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- EMDB-50620: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50620
タイトルS. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas
マップデータconsensus map of yeast ribosomes from SOLIST tomograms
試料
  • 細胞: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas
キーワードin situ / ribosome / yeast / S. cerevisiae
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F ...Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST) enables a biopsy at the nanoscale.
著者: Ho Thuy Dung Nguyen / Gaia Perone / Nikolai Klena / Roberta Vazzana / Flaminia Kaluthantrige Don / Malan Silva / Simona Sorrentino / Paolo Swuec / Frederic Leroux / Nereo Kalebic / Francesca ...著者: Ho Thuy Dung Nguyen / Gaia Perone / Nikolai Klena / Roberta Vazzana / Flaminia Kaluthantrige Don / Malan Silva / Simona Sorrentino / Paolo Swuec / Frederic Leroux / Nereo Kalebic / Francesca Coscia / Philipp S Erdmann /
要旨: Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, ...Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, has presented considerable technical challenges. Here we introduce an innovative adaptation of the cryo-lift-out technique, serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST), addressing these limitations. SOLIST enhances throughput, minimizes ice contamination and improves sample stability for cryo-electron tomography. It thereby facilitates the high-resolution imaging of a wide range of specimens. We illustrate these advantages on reconstituted liquid-liquid phase-separated droplets, brain organoids and native tissues from the mouse brain, liver and heart. With SOLIST, cellular processes can now be investigated at molecular resolution directly in native tissue. Furthermore, our method has a throughput high enough to render cryo-lift-out a competitive tool for structural biology. This opens new avenues for unprecedented insights into cellular function and structure in health and disease, a 'biopsy at the nanoscale'.
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus map of yeast ribosomes from SOLIST tomograms
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 320 pix.
= 800. Å		2.5 Å/pix.
x 320 pix.
= 800. Å		2.5 Å/pix.
x 320 pix.
= 800. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0057
最小 - 最大-0.0055303476 - 0.018686557
平均 (標準偏差)0.000017234905 (±0.00092143286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 800.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50620_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A of yeast ribosomes from SOLIST tomograms

ファイルemd_50620_half_map_1.map
注釈half map A of yeast ribosomes from SOLIST tomograms
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B of yeast ribosomes from SOLIST tomograms

ファイルemd_50620_half_map_2.map
注釈half map B of yeast ribosomes from SOLIST tomograms
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas

全体名称: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas
要素
  • 細胞: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas

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超分子 #1: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas

超分子名称: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C

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実験情報

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構造解析

解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: glow-discharged at 30 mA for 30 s (GloQube Plus Glow discharge system, Quorum Technologies)
詳細SOLIST lamella preparation of yeast from HPF.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.1.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: refinement in Warp/M / 使用したサブトモグラム数: 17069
抽出トモグラム数: 65 / 使用した粒子像数: 68000 / 手法: template matching / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.1-beta) / 詳細: template matching with
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.1.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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