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万見
- EMDB-5100: 24-meric Scorpion Hemocyanin Resting State cryo-EM Density Map at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5100
タイトル24-meric Scorpion Hemocyanin Resting State cryo-EM Density Map at 6.8 Angstrom Resolution
マップデータThis is the 24-meric Hemocyanin resting state cryo-EM density map at 6.8 A
試料
  • 試料: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)
  • タンパク質・ペプチド: Pandinus imperator
キーワードHemocyanin / Hc / Phenolxoidase activity / Tyrosinase (Ty) / Catecholoxidase (CO) / Enzyme / SDS / cryo-EM / single particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion binding / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemocyanin AA6 chain
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Cong Y / Zhang Q / Woolford D / Schweikardt T / Khant H / Ludtke S / Chiu W / Decker H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural mechanism of SDS-induced enzyme activity of scorpion hemocyanin revealed by electron cryomicroscopy.
著者: Yao Cong / Qinfen Zhang / David Woolford / Thorsten Schweikardt / Htet Khant / Matthew Dougherty / Steven J Ludtke / Wah Chiu / Heinz Decker /
要旨: Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or ...Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or melanoma, respectively. SDS can convert inactive PO and the oxygen carrier hemocyanin (Hc) into enzymatically active PO. Here we present single-particle cryo-EM maps at subnanometer resolution and pseudoatomic models of the 24-oligomeric Hc from scorpion Pandinus imperator in resting and SDS-activated states. Our structural analyses led to a plausible mechanism of Hc enzyme PO activation: upon SDS activation, the intrinsically flexible Hc domain I twists away from domains II and III in each subunit, exposing the entrance to the active site; this movement is stabilized by enhanced interhexamer and interdodecamer interactions, particularly in the central linker subunits. This mechanism could be applicable to other type 3 copper proteins, as the active site is highly conserved.
履歴
登録2009年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月20日-
マップ公開2009年5月26日-
更新2011年7月8日-
現状2011年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3ixv
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5100_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 24-meric Hemocyanin resting state cryo-EM density map at 6.8 A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 208 pix.
= 374.4 Å		1.8 Å/pix.
x 208 pix.
= 374.4 Å		1.8 Å/pix.
x 208 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.18 / ムービー #1: 1.19
最小 - 最大-0.240266 - 1.67315
平均 (標準偏差)0.0734153 (±0.263589)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-104-104-104
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.400374.400374.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-20-28-19
NX/NY/NZ415638
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-104-104-104
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-0.2401.6730.073

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)

全体名称: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)
要素
  • 試料: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)
  • タンパク質・ペプチド: Pandinus imperator

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超分子 #1000: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)

超分子名称: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator (Resting State)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 24-mer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: Pandinus imperator

分子名称: Pandinus imperator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: scorpion / コピー数: 1 / 集合状態: 24-mer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 細胞中の位置: hemolymph
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa
配列GO: oxygen carrier activity / InterPro: Hemocyanin/hexamerin middle domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 100 mM TRIS/HCL at pH 7.8, 10 mM CaCl2 and 10 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 101 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI vitrobot / 手法: two side blotting for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 101 K / 最高: 101.2 K / 平均: 101 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism correction
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in-column omega energy filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細JEOL 3200FSC MDS low dose method
日付2007年5月31日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 18 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side Entry / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Final refinement using FRM2D (Fast Rotational Matching) image alignment method
使用した粒子像数: 17500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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