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タイトルAcrVIB1 inhibits CRISPR-Cas13b immunity by promoting unproductive crRNA binding accessible to RNase attack.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 85, Issue 6, Page 1162-11175.e7, Year 2025
掲載日2025年3月20日
著者Katharina G Wandera / Stefan Schmelz / Angela Migur / Anuja Kibe / Peer Lukat / Tatjana Achmedov / Neva Caliskan / Wulf Blankenfeldt / Chase L Beisel /
PubMed 要旨Anti-CRISPR proteins (Acrs) inhibit CRISPR-Cas immune defenses, with almost all known Acrs acting on the Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex. Here, we show that AcrVIB1 from ...Anti-CRISPR proteins (Acrs) inhibit CRISPR-Cas immune defenses, with almost all known Acrs acting on the Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex. Here, we show that AcrVIB1 from Riemerella anatipestifer, the only known Acr against Cas13b, principally acts upstream of RNP complex formation by promoting unproductive crRNA binding followed by crRNA degradation. AcrVIB1 tightly binds to Cas13b but not to the Cas13b-crRNA complex, resulting in enhanced rather than blocked crRNA binding. However, the more tightly bound crRNA does not undergo processing and fails to activate collateral RNA cleavage even with target RNA. The bound crRNA is also accessible to RNases, leading to crRNA turnover in vivo even in the presence of Cas13b. Finally, cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures reveal that AcrVIB1 binds a helical domain of Cas13b responsible for securing the crRNA, keeping the domain untethered. These findings reveal an Acr that converts an effector nuclease into a crRNA sink to suppress CRISPR-Cas defense.
リンクMol Cell / PubMed:39965569
手法EM (単粒子)
解像度3.09 - 5.11 Å
構造データ

50322

9fcv

EMDB-50322, PDB-9fcv:
Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-51509: PbuCas13b-crRNA complex, open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.23 Å

EMDB-51513: PbuCas13b Helical-2 domain in complex with anti-CRISPR protein (AcrVIB1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.11 Å

由来
  • segatella buccae (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • Riemerella anatipestifer (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / AcrVIB1; anti-CRISPR protein; Cas13b

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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