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- EMDB-50986: Endophilin B1 dimer bound to nanodisc edge -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50986
タイトルEndophilin B1 dimer bound to nanodisc edge
マップデータEndophilin B1 dimer bound to the edge of nanodiscs
試料
  • 複合体: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Endophilin-B1
キーワードBAR / N-BAR / endophilin / membrane / curvature / cardiolipin / MSP2N2 / nanodisc / peripheral membrane protein / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane tubulation / autophagic cell death / protein localization to vacuolar membrane / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / membrane fission / membrane organization / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / autophagosome membrane / regulation of macroautophagy ...positive regulation of membrane tubulation / autophagic cell death / protein localization to vacuolar membrane / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / membrane fission / membrane organization / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / autophagosome membrane / regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / cellular response to amino acid starvation / regulation of cytokinesis / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of protein stability / autophagy / midbody / cytoplasmic vesicle / mitochondrial outer membrane / cadherin binding / Golgi membrane / lipid binding / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endophilin-B1 / Endophilin-B1, BAR domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains ...Endophilin-B1 / Endophilin-B1, BAR domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Thorlacius A / Sundborger-Lunna A
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2021-05423 スウェーデン
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Peripheral membrane protein endophilin B1 probes, perturbs and permeabilizes lipid bilayers
著者: Thorlacius A / Rulev M / Sundberg O / Sundborger-Lunna A
履歴
登録2024年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50986.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Endophilin B1 dimer bound to the edge of nanodiscs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 339.968 Å		1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 339.968 Å		1.33 Å/pix.
x 256 pix.
= 339.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.328 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.3666338 - 0.9613463
平均 (標準偏差)0.00007879746 (±0.017614009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 339.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50986_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50986_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50986_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc

全体名称: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc
要素
  • 複合体: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Endophilin-B1

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超分子 #1: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc

超分子名称: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endophilin-B1

分子名称: Endophilin-B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.843246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNIMDFNVKK LAADAGTFLS RAVQFTEEKL GQAEKTELDA HLENLLSKAE CTKIWTEKIM KQTEVLLQPN PNARIEEFVY EKLDRKAPS RINNPELLGQ YMIDAGTEFG PGTAYGNALI KCGETQKRIG TADRELIQTS ALNFLTPLRN FIEGDYKTIA K ERKLLQNK ...文字列:
MNIMDFNVKK LAADAGTFLS RAVQFTEEKL GQAEKTELDA HLENLLSKAE CTKIWTEKIM KQTEVLLQPN PNARIEEFVY EKLDRKAPS RINNPELLGQ YMIDAGTEFG PGTAYGNALI KCGETQKRIG TADRELIQTS ALNFLTPLRN FIEGDYKTIA K ERKLLQNK RLDLDAAKTR LKKAKAAETR NSSEQELRIT QSEFDRQAEI TRLLLEGISS THAHHLRCLN DFVEAQMTYY AQ CYQYMLD LQKQLGSFPS NYLSNNNQTS VTPVPSVLPN AIGSSAMAST SGLVITSPSN LSDLKECSGS RKARVLYDYD AAN STELSL LADEVITVFS VVGMDSDWLM GERGNQKGKV PITYLELLN

UniProtKB: Endophilin-B1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, pH 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5026978
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 273120
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

l_v4


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 11-252 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Alphafold model was processed in PHENIX, docked into the density map using UCSF Chimera, refined using all-chain refinement in coot followed by real-space refinement with Servalcat.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9g2w:
Endophilin B1 dimer bound to nanodisc edge

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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