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- EMDB-50590: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50590
タイトルTranscriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase
    • 複合体: PafBC
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator-like protein
      • タンパク質・ペプチド: PafC
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
    • 複合体: RNAP polymerase sigma factor A and RNA polymerase-binding protein RbpA
キーワードPafBC / sigma adaptation / WYL domain / transcriptional activator / TRANSCRIPTION
機能・相同性PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / Protein PafC / : / WYL domain / WYL domain / Protein pafC / Transcriptional regulator-like protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zdanowicz R / Schilling CM / Rabl J / Mueller AU / Boehringer D / Glockshuber R / Weber-Ban E
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_215606 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Single-stranded DNA binding to the transcription factor PafBC triggers the mycobacterial DNA damage response.
著者: Charlotte M Schilling / Rafal Zdanowicz / Julius Rabl / Andreas U Müller / Daniel Boehringer / Rudi Glockshuber / Eilika Weber-Ban /
要旨: The DNA damage response in mycobacteria is controlled by the heterodimeric transcription factor PafBC, a member of the WYL domain-containing protein family. It has been shown that PafBC induces ...The DNA damage response in mycobacteria is controlled by the heterodimeric transcription factor PafBC, a member of the WYL domain-containing protein family. It has been shown that PafBC induces transcription of its regulon by reprogramming the housekeeping RNA polymerase holoenzyme to recognize PafBC-dependent promoters through sigma adaptation. However, the mechanism by which DNA damage is sensed and translated into PafBC activation has remained unclear. Here, we demonstrate that the binding of single-stranded DNA (ssDNA) to the WYL domains of PafBC activates the transcription factor. Our cryo-electron microscopy structure of full-length PafBC in its active conformation, bound to the transcription initiation complex, reveals a previously unknown mode of interaction between the ssDNA and the WYL domains. Using biochemical experiments, we show that short ssDNA fragments bind to PafBC dynamically, resulting in deactivation as ssDNA levels decrease postrepair. Our findings shed light on the mechanism linking DNA damage to PafBC activation and expand our understanding of WYL domain-containing proteins.
履歴
登録2024年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50590.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 403.2 Å		1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 403.2 Å		1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.575 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0113
最小 - 最大-0.08540109 - 0.115036316
平均 (標準偏差)0.000021831827 (±0.0009949618)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 403.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_50590_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density amplified using OccuPy.

ファイルemd_50590_additional_2.map
注釈Density amplified using OccuPy.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_50590_half_map_1.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_50590_half_map_2.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase

全体名称: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase
要素
  • 複合体: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase
    • 複合体: PafBC
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator-like protein
      • タンパク質・ペプチド: PafC
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase
    • 複合体: RNAP polymerase sigma factor A and RNA polymerase-binding protein RbpA

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超分子 #1: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase

超分子名称: Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #2: PafBC

超分子名称: PafBC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #3: DNA-directed RNA polymerase

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #4: RNAP polymerase sigma factor A and RNA polymerase-binding protein RbpA

超分子名称: RNAP polymerase sigma factor A and RNA polymerase-binding protein RbpA
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Transcriptional regulator-like protein

分子名称: Transcriptional regulator-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 36.207555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GLSAVSKVER LMNLVIALLS TRTYLPAEKI RTTVAGYADS PSDEAFSRMF ERDKNELRDL GIPLETGRVS KWDSTEGYRI NRDSYALPP IGLTADEAAA VAVATQLWQS PELVTATQNA VLKLRAAGVD VDADGVGVAI ASTATLPGVR GSEEVLQSLL S AIDEGRAV ...文字列:
GLSAVSKVER LMNLVIALLS TRTYLPAEKI RTTVAGYADS PSDEAFSRMF ERDKNELRDL GIPLETGRVS KWDSTEGYRI NRDSYALPP IGLTADEAAA VAVATQLWQS PELVTATQNA VLKLRAAGVD VDADGVGVAI ASTATLPGVR GSEEVLQSLL S AIDEGRAV QFEHRPSRSA DYTTRTVEPW GVVTHRGRWY LVGHDRDRED TRTFRLSRIS AAARPIGPAG AVQKPQDVNL RD IVRRAVA EQPTGERARI WIAGGRATAL RRQAVTSTPR TIGGRAGEEI TVDIGTWDRL AREIASYGSD AVALEPSSLR DDV VERLRA HAAGGER

UniProtKB: Transcriptional regulator-like protein

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分子 #2: PafC

分子名称: PafC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 34.044402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQVSTRLVR LLNMVPYFQA NPKVTRAEAA AALGVTGKQL DADLDQLWMC GLPGYSPGDL IDFDFVGDTI EVTFSAGVDH PLRLTSTEA TGILVALRAL VDVPGMVDPE AARSAIAKIE SAVGSQRAVV EGITEDTSAE PGAAATVRTA VRENRALTLE Y YSASRDSL ...文字列:
MSQVSTRLVR LLNMVPYFQA NPKVTRAEAA AALGVTGKQL DADLDQLWMC GLPGYSPGDL IDFDFVGDTI EVTFSAGVDH PLRLTSTEA TGILVALRAL VDVPGMVDPE AARSAIAKIE SAVGSQRAVV EGITEDTSAE PGAAATVRTA VRENRALTLE Y YSASRDSL ATRTVDPIRV VLVGDNSYLE AWCRSAEAVR LFRFDRIVDA QLLDDPAAPP PPAVAAGPDT SLFDADPSLP SA TLLIGAA AAWMFDYYPL RDITERPDGS CEATMTYASE DWMARFILGF GAEVQVLAPE SLATRVRQAA EAALQAYARC V

UniProtKB: Protein pafC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 78.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab-Initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: 3DFlex / 使用した粒子像数: 154302
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9fnd:
Transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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