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- EMDB-50851: TRPC4 in complex with Z-AzPico -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50851
タイトルTRPC4 in complex with Z-AzPico
マップデータPost processed map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: TRPC4 -tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
  • リガンド: (Z)-7-(4-chlorobenzyl)-1-(3-hydroxypropyl)-3-methyl-8-(4-(phenyldiazenyl)-3-(trifluoromethoxy)phenoxy)-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione
キーワードTransport Protein / Calcium channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / monoatomic cation transport / regulation of cytosolic calcium ion concentration / monoatomic cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 4b
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vinayagam D / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRPC4 in complex with Z-AzPico
著者: Vinayagam D / Raunser S
履歴
登録2024年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 300 pix.
= 273. Å		0.91 Å/pix.
x 300 pix.
= 273. Å		0.91 Å/pix.
x 300 pix.
= 273. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-2.4760473 - 3.9856868
平均 (標準偏差)0.004764794 (±0.10218967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 273.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50851_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50851_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50851_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPC4 -tetramer

全体名称: TRPC4 -tetramer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: TRPC4 -tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
  • リガンド: (Z)-7-(4-chlorobenzyl)-1-(3-hydroxypropyl)-3-methyl-8-(4-(phenyldiazenyl)-3-(trifluoromethoxy)phenoxy)-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione

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超分子 #1: TRPC4 -tetramer

超分子名称: TRPC4 -tetramer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 108.281016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGHHHHHHHH GGSENLYFQG GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPL GRTALLIAIE NENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF T PDITPIIL ...文字列:
MGHHHHHHHH GGSENLYFQG GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPL GRTALLIAIE NENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF T PDITPIIL AAHTNNYEII KMLVQKGVSV PQPHEVRCNC VECVSSSDVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPFL TA FQLSWEL QELSKVENEF KAEYEELSHQ CKHFAKDLLD QTRSSRELEL ILNFRDDMNL LQDEANNELA RLKLAIKYRQ KEF VAQPNC QQLLASRWYD EFPGWRRRHW AGKLITCVFI GLMFPLLSLC YLVAPKSRYG LFIRKPFIKF ICHTASYLTF LFLL LLASQ HIVSNNPDRQ GPKPTTVEWM ILPWVLGFIW TEIKQMWDGG FQDYIHDWWN LMDFVMNSLY LATISLKIVA YVKYS GCKP RDTWEMWHPT LVAEAVFAIA NIFSSLRLIS LFTANSHLGP LQISLGRMLL DILKFLFIYC LVLLAFANGL NQLYFY YEN SEGMTCKGIR CERQNNAFST LFETLQSLFW SIFGLISLYV TNVKADHKFT EFVGATMFGT YNVISLVVLL NMLIAMM NN SYQHIADHAD IEWKFARTKL WMSYFEEGGT LPPPFNIIPS PKSICYLITW IKVHVFKRRS KRTETFGTLG RRAAENVR L NHQYQEVLRN LVKRYVAAMI RDAKTEEGLT EENFKELKQD ISSFRYEVIG MMKGNRKSTR ANKSDTSASD VSHPEGSLQ YSSALKQNSK LHLYDVTTAL QQQNSEEAKA SLGCLANGSA VVLTEPILKD KARSDFPKDF TDFGLFPKKQ NPNKIYSLAE EATESDPDI LDWGKEDKPL AGKVEQDVNE SKCLMEEDER VLEEQEMEHI ASSHEHLEVL FQ

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 4b

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分子 #2: (Z)-7-(4-chlorobenzyl)-1-(3-hydroxypropyl)-3-methyl-8-(4-(phenyld...

分子名称: (Z)-7-(4-chlorobenzyl)-1-(3-hydroxypropyl)-3-methyl-8-(4-(phenyldiazenyl)-3-(trifluoromethoxy)phenoxy)-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1IGY
分子量理論値: 628.986 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification done at liquid nitrogen temperature.
詳細Sample was homogenous

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 113.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3311 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in movie mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 3.0700000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.49 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 55000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 232983
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab inito model from Cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: Non uniform refinement / 使用した粒子像数: 93651
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: SGD algorthim implemented in cryosparc
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6g1k


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 57.21
得られたモデル

PDB-9fxm:
TRPC4 in complex with Z-AzPico

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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