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万見
- EMDB-51030: Untethered Cytoplasmic Fission Yeast Ribosome (S. pombe) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51030
タイトルUntethered Cytoplasmic Fission Yeast Ribosome (S. pombe)
マップデータUntethered Cytosolic Ribosome of S. pombe generated by M
試料
  • 複合体: Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane
キーワードHibernating / Yeast / In Situ / RACK1 / cytosolic / RIBOSOME / untethered
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.2 Å
データ登録者Rosa H / Gemin O / Gluc M / Mattei S / Jomaa A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ribosomes hibernate on mitochondria during cellular stress.
著者: Olivier Gemin / Maciej Gluc / Higor Rosa / Michael Purdy / Moritz Niemann / Yelena Peskova / Simone Mattei / Ahmad Jomaa /
要旨: Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated ...Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated by mitochondrial fragmentation and sequestration of cytosolic ribosomes on mitochondria. This cellular adaptation promotes survival under harsh environmental conditions; however, the underlying mechanism of this response remains unknown. Here, we demonstrate that upon glucose depletion protein synthesis is halted. Cryo-electron microscopy structure of the ribosomes show that they are devoid of both tRNA and mRNA, and a subset of the particles depicted a conformational change in rRNA H69 that could prevent tRNA binding. Our in situ structural analyses reveal that the hibernating ribosomes tether to fragmented mitochondria and establish eukaryotic-specific, higher-order storage structures by assembling into oligomeric arrays on the mitochondrial surface. Notably, we show that hibernating ribosomes exclusively bind to the outer mitochondrial membrane via the small ribosomal subunit during cellular stress. We identify the ribosomal protein Cpc2/RACK1 as the molecule mediating ribosomal tethering to mitochondria. This study unveils the molecular mechanism connecting mitochondrial stress with the shutdown of protein synthesis and broadens our understanding of cellular responses to nutrient scarcity and cell quiescence.
履歴
登録2024年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Untethered Cytosolic Ribosome of S. pombe generated by M
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.15 Å/pix.
x 154 pix.
= 639.1 Å		4.15 Å/pix.
x 154 pix.
= 639.1 Å		4.15 Å/pix.
x 154 pix.
= 639.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.0122959595 - 0.03774199
平均 (標準偏差)0.000116898154 (±0.0027100306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ154154154
Spacing154154154
セルA=B=C: 639.10004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Untethered Cytosolic Ribosome of S. pombe Half-Map 2 generated by M

ファイルemd_51030_half_map_1.map
注釈Untethered Cytosolic Ribosome of S. pombe Half-Map 2 generated by M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Untethered Cytosolic Ribosome of S. pombe Half-Map 1 generated by M

ファイルemd_51030_half_map_2.map
注釈Untethered Cytosolic Ribosome of S. pombe Half-Map 1 generated by M
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane

全体名称: Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane
要素
  • 複合体: Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane

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超分子 #1: Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane

超分子名称: Cytoplasmic Ribosome Untethered to the Outer Mitochondrial Membrane
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.09) / 使用したサブトモグラム数: 2415
抽出トモグラム数: 53 / 使用した粒子像数: 12048
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Relion (Refine) + M (PPoses)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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