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万見
- EMDB-50907: Structure of carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase (C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50907
タイトルStructure of carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) from Clostridium autoethanogenum (composite structure, semi-extended state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase
    • タンパク質・ペプチド: CO-methylating acetyl-CoA synthase
    • タンパク質・ペプチド: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase beta subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: NICKEL (II) ION
  • リガンド: Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster
キーワードanaerobic CO2 fixation / acetyl-CoA synthesis / metalloenzyme / Wood-Ljungdahl pathway. / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Yin MD / Lemaire ON / Wagner T / Murphy BJ
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Conformational dynamics of a multienzyme complex in anaerobic carbon fixation.
著者: Max Dongsheng Yin / Olivier N Lemaire / José Guadalupe Rosas Jiménez / Mélissa Belhamri / Anna Shevchenko / Gerhard Hummer / Tristan Wagner / Bonnie J Murphy /
要旨: In the ancient microbial Wood-Ljungdahl pathway, carbon dioxide (CO) is fixed in a multistep process that ends with acetyl-coenzyme A (acetyl-CoA) synthesis at the bifunctional carbon monoxide ...In the ancient microbial Wood-Ljungdahl pathway, carbon dioxide (CO) is fixed in a multistep process that ends with acetyl-coenzyme A (acetyl-CoA) synthesis at the bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex (CODH/ACS). In this work, we present structural snapshots of the CODH/ACS from the gas-converting acetogen , characterizing the molecular choreography of the overall reaction, including electron transfer to the CODH for CO reduction, methyl transfer from the corrinoid iron-sulfur protein (CoFeSP) partner to the ACS active site, and acetyl-CoA production. Unlike CODH, the multidomain ACS undergoes large conformational changes to form an internal connection to the CODH active site, accommodate the CoFeSP for methyl transfer, and protect the reaction intermediates. Altogether, the structures allow us to draw a detailed reaction mechanism of this enzyme, which is crucial for CO fixation in anaerobic organisms.
履歴
登録2024年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50907.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.88 Å/pix.
x 560 pix.
= 490.56 Å		0.88 Å/pix.
x 560 pix.
= 490.56 Å		0.88 Å/pix.
x 560 pix.
= 490.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.876 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0
最小 - 最大-128.562849999999997 - 137.123760000000004
平均 (標準偏差)0.0033627427 (±1.0234473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 490.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase

全体名称: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase
要素
  • 複合体: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase
    • タンパク質・ペプチド: CO-methylating acetyl-CoA synthase
    • タンパク質・ペプチド: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase beta subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: NICKEL (II) ION
  • リガンド: Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster

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超分子 #1: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase

超分子名称: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)

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分子 #1: CO-methylating acetyl-CoA synthase

分子名称: CO-methylating acetyl-CoA synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: CO-methylating acetyl-CoA synthase
由来(天然)生物種: Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
分子量理論値: 76.99107 KDa
配列文字列: MNLFQTVFTG SKQALAAAEG IVKQAVDEKG RDYKVAFPDT AYSLPVIFAA TGKKITNVGE LEGALDIVRS LIVEEEMLDK LLNSGLATA VAAEIIEAAK YVLSDAPYAE PCVGFISDPI IRSLGVPLVT GDIPGVAVIL GECPDSETAA KIIKDYQSKG L LTCLVGKV ...文字列:
MNLFQTVFTG SKQALAAAEG IVKQAVDEKG RDYKVAFPDT AYSLPVIFAA TGKKITNVGE LEGALDIVRS LIVEEEMLDK LLNSGLATA VAAEIIEAAK YVLSDAPYAE PCVGFISDPI IRSLGVPLVT GDIPGVAVIL GECPDSETAA KIIKDYQSKG L LTCLVGKV IDQAIEGKVK MGLDLRVIPL GYDVTSVIHV VTIAIRAALI FGGIKGGQLN DILKYTAERV PAFVNAFGPL SE LVVSAGA GAIALGFPVL TDQVVPEVPT LLLTQKDYDK MVKTSLEARN IKIKITEIPI PVSFAAAFEG ERIRKNDMLA EFG GNKTKA WELVMCADQG EVEDHKIEVI GPDIDTIDKA PGRMPLGMLI KVSGTNMQKD FEPVLERRLH YFLNYIEGVM HVGQ RNLTW VRIGKEAFEK GFRLKHFGEV IYAKMLDEFG SVVDKCEVTI ITDPGKAEEL EGKYAVPRYK ERDARLESLV DEKVD TFYS CNLCQSFAPA HVCIVTPERL GLCGAVSWLD AKATLELNPT GPCQAVPKEG VVDENLGIWE KVNETVSKIS QGAVTS VTL YSILQDPMTS CGCFECITGI MPEANGVVMV NREFGATTPL GMTFGELASM TGGGVQTPGF MGHGRQFIAS KKFMKGE GG LGRIVWMPKE LKDFVAEKLN KTAKELYNID NFADMICDET IATESEEVVK FLEEKGHPAL KMDPIM

UniProtKB: CO-methylating acetyl-CoA synthase

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分子 #2: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase beta subunit

分子名称: Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase beta subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
由来(天然)生物種: Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
分子量理論値: 67.846336 KDa
配列文字列: EEKAKSIDQA TLQLLDKAKQ DGVETVWDRK ADMKVQCGFG SAGVCCRNCS MGPCRVSPVP GKGVERGICG ATADVIVSRN FARMVAAGT AAHSDHGRSI ALSLYHTSKD GDIKVKDENK LKEVAKSFNV ETEGRDIYDI AHDVAKEGLS NYGKQLGEVT L PPSLPEKR ...文字列:
EEKAKSIDQA TLQLLDKAKQ DGVETVWDRK ADMKVQCGFG SAGVCCRNCS MGPCRVSPVP GKGVERGICG ATADVIVSRN FARMVAAGT AAHSDHGRSI ALSLYHTSKD GDIKVKDENK LKEVAKSFNV ETEGRDIYDI AHDVAKEGLS NYGKQLGEVT L PPSLPEKR KELWRKLGVY PRAVDREIAA VMHSTHIGCN ADAEAMIKMS MRCSLTDGWM GSFMGTEFSD IMFGTPHSID TE ANLGVLE KNSVNVVLHG HEPLLSEMVV EAASDPELVE LAKSVGADGI NLCGMCCTGN EVSMRHGIKI AGNFMQQELA VVT GAVDGL IVDVQCIMPA LAKLSKSYHT KFITTSPKAH ITDSIYMEFD EENPLDSAKK ILKEAILNFK NRDQSKVMIP ELKC KAILG YSVEEIINKL DKVVNTQIGP MQTVKPLADV LVSGVLRGAA AVVGCNNPKV VQDSAHIETI KGLIKNDVIV VVTGC AAQA AAKYGLLQKE AAEKYAGPGL ATVCKLVDIP PVLHMGSCVD ISRILDLVGR VANLLGVDMS DLPVAGVAPE WMSEKA VAI GTYVVTSGID TWLGVAPPVT GGPEVVDILT NKMEDWVGAK FFIETDPHKA VEQIVNRMNE KRKKLGI

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分子 #3: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #4: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

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分子 #5: Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster

分子名称: Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: RQM
分子量理論値: 410.333 Da
Chemical component information

ChemComp-RQM:
Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 649146
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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