cha...

超分子名称: Negative stain EM of the recombinant Acidianus tengchongensis chaperonin beta
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: octadecamer / Number unique components: 18
分子量実験値: 1.08 MDa / 理論値: 1.08 MDa

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分子 #1: rATcpn-beta

分子名称: rATcpn-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: chaperonin beta / コピー数: 18 / 集合状態: 18mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Acidianus tengchongensis (古細菌) / 株: S5 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 1.08 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET23b

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 4% w/v uranyl acetate for 25 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh gold grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 100 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 70000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細The particles were selected by hand.
CTF補正詳細: each photo
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 2328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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