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万見
- EMDB-5114: BK channel with membrane density subtracted -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5114
タイトルBK channel with membrane density subtracted
マップデータSurface rendering of the inside-out BK channel map with membrane density subtracted. The mesh shows a membrane-patch difference map.
試料
  • 試料: hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes.
  • タンパク質・ペプチド: hSlo
キーワードPotassium channel
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Wang L / Sigworth FJ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure of the BK potassium channel in a lipid membrane from electron cryomicroscopy.
著者: Liguo Wang / Fred J Sigworth /
要旨: A long-sought goal in structural biology has been the imaging of membrane proteins in their membrane environments. This goal has been achieved with electron crystallography in those special cases ...A long-sought goal in structural biology has been the imaging of membrane proteins in their membrane environments. This goal has been achieved with electron crystallography in those special cases where a protein forms highly ordered arrays in lipid bilayers. It has also been achieved by NMR methods in proteins up to 50 kilodaltons (kDa) in size, although milligram quantities of protein and isotopic labelling are required. For structural analysis of large soluble proteins in microgram quantities, an increasingly powerful method that does not require crystallization is single-particle reconstruction from electron microscopy of cryogenically cooled samples (electron cryomicroscopy (cryo-EM)). Here we report the first single-particle cryo-EM study of a membrane protein, the human large-conductance calcium- and voltage-activated potassium channel (BK), in a lipid environment. The new method is called random spherically constrained (RSC) single-particle reconstruction. BK channels, members of the six-transmembrane-segment (6TM) ion channel family, were reconstituted at low density into lipid vesicles (liposomes), and their function was verified by a potassium flux assay. Vesicles were also frozen in vitreous ice and imaged in an electron microscope. From images of 8,400 individual protein particles, a three-dimensional (3D) reconstruction of the BK channel and its membrane environment was obtained at a resolution of 1.7-2.0 nm. Not requiring the formation of crystals, the RSC approach promises to be useful in the structural study of many other membrane proteins as well.
履歴
登録2009年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年7月31日-
マップ公開2009年7月31日-
更新2009年9月10日-
現状2009年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5114_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendering of the inside-out BK channel map with membrane density subtracted. The mesh shows a membrane-patch difference map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.53 Å/pix.
x 96 pix.
= 243.206 Å		2.53 Å/pix.
x 96 pix.
= 243.206 Å		2.53 Å/pix.
x 96 pix.
= 243.206 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5334 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.229 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-0.295631 - 1.02224
平均 (標準偏差)0.0202579 (±0.120427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 243.206 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.53339583333332.53339583333332.5333958333333
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.206243.206243.206
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.2961.0220.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes.

全体名称: hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes.
要素
  • 試料: hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes.
  • タンパク質・ペプチド: hSlo

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超分子 #1000: hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes.

超分子名称: hSlo protein was reconstituted into POPC liposomes. / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetramer of human Slo1 subunits / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa

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分子 #1: hSlo

分子名称: hSlo / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BK channel alpha subunit / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HEK cell line / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 125 KDa
組換発現生物種: HEK 293 cell / 組換プラスミド: pcDNA3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Solution outside proteoliposomes, 13.5mM KCl, 0.5mM NaCl, 0.1mM EDTA, 2mM Hepes
グリッド詳細: home-made holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 手法: Manual blot for 2-4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 93 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
日付2008年7月15日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Homemade Matlab code
詳細: Alignment and reconstruction were modeled on Frealign but with constraints on theta and phi according to the spherical geometry of lipid vesicles.
使用した粒子像数: 3400
最終 角度割当詳細: phi 90degrees, theta 180 degrees, psi 360 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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