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- EMDB-50671: Cryo-EM structure of MmCAT1 bound with FrMLV-RBD in the ornithine... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50671
タイトルCryo-EM structure of MmCAT1 bound with FrMLV-RBD in the ornithine-bound inward-occluded state
マップデータmain
試料
  • 複合体: MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD
    • タンパク質・ペプチド: High affinity cationic amino acid transporter 1,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: L-ornithine
キーワードMmCAT1 / FrMLV-RBD / SLC / viral tropism / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine transmembrane transporter activity / L-lysine transmembrane transporter activity / lysine transport / L-ornithine transmembrane transport / L-histidine import across plasma membrane / Amino acid transport across the plasma membrane / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / L-histidine transmembrane transporter activity / positive regulation of T cell proliferation ...L-ornithine transmembrane transporter activity / L-lysine transmembrane transporter activity / lysine transport / L-ornithine transmembrane transport / L-histidine import across plasma membrane / Amino acid transport across the plasma membrane / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / L-histidine transmembrane transporter activity / positive regulation of T cell proliferation / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / protein-containing complex / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cationic amino acid transport permease / Cationic amino acid transporter, C-terminal / C-terminus of AA_permease / F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...Cationic amino acid transport permease / Cationic amino acid transporter, C-terminal / C-terminus of AA_permease / F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Green fluorescent protein / High affinity cationic amino acid transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ye M / Zhou D / Pike ACW / Wang S / Wang D / Bakshi S / Brooke L / Williams E / Elkins J / Stuart DI / Sauer DB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid and viral binding by the high-affinity Cationic Amino acid Transporter 1 (CAT1) from Mus musculus
著者: Ye M / Liang Z / Zhou D / Pike ACW / Wang S / Wang D / Bakshi S / Brooke L / Williams E / Elkins J / Kessler B / Stuart DI / Sauer DB
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50671.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.202
最小 - 最大-1.1001313 - 1.7689188
平均 (標準偏差)-0.0008640271 (±0.043877553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50671_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half A

ファイルemd_50671_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half B

ファイルemd_50671_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD

全体名称: MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD
要素
  • 複合体: MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD
    • タンパク質・ペプチド: High affinity cationic amino acid transporter 1,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: L-ornithine

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超分子 #1: MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD

超分子名称: MmCAT1 (ornithine bound) in complex with FrMLV-RBD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 128.8 KDa

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分子 #1: High affinity cationic amino acid transporter 1,Green fluorescent...

分子名称: High affinity cationic amino acid transporter 1,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 98.703758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLRRKVVDCS REESRLSRCL NTYDLVALGV GSTLGAGVYV LAGAVARENA GPAIVISFLI AALASVLAGL CYGEFGARVP KTGSAYLYS YVTVGELWAF ITGWNLILSY IIGTSSVARA WSATFDELIG KPIGEFSRQH MALNAPGVLA QTPDIFAVII I IILTGLLT ...文字列:
MLRRKVVDCS REESRLSRCL NTYDLVALGV GSTLGAGVYV LAGAVARENA GPAIVISFLI AALASVLAGL CYGEFGARVP KTGSAYLYS YVTVGELWAF ITGWNLILSY IIGTSSVARA WSATFDELIG KPIGEFSRQH MALNAPGVLA QTPDIFAVII I IILTGLLT LGVKESAMVN KIFTCINVLV LCFIVVSGFV KGSIKNWQLT EKNFSCNNND TNVKYGEGGF MPFGFSGVLS GA ATCFYAF VGFDCIATTG EEVKNPQKAI PVGIVASLLI CFIAYFGVSA ALTLMMPYFC LDIDSPLPGA FKHQGWEEAK YAV AIGSLC ALSTSLLGSM FPMPRVIYAM AEDGLLFKFL AKINNRTKTP VIATVTSGAI AAVMAFLFEL KDLVDLMSIG TLLA YSLVA ACVLVLRYQP EQPNLVYQMA RTTEELDRVD QNELVSASES QTGFLPVAEK FSLKSILSPK NVEPSKFSGL IVNIS AGLL AALIITVCIV AVLGREALAE GTLWAVFVMT GSVLLCMLVT GIIWRQPESK TKLSFKVPFV PVLPVLSIFV NIYLMM QLD QGTWVRFAVW MLIGFTIYFG YGIWHSEEAS LAAGQAKTPD SNLDQCKAEN LYFQSGSAVS KGEELFTGVV PILVELD GD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKQH DFFKSAMPEG YVQERTIF F KDDGNYKTRA EVKFEGDTLV NRIELKGIDF KEDGNILGHK LEYNYNSHNV YIMADKQKNG IKVNFKIRHN IEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSTQSKLSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI TLGMDELYKS GLRSWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQ FEKHHHHHHH HHH

UniProtKB: High affinity cationic amino acid transporter 1, Green fluorescent protein

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分子 #2: Surface protein

分子名称: Surface protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
分子量理論値: 30.272078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAAPGSSPHQ VYNITWEVTN GDRETVWAIS GNHPLWTWWP VLTPDLCMLA LSGPPHWGL EYQAPYSSPP GPPCCSGSSG SSAGCSRDCD EPLTSLTPRC NTAWNRLKLD QVTHKSSEGF YVCPGSHRPR E AKSCGGPD ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAAPGSSPHQ VYNITWEVTN GDRETVWAIS GNHPLWTWWP VLTPDLCMLA LSGPPHWGL EYQAPYSSPP GPPCCSGSSG SSAGCSRDCD EPLTSLTPRC NTAWNRLKLD QVTHKSSEGF YVCPGSHRPR E AKSCGGPD SFYCASWGCE TTGRVYWKPS SSWDYITVDN NLTTSQAVQV CKDNKWCNPL AIQFTNAGKQ VTSWTTGHYW GL RLYVSGR DPGLTFGIRL RYQNLGPRVP GTKHHHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #7: L-ornithine

分子名称: L-ornithine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ORN
分子量理論値: 132.161 Da
Chemical component information

ChemComp-ORN:
L-ornithine / オルニチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.36 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.003 %C47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0006 %C31H50O4Cholesteryl hemisuccinate
20.0 mMC5H12N2O2ornithine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1567413
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 247271
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1aol

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / 温度因子: 66.79
得られたモデル

PDB-9fqw:
Cryo-EM structure of MmCAT1 bound with FrMLV-RBD in the ornithine-bound inward-occluded state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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