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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-51241 | |||||||||
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タイトル | Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. | |||||||||
マップデータ | Composite map of hexasome-nucleosome complex SHN103 bound by Chd1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | chromatin / remodeling / transcription / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / rDNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / SAGA complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / rDNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / SAGA complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / sister chromatid cohesion / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / ATP-dependent activity, acting on DNA / methylated histone binding / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Engeholm M / Roske JJ / Oberbeckmann E / Dienemann C / Lidschreiber M / Cramer P / Farnung L | |||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Resolution of transcription-induced hexasome-nucleosome complexes by Chd1 and FACT. 著者: Maik Engeholm / Johann J Roske / Elisa Oberbeckmann / Christian Dienemann / Michael Lidschreiber / Patrick Cramer / Lucas Farnung / 要旨: To maintain the nucleosome organization of transcribed genes, ATP-dependent chromatin remodelers collaborate with histone chaperones. Here, we show that at the 5' ends of yeast genes, RNA polymerase ...To maintain the nucleosome organization of transcribed genes, ATP-dependent chromatin remodelers collaborate with histone chaperones. Here, we show that at the 5' ends of yeast genes, RNA polymerase II (RNAPII) generates hexasomes that occur directly adjacent to nucleosomes. The resulting hexasome-nucleosome complexes are then resolved by Chd1. We present two cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex before and after restoration of the missing inner H2A/H2B dimer by FACT. Chd1 uniquely interacts with the complex, positioning its ATPase domain to shift the hexasome away from the nucleosome. In the absence of the inner H2A/H2B dimer, its DNA-binding domain (DBD) packs against the ATPase domain, suggesting an inhibited state. Restoration of the dimer by FACT triggers a rearrangement that displaces the DBD and stimulates Chd1 remodeling. Our results demonstrate how chromatin remodelers interact with a complex nucleosome assembly and suggest how Chd1 and FACT jointly support transcription by RNAPII. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_51241.map.gz | 263.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-51241-v30.xml emd-51241.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_51241.png | 106.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-51241.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51241 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51241 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_51241_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_51241_full_validation.pdf.gz | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_51241_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_51241_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51241 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51241 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_51241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of hexasome-nucleosome complex SHN103 bound by Chd1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad d...
+超分子 #1: Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad d...
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A type 1
+分子 #4: Histone H2B 1.1
+分子 #7: Chromo domain-containing protein 1
+分子 #5: DNA (261-MER)
+分子 #6: DNA (261-MER)
+分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #9: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26819 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |