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万見
- EMDB-5124: Cryo-EM of Rift Valley fever virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5124
タイトルCryo-EM of Rift Valley fever virus
マップデータthis is RVFV map in 2-fold orientation
試料
  • 試料: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
キーワードcryo-electron microscopy / single particle averaging / Rift valley fever / bunyaviridae / inter-capsomer contacts
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Sherman MB / Freiberg AN / Holbrook AM / Watowich SJ
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2009
タイトル: Single-particle cryo-electron microscopy of Rift Valley fever virus.
著者: Michael B Sherman / Alexander N Freiberg / Michael R Holbrook / Stanley J Watowich /
要旨: Rift Valley fever virus (RVFV; Bunyaviridae; Phlebovirus) is an emerging human and veterinary pathogen causing acute hepatitis in ruminants and has the potential to cause hemorrhagic fever in humans. ...Rift Valley fever virus (RVFV; Bunyaviridae; Phlebovirus) is an emerging human and veterinary pathogen causing acute hepatitis in ruminants and has the potential to cause hemorrhagic fever in humans. We report a three-dimensional reconstruction of RVFV vaccine strain MP-12 (RVFV MP-12) by cryo-electron microcopy using icosahedral symmetry of individual virions. Although the genomic core of RVFV MP-12 is apparently poorly ordered, the glycoproteins on the virus surface are highly symmetric and arranged on a T=12 icosahedral lattice. Our RVFV MP-12 structure allowed clear identification of inter-capsomer contacts and definition of possible glycoprotein arrangements within capsomers. This structure provides a detailed model for phleboviruses, opens new avenues for high-resolution structural studies of the bunyavirus family, and aids the design of antiviral diagnostics and effective subunit vaccines.
#1: ジャーナル: J.VIROL. / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional organization of Rift Valley fever virus revealed by cryoelectron tomography
著者: Freiberg AN / Sherman MB / Morais MC / Holbrook MR / Watowich SJ
履歴
登録2009年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年7月24日-
マップ公開2009年7月24日-
更新2011年7月8日-
現状2011年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5124_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 341.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is RVFV map in 2-fold orientation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 451 pix.
= 1353. Å		3 Å/pix.
x 451 pix.
= 1353. Å		3 Å/pix.
x 451 pix.
= 1353. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 7.3
最小 - 最大-26.283200000000001 - 37.412500000000001
平均 (標準偏差)0.675954 (±6.08815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-225-225-225
サイズ451451451
Spacing451451451
セルA=B=C: 1353 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z451451451
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1353.0001353.0001353.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-225-225
NC/NR/NS451451451
D min/max/mean-26.28337.4120.676

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12

全体名称: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12
要素
  • 試料: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

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超分子 #1000: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12

超分子名称: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse sample / 集合状態: single virions / Number unique components: 8

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超分子 #1: Rift Valley fever virus

超分子名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RVFV / 詳細: 100 nm particles / NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RVFV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッド詳細: 200 mesh copper Qauntifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: pneumatic plunger / 手法: blot 2 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 99 K / 最高: 99 K / 平均: 99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2007年11月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 93 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PFT / 詳細: Final map calculated from 108 particles / 使用した粒子像数: 108
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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