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- EMDB-51513: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with anti-CRISPR protein (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51513
タイトルPbuCas13b Helical-2 domain in complex with anti-CRISPR protein (AcrVIB1)
マップデータ
試料
  • 複合体: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1
    • タンパク質・ペプチド: PbuCas13b Helical-2 domain
    • タンパク質・ペプチド: AcrVIB1
キーワードAcrVIB1 / anti-CRISPR protein / Cas13b / RNA BINDING PROTEIN
生物種Segatella buccae (バクテリア) / Riemerella anatipestifer (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.11 Å
データ登録者Schmelz S / Lukat P / Blankenfeldt W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: AcrVIB1 inhibits CRISPR-Cas13b immunity by promoting unproductive crRNA binding accessible to RNase attack.
著者: Katharina G Wandera / Stefan Schmelz / Angela Migur / Anuja Kibe / Peer Lukat / Tatjana Achmedov / Neva Caliskan / Wulf Blankenfeldt / Chase L Beisel /
要旨: Anti-CRISPR proteins (Acrs) inhibit CRISPR-Cas immune defenses, with almost all known Acrs acting on the Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex. Here, we show that AcrVIB1 from ...Anti-CRISPR proteins (Acrs) inhibit CRISPR-Cas immune defenses, with almost all known Acrs acting on the Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex. Here, we show that AcrVIB1 from Riemerella anatipestifer, the only known Acr against Cas13b, principally acts upstream of RNP complex formation by promoting unproductive crRNA binding followed by crRNA degradation. AcrVIB1 tightly binds to Cas13b but not to the Cas13b-crRNA complex, resulting in enhanced rather than blocked crRNA binding. However, the more tightly bound crRNA does not undergo processing and fails to activate collateral RNA cleavage even with target RNA. The bound crRNA is also accessible to RNases, leading to crRNA turnover in vivo even in the presence of Cas13b. Finally, cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures reveal that AcrVIB1 binds a helical domain of Cas13b responsible for securing the crRNA, keeping the domain untethered. These findings reveal an Acr that converts an effector nuclease into a crRNA sink to suppress CRISPR-Cas defense.
履歴
登録2024年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 150 pix.
= 136.5 Å		0.91 Å/pix.
x 150 pix.
= 136.5 Å		0.91 Å/pix.
x 150 pix.
= 136.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.3681377 - 0.5439884
平均 (標準偏差)0.00037651608 (±0.024136078)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 136.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51513_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51513_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1

全体名称: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1
要素
  • 複合体: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1
    • タンパク質・ペプチド: PbuCas13b Helical-2 domain
    • タンパク質・ペプチド: AcrVIB1

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超分子 #1: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1

超分子名称: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with AcrVIB1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Segatella buccae (バクテリア)

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分子 #1: PbuCas13b Helical-2 domain

分子名称: PbuCas13b Helical-2 domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: PbuCas13b Helical-2 domain (residues 579 - 747) / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Segatella buccae (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GGGRRCKDMG KEAE RKIGE MIDDTQRRLD LLCKQTNQKI RIGKRNAGLL KSGKI ADWL VNDMMRFQPV QKDQNNIPIN NSKANSTEYR MLQRAL ALF GSENFRLKAY FNQMNLVGND NPHPFLAETQ WEHQTNI LS FYRNYLEARK KYLKGLKPQN WKQYQHFLIL KVQKCNR

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分子 #2: AcrVIB1

分子名称: AcrVIB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Riemerella anatipestifer (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GGGRMKDLDL SKLKGEEIAQ WLLNNKKA T AIQLSSERTD TDDGFMHILV HKDEYVEIIY SYLKIDEDD VMQNFTIYSK RWGNIDNSYF ELQTFEGEIF TGESDKILCG VLSLGDLTT LK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM HEPES pH7.5 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 100 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The SEC co-purified complex of PbuCas13b_ Helical-2:AcrVIB1 was diluted to 0.1 mg/ml and used for grid preparation

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: EPU (ver. 3.3.1.5184)
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 10707 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: insilco model generated with cryoSPARC in C1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3) / 使用した粒子像数: 1078020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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