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Structure paper

タイトルIdeal efficacy photoswitching for chromocontrol of TRPC4/5 channel functions in live tissues.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2026
掲載日2026年1月16日
著者Markus Müller / Konstantin Niemeyer / Navin K Ojha / Sebastian A Porav / Deivanayagabarathy Vinayagam / Nicole Urban / Fanny Büchau / Katharina Oleinikov / Mazen Makke / Claudia C Bauer / Aidan V Johnson / Stephen P Muench / Frank Zufall / Dieter Bruns / Yvonne Schwarz / Stefan Raunser / Trese Leinders-Zufall / Robin S Bon / Michael Schaefer / Oliver Thorn-Seshold /
PubMed 要旨Precisely probing the endogenous roles of target proteins is crucial for biological research. Photochemical tools can be photoactuated with high spatiotemporal resolution but often they are ...Precisely probing the endogenous roles of target proteins is crucial for biological research. Photochemical tools can be photoactuated with high spatiotemporal resolution but often they are unreliable in vivo because spatiotemporal variations of reagent concentration result in inhomogeneous bioactivity. We now describe ideal efficacy photoswitching, a paradigm that internally compensates for reagent concentration by self-competitive binding, allowing purely wavelength-dependent chromocontrol over bioactivity that is consistent from cell culture to deep tissues. We demonstrate this with photoswitches for endogenous transient receptor potential (TRP) C4 and C5 ion channels, reproducibly delivering strong agonism under 360-nm illumination, weak agonism under 385-nm illumination and strong antagonism under 440-nm illumination. These ligands unlock a range of high-precision investigations in TRP biology, from neuronal activity to exocytosis, reproductive signaling and smooth muscle contractility. The ideal efficacy photoswitching paradigm should also unlock high-performance chromocontrol over a wide range of sensory or signaling channels and receptors even in vivo.
リンクNat Chem Biol / PubMed:41545580
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.1 Å
構造データ

50850

9fxl

EMDB-50850, PDB-9fxl:
TRPC4 in complex with E-AzPico
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

50851

9fxm

EMDB-50851, PDB-9fxm:
TRPC4 in complex with Z-AzPico
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

PDB-1igw:
Crystal Structure of the Isocitrate Lyase from the A219C mutant of Escherichia coli

PDB-1igy:
STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN

由来
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Transport Protein / Calcium channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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