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- EMDB-51218: E.coli gyrase holocomplex with 217 bp chirally wrapped DNA (conse... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51218
タイトルE.coli gyrase holocomplex with 217 bp chirally wrapped DNA (consensus map)
マップデータConsensus map
試料
  • 複合体: Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment
    • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit B
    • DNA: Mu217 DNA fragment
    • DNA: Mu217 DNA fragment
キーワードDNA gyrase / type II topoisomerase / supercoiling / DNA crossover / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus ...negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage Mu (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Michalczyk E / Ghilarov D
資金援助 英国, ポーランド, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust221868/Z/20/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ1/02898 ポーランド
引用ジャーナル: Proceedings of the National Academy of Sciences USA
年: 2024
タイトル: Structure of Escherichia coli DNA gyrase with chirally wrapped DNA supports ratchet-and-pawl mechanism for an ATP-powered supercoiling motor
著者: Michalczyk E / Pakosz-Stepien Z / Liston J / Gittins O / Pabis M / Heddle JG / Ghilarov D
履歴
登録2024年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.112217166 - 0.4625476
平均 (標準偏差)0.000013008056 (±0.006222079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51218_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51218_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment

全体名称: Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment
要素
  • 複合体: Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment
    • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit B
    • DNA: Mu217 DNA fragment
    • DNA: Mu217 DNA fragment

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超分子 #1: Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment

超分子名称: Ternary complex of E.coli DNA gyrase with 217 bp linear dsDNA fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655

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分子 #1: DNA gyrase subunit A

分子名称: DNA gyrase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Gyrase subunit A / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTIV RMAQPFSLRY MLVDGQGNFG SIDGDSAAAM RYTEIRLAKI AHELMADLEK ETVDFVDNYD GTEKIPDVMP TKIPNLLVNG ...文字列:
SSDLAREITP VNIEEELKSS YLDYAMSVIV GRALPDVRDG LKPVHRRVLY AMNVLGNDWN KAYKKSARVV GDVIGKYHPH GDSAVYDTIV RMAQPFSLRY MLVDGQGNFG SIDGDSAAAM RYTEIRLAKI AHELMADLEK ETVDFVDNYD GTEKIPDVMP TKIPNLLVNG SSGIAVGMAT NIPPHNLTEV INGCLAYIDD EDISIEGLME HIPGPDFPTA AIINGRRGIE EAYRTGRGKV YIRARAEVEV DAKTGRETII VHEIPYQVNK ARLIEKIAEL VKEKRVEGIS ALRDESDKDG MRIVIEVKRD AVGEVVLNNL YSQTQLQVSF GINMVALHHG QPKIMNLKDI IAAFVRHRRE VVTRRTIFEL RKARDRAHIL EALAVALANI DPIIELIRHA PTPAEAKTAL VANPWQLGNV AAMLERAGDD AARPEWLEPE FGVRDGLYYL TEQQAQAILD LRLQKLTGLE HEKLLDEYKE LLDQIAELLR ILGSADRLME VIREELELVR EQFGDKRRTE ITANSADINL EDLITQEDVV VTLSHQGYVK YQPLSEYEAQ RRGGKGKSAA RIKEEDFIDR LLVANTHDHI LCFSSRGRVY SMKVYQLPEA TRGARGRPIV NLLPLEQDER ITAILPVTEF EEGVKVFMAT ANGTVKKTVL TEFNRLRTAG KVAIKLVDGD ELIGVDLTSG EDEVMLFSAE GKVVRFKESS VRAMGCNTTG VRGIRLGEGD KVVSLIVPRG DGAILTATQN GYGKRTAVAE YPTKSRATKG VISIKVTERN GLVVGAVQVD DCDQIMMITD AGTLVRTRVS EISIVGRNTQ GVILIRTAED ENVVGLQRVA EPVDEEDLDT IDGSAAEGDD EIAPEVDVDD EPEEELEVLF Q

UniProtKB: DNA gyrase subunit A

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分子 #3: DNA gyrase subunit B

分子名称: DNA gyrase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGVS AAEVIMTVLH AGGKFDDNSY KVSGGLHGVG VSVVNALSQK LELVIQREGK IHRQIYEHGV PQAPLAVTGE TEKTGTMVRF ...文字列:
GPSNSYDSSS IKVLKGLDAV RKRPGMYIGD TDDGTGLHHM VFEVVDNAID EALAGHCKEI IVTIHADNSV SVQDDGRGIP TGIHPEEGVS AAEVIMTVLH AGGKFDDNSY KVSGGLHGVG VSVVNALSQK LELVIQREGK IHRQIYEHGV PQAPLAVTGE TEKTGTMVRF WPSLETFTNV TEFEYEILAK RLRELSFLNS GVSIRLRDKR DGKEDHFHYE GGIKAFVEYL NKNKTPIHPN IFYFSTEKDG IGVEVALQWN DGFQENIYCF TNNIPQRDGG THLAGFRAAM TRTLNAYMDK EGYSKKAKVS ATGDDAREGL IAVVSVKVPD PKFSSQTKDK LVSSEVKSAV EQQMNELLAE YLLENPTDAK IVVGKIIDAA RAREAARRAR EMTRRKGALD LAGLPGKLAD CQERDPALSE LYLVEGDSAG GSAKQGRNRK NQAILPLKGK ILNVEKARFD KMLSSQEVAT LITALGCGIG RDEYNPDKLR YHSIIIMTDA DVDGSHIRTL LLTFFYRQMP EIVERGHVYI AQPPLYKVKK GKQEQYIKDD EAMDQYQISI ALDGATLHTN ASAPALAGEA LEKLVSEYNA TQKMINRMER RYPKAMLKEL IYQPTLTEAD LSDEQTVTRW VNALVSELND KEQHGSQWKF DVHTNAEQNL FEPIVRVRTH GVDTDYPLDH EFITGGEYRR ICTLGEKLRG LLEEDAFIER GERRQPVASF EQALDWLVKE SRRGLSIQRY KGLGEMNPEQ LWETTMDPES RRMLRVTVKD AIAADQLFTT LMGDAVEPRR AFIEENALKA ANIDIENLYF Q

UniProtKB: DNA gyrase subunit B

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分子 #4: Mu217 DNA fragment

分子名称: Mu217 DNA fragment / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
配列文字列: ACTGGAGAAA GAAAGTGAAA GGAAGATAAA ACGGGATTCA TACACCGTTA AATACCGGTT TAAAAATCCC GTGGCGCGTT TTAAAAAATC TGTGCGGGTG ATTTTATGCC TGATTCTGTT TATTGCCTCA GAGCGGCGCT GACGCGTTTT CTGATGGCAT CAAAAATTTC ...文字列:
ACTGGAGAAA GAAAGTGAAA GGAAGATAAA ACGGGATTCA TACACCGTTA AATACCGGTT TAAAAATCCC GTGGCGCGTT TTAAAAAATC TGTGCGGGTG ATTTTATGCC TGATTCTGTT TATTGCCTCA GAGCGGCGCT GACGCGTTTT CTGATGGCAT CAAAAATTTC CTGTTCCCCG GTCTTATCCA GCCCCATATA AGGACGCGCA GGAA

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分子 #5: Mu217 DNA fragment

分子名称: Mu217 DNA fragment / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
配列文字列: TTCCTGCGCG TCCTTATATG GGGCTGGATA AGACCGGGGA ACAGGAAATT TTTGATGCCA TCAGAAAACG CGTCAGCGCC GCTCTGAGGC AATAAACAGA ATCAGGCATA AAATCACCCG CACAGATTTT TTAAAACGCG CCACGGGATT TTTAAACCGG TATTTAACGG ...文字列:
TTCCTGCGCG TCCTTATATG GGGCTGGATA AGACCGGGGA ACAGGAAATT TTTGATGCCA TCAGAAAACG CGTCAGCGCC GCTCTGAGGC AATAAACAGA ATCAGGCATA AAATCACCCG CACAGATTTT TTAAAACGCG CCACGGGATT TTTAAACCGG TATTTAACGG TGTATGAATC CCGTTTTATC TTCCTTTCAC TTTCTTTCTC CAGT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 41.84 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 170369
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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