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- EMDB-51355: Staphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Esch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51355
タイトルStaphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:LSU)
マップデータLocal filtered map
試料
  • 複合体: Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes
    • 複合体: FusB
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: mRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 48種
      • RNA: x 4種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードRIBOSOME / fusidic acid / EF-G / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A ...Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Far1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gonzalez-Lopez A / Selmer M
資金援助 スウェーデン, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Sven och Lilly Lawskis fond for naturvetenskaplig forskning スウェーデン
Uppsala Antibiotic Center スウェーデン
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Swedish Research Council2022-04511 スウェーデン
iNEXT-Discovery26535European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of FusB-mediated rescue from fusidic acid inhibition of protein synthesis.
著者: Adrián González-López / Xueliang Ge / Daniel S D Larsson / Carina Sihlbom Wallem / Suparna Sanyal / Maria Selmer /
要旨: The antibiotic resistance protein FusB rescues protein synthesis from inhibition by fusidic acid (FA), which locks elongation factor G (EF-G) to the ribosome after GTP hydrolysis. Here, we present ...The antibiotic resistance protein FusB rescues protein synthesis from inhibition by fusidic acid (FA), which locks elongation factor G (EF-G) to the ribosome after GTP hydrolysis. Here, we present time-resolved single-particle cryo-EM structures explaining the mechanism of FusB-mediated rescue. FusB binds to the FA-trapped EF-G on the ribosome, causing large-scale conformational changes of EF-G that break interactions with the ribosome, tRNA, and mRNA. This leads to dissociation of EF-G from the ribosome, followed by FA release. We also observe two independent binding sites of FusB on the classical-state ribosome, overlapping with the binding site of EF-G to each of the ribosomal subunits, yet not inhibiting tRNA delivery. The affinity of FusB to the ribosome and the concentration of FusB in S. aureus during FusB-mediated resistance support that direct binding of FusB to ribosomes could occur in the cell. Our results reveal an intricate resistance mechanism involving specific interactions of FusB with both EF-G and the ribosome, and a non-canonical release pathway of EF-G.
履歴
登録2024年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51355.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 388.68 Å		0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 388.68 Å		0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 388.68 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6478 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.38209844 - 0.7939404
平均 (標準偏差)0.0017168497 (±0.018783169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 388.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51355_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_51355_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_51355_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_51355_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes

全体名称: Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes
要素
  • 複合体: Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes
    • 複合体: FusB
      • タンパク質・ペプチド: Far1
    • 複合体: mRNA
      • RNA: mRNA
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
      • RNA: tRNA
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
  • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes

超分子名称: Staphylococcus aureus EF-G on 70S ribosomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#40, #42-#55
分子量理論値: 2.5 MDa

+
超分子 #2: FusB

超分子名称: FusB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #28
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
超分子 #3: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
超分子 #4: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#27, #29-#40, #42-#55
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 26.78167 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 26.031316 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 20.055156 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRWLSL R SFSHQAGA SSKQPALGYL N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.871959 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPH(IAS) GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.814249 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVK(D2T) LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.60656 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.455355 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #27: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #28: Far1

分子名称: Far1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 25.225125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKTMIYPHQY NYIRSVILRL KNVYKTVNDK ETVKVIQSET YNDINEIFGH IDDDIEESLK VLMNIRLSNK EIEAILNKFL EYVVPFELP SPQKLQKVFK KVKKIKIPQF EEYDLKVSSF VGWNELASNR KYIIYYDEKK QLKGLYGEIS NQVVKGFCTI C NKESNVSL ...文字列:
MKTMIYPHQY NYIRSVILRL KNVYKTVNDK ETVKVIQSET YNDINEIFGH IDDDIEESLK VLMNIRLSNK EIEAILNKFL EYVVPFELP SPQKLQKVFK KVKKIKIPQF EEYDLKVSSF VGWNELASNR KYIIYYDEKK QLKGLYGEIS NQVVKGFCTI C NKESNVSL FMKKSKTNSD GQYVKKGDYI CRDSIHCNKQ LTDINQFYNF IDKLD

UniProtKB: Far1

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.291562 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG KKMAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.329343 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)(MS6)GKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #53: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #55: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #6: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.889855 KDa
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAAUGGC AAAA

+
分子 #7: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 503.697875 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GCCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(G7M)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCACCUCCUU ACCUUAAAGA AGC

GENBANK: GENBANK: CP122880.1

+
分子 #29: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 24.802785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGGUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

GENBANK: GENBANK: AP023205.1

+
分子 #30: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 950.257 KDa
配列文字列: GGGUUGUGAG GUUAAGCGAC UAAGCGUACA CGGUGGAUGC CCUGGCAGUC AGAGGCGAUG AAGGACGUGC UAAUCUGCGA UAAGCGUCG GUAAGGUGAU AUGAACCGUU AUAACCGGCG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGUGUGUUUC GACACACUAU C AUUAACUG ...文字列:
GGGUUGUGAG GUUAAGCGAC UAAGCGUACA CGGUGGAUGC CCUGGCAGUC AGAGGCGAUG AAGGACGUGC UAAUCUGCGA UAAGCGUCG GUAAGGUGAU AUGAACCGUU AUAACCGGCG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGUGUGUUUC GACACACUAU C AUUAACUG AAUCCAUAGG UUAAUGAGGC GAACCGGGGG AACUGAAACA UCUAAGUACC CCGAGGAAAA GAAAUCAACC GA GAUUCCC CCAGUAGCGG CGAGCGAACG GGGAGCAGCC CAGAGCCUGA AUCAGUGUGU GUGUUAGUGG AAGCGUCUGG AAA GGCGCG CGAUACAGGG UGACAGCCCC GUACACAAAA AUGCACAUGC UGUGAGCUCG AUGAGUAGGG CGGGACACGU GGUA UCCUG UCUGAAUAUG GGGGGACCAU CCUCCAAGGC UAAAUACUCC UGACUGACCG AUAGUGAACC AGUACCGUGA GGGAA AGGC GAAAAGAACC CCGGCGAGGG GAGUGAAAAA GAACCUGAAA CCGUGUACGU ACAAGCAGUG GGAGCACGCU UAGGCG UGU GACUGCGUAC CUUUUGUAUA AUGGGUCAGC GACUUAUAUU CUGUAGCAAG GUUAACCGAA UAGGGGAGCC GAAGGGA AA CCGAGUCUUA ACUGGGCGUU AAGUUGCAGG GUAUAGACCC GAAACCCGGU GAUCUAGCCA UGGGCAGGUU GAAGGUUG G GUAACACUAA CUGGAGGACC GAACCGACUA AU(1MG)(PSU)(5MU)GAAAA AUUAGCGGAU GACUUGUGGC UGGGGGU GA AAGGCCAAUC AAACCGGGAG AUAGCUGGUU CUCCCCGAAA GCUAUUUAGG UAGCGCCUCG UGAAUUCAUC UCCGGGGG U AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCCC GACUUACCAA CCCGAUGCAA ACUGCGAAUA CCGGAGAAUG UUAUCACGG GAGACACACG GCGGG(PSU)GCUA ACGUCCGUCG UGAAGAGGGA AACAACCCAG ACCGCCAGCU AAGGUCCCAA AGUCAU GGU UAAGUGGGAA ACGAUGUGGG AAGGCCCAGA CAGCCAGGAU GUUGGCUUAG AAGCAGCCAU CAUUUAAAGA AAGCGUA AU AGCUCACUGG UCGAGUCGGC CUGCGCGGAA GAUGUAACGG GGCUAAACCA UGCACCGAAG CUGCGGCAGC GACGCUUA U GCGUUGUUGG GUAGGGGAGC GUUCUGUAAG CCUGCGAAGG UGUGCUGUGA GGCAUGCUGG AGGUAUCAGA AGUGCGAAU GCUGACAUAA GUAACGAUAA AGCGGGUGAA AAGCCCGCUC GCCGGAAGAC CAAGGGUUCC UGUCCAACGU UAAUCGGGGC AGGGUGAGU CGACCCCUAA GGCGAGGCCG AAAGGCGUAG UCGAUGGGAA ACAGGUUAAU AUUCCUGUAC UUGGUGUUAC U GCGAAGGG GGGACGGAGA AGGCUAUGUU GGCCGGGCGA CGGUUGUCCC GGUUUAAGCG UGUAGGCUGG UUUUCCAGGC AA AUCCGGA AAAUCAAGGC UGAGGCGUGA UGACGAGGCA CUACGGUGCU GAAGCAACAA AUGCCCUGCU UCCAGGAAAA GCC UCUAAG CAUCAGGUAA CAUCAAAUCG UACCCCAAAC CGACAC(6MZ)GGU GGUCAGGUAG AGAAUACCAA GGCGCUUGAG AGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUAA CUUCGGGAGA AGGCACGCUG AUAUGUAGGU GAGGUCCCUC G CGGAUGGA GCUGAAAUCA GUCGAAGAUA CCAGCUGGCU GCAACUGUUU AUUAAAAACA CAGCACUGUG CAAACACGAA AG UGGACGU AUACGGUGUG ACGCCU(2MG)CCC GGUGCCGGAA GGUUAAUUGA UGGGGUUAGC GCAAGCGAAG CUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAAACGGCGG CCG(PSU)AAC(3TD)A(PSU) AACGGUCCUA AGGUAGCGAA A(5MU)UCCUUGUC GGGU AAGUU CCGAC(5MC)UGCA CGAAUGGCGU AAUGAUGGCC AGGCUGUCUC CACCCGAGAC UCAGUGAAAU UGAACUCGCU G UG(6MZ)AGAUG CAGUGUACCC GCGGCAAGAC GGAAAGACCC CGU(G7M)AACCUU UACUAUAGCU UGACACUGAA CAUU GAGCC UUGAUGUGUA GGAUAGGUGG GAGGCUUUGA AGUGUGGACG CCAGUCUGCA UGGAGCCGAC CUUGAAAUAC CACCC UUUA AUGUUUGAUG UUCUAACGUU GACCCGUAAU CCGGGUUGCG GACAGUGUCU GGUGGGUAGU UUGACUG(OMG)GG CG GUCUCCU CCUAAAGAGU AACGGAGGAG CACGAAGGUU GGCUAAUCCU GGUCGGACAU CAGGAGGUUA GUGCAAUGGC AUA AGCCAG CUUGACUGCG AGCGUGACGG CGCGAGCAGG UGCGAAAGCA GGUCAUAGUG AUCCGGUGGU UCUGAAUGGA AGGG CCAUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC UCCG(2MG)GGA(H2U)A ACAGGC(PSU)GAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GAC GGCGGU GUUUGGCA(OMC)C UCG(2MA)(PSU)GUCGG CUCAUCACAU CCUGGGGCUG AAGUAGGUCC CAAGGGUAUG GC (OMU)GUUCGC CAUUUAAAGU GGUACGCGAG C(PSU)GGGUUUAG AACGUCGUGA GACAG(PSU)(PSU)CGG UCCCUAU CU GCCGUGGGCG CUGGAGAACU GAGGGGGGCU GCUCCUAGUA CGAGAGGACC GGAGUGGACG CAUCACUGGU GUUCGGGU U GUCAUGCCAA UGGCACUGCC CGGUAGCUAA AUGCGGAAGA GAUAAGUGCU GAAAGCAUCU AAGCACGAAA CUUGCCCCG AGAUGAGUUC UCCCUGACCC UUUAAGGGUC CUGAAGGAAC GUUGAAGACG ACGACGUUGA UAGGCCGGGU GUGUAAGCGC AGCGAUGCG UUGAGCUAAC CGGUACUAAU GAACCGUGAG GCUUAACCUU ACAACGCCGA AGCUGUU

+
分子 #31: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 38.483926 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA

GENBANK: GENBANK: CP028306.1

+
分子 #56: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #57: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 112 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #58: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 303 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES-KOH
95.0 mMKClPotassium chloride
5.0 mMNH4ClAmmonium chloride
5.0 mMMg(OAc)2Magnesium acetate
0.5 mMCaCl2Calcium chloride
8.0 mM(CH2)4(NH2)2Putrescine
1.0 mMC7H19N3Spermidine
0.4 mMC33H50O6NaFusidic acid
5.0 mMC2H6OSBeta-Mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32937 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 45.47 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3613403
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 29766
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 20 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8p2h

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelchanged to chain W

9ghe

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9ghf:
Staphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:LSU)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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