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- EMDB-50589: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50589
タイトルDNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: PafB
    • タンパク質・ペプチド: PafC
    • DNA: recA-op non-template strand
    • DNA: recA-op template strand
キーワードRNAP / PafBC / sigma adaptation / WYL domain / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : ...sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / Protein PafC / : / WYL domain / WYL domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / Sigma-70 factors family signature 1. ...PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / Protein PafC / : / WYL domain / WYL domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase-binding protein RbpA / Protein pafC / Transcriptional regulator-like protein / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zdanowicz R / Schilling CM / Rabl J / Mueller AU / Boehringer D / Glockshuber R / Weber-Ban E
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_215606 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Single-stranded DNA binding to the transcription factor PafBC triggers the mycobacterial DNA damage response.
著者: Charlotte M Schilling / Rafal Zdanowicz / Julius Rabl / Andreas U Müller / Daniel Boehringer / Rudi Glockshuber / Eilika Weber-Ban /
要旨: The DNA damage response in mycobacteria is controlled by the heterodimeric transcription factor PafBC, a member of the WYL domain-containing protein family. It has been shown that PafBC induces ...The DNA damage response in mycobacteria is controlled by the heterodimeric transcription factor PafBC, a member of the WYL domain-containing protein family. It has been shown that PafBC induces transcription of its regulon by reprogramming the housekeeping RNA polymerase holoenzyme to recognize PafBC-dependent promoters through sigma adaptation. However, the mechanism by which DNA damage is sensed and translated into PafBC activation has remained unclear. Here, we demonstrate that the binding of single-stranded DNA (ssDNA) to the WYL domains of PafBC activates the transcription factor. Our cryo-electron microscopy structure of full-length PafBC in its active conformation, bound to the transcription initiation complex, reveals a previously unknown mode of interaction between the ssDNA and the WYL domains. Using biochemical experiments, we show that short ssDNA fragments bind to PafBC dynamically, resulting in deactivation as ssDNA levels decrease postrepair. Our findings shed light on the mechanism linking DNA damage to PafBC activation and expand our understanding of WYL domain-containing proteins.
履歴
登録2024年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.2 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.2 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.225
最小 - 最大-2.6755798 - 3.0796258
平均 (標準偏差)-0.000600859 (±0.052193746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 403.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_50589_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_50589_half_map_1.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_50589_half_map_2.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC

全体名称: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
要素
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: PafB
    • タンパク質・ペプチド: PafC
    • DNA: recA-op non-template strand
    • DNA: recA-op template strand

+
超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MLISQRPTLS EETVAENRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDIILNL KGLVVSSDDD EPVTMYLRKQ GPGVVTAGDI VPPAGVTVHN PDMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNKASGAEIG RIPVDSIYSP ...文字列:
MLISQRPTLS EETVAENRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDIILNL KGLVVSSDDD EPVTMYLRKQ GPGVVTAGDI VPPAGVTVHN PDMHIATLND KGKLEVELVV ERGRGYVPAV QNKASGAEIG RIPVDSIYSP VLKVTYKVEA TRVEQRTDFD KLIIDVETKN SISPRDALAS AGGTLVELFG LARELNADSE HIEIGPSPAE ADHIASFALP IDDLDLTVRS YNCLKREGVH TVGELVARTE SDLLDIRNFG QKSIDEVKIK LHQLGLSLKD SPATFDPSEV AGYDAATGTW TSDAGYDLDD NQDYAETEQL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MLEGCILAVS SQSKSNAITN NSVPGAPNRV SFAKLREPLE VPGLLDVQTD SFEWLVGSDR WRQAAIDRGE ENPVGGLEEV LAELSPIEDF SGSMSLSFSD PRFDEVKASV DECKDKDMTY AAPLFVTAEF INNNTGEIKS QTVFMGDFPM MTEKGTFIIN GTERVVVSQL ...文字列:
MLEGCILAVS SQSKSNAITN NSVPGAPNRV SFAKLREPLE VPGLLDVQTD SFEWLVGSDR WRQAAIDRGE ENPVGGLEEV LAELSPIEDF SGSMSLSFSD PRFDEVKASV DECKDKDMTY AAPLFVTAEF INNNTGEIKS QTVFMGDFPM MTEKGTFIIN GTERVVVSQL VRSPGVYFDE TIDKSTEKTL HSVKVIPGRG AWLEFDVDKR DTVGVRIDRK RRQPVTVLLK ALGWTNEQIV ERFGFSEIMM GTLEKDTTSG TDEALLDIYR KLRPGEPPTK ESAQTLLENL FFKEKRYDLA RVGRYKVNKK LGLNAGKPIT SSTLTEEDVV ATIEYLVRLH EGQTSMTVPG GVEVPVEVDD IDHFGNRRLR TVGELIQNQI RVGLSRMERV VRERMTTQDV EAITPQTLIN IRPVVAAIKE FFGTSQLSQF MDQNNPLSGL THKRRLSALG PGGLSRERAG LEVRDVHPSH YGRMCPIETP EGPNIGLIGS LSVYARVNPF GFIETPYRKV ENGVVTDQID YLTADEEDRH VVAQANSPTD ENGRFTEDRV MVRKKGGEVE FVSADQVDYM DVSPRQMVSV ATAMIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPLV RSEAPLVGTG MELRAAIDAG DVVVADKTGV IEEVSADYIT VMADDGTRQS YRLRKFARSN HGTCANQRPI VDAGQRVEAG QVIADGPCTQ NGEMALGKNL LVAIMPWEGH NYEDAIILSN RLVEEDVLTS IHIEEHEIDA RDTKLGAEEI TRDIPNVSDE VLADLDERGI VRIGAEVRDG DILVGKVTPK GETELTPEER LLRAIFGEKA REVRDTSLKV PHGESGKVIG IRVFSREDDD ELPAGVNELV RVYVAQKRKI SDGDKLAGRH GNKGVIGKIL PVEDMPFLPD GTPVDIILNT HGVPRRMNIG QILETHLGWV AKAGWNIDVA AGVPDWASKL PEELYSAPAD STVATPVFDG AQEGELAGLL GSTLPNRDGE VMVDADGKST LFDGRSGEPF PYPVTVGYMY ILKLHHLVDD KIHARSTGPY SMITQQPLGG KAQFGGQRFG EMECWAMQAY GAAYTLQELL TIKSDDTVGR VKVYEAIVKG ENIPEPGIPE SFKVLLKELQ SLCLNVEVLS SDGAAIEMRD GDDEDLERAA ANLGINLSRN ESASVEDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MLDVNFFDEL RIGLATADDI RNWSYGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRRE RMGHIELAAP VTHIWYFKGV PSRLGYLLDL APKDLEKIIY FAAYVITSVD DEMRHNELST LEAEMAVEKK AVEDQRDADL ...文字列:
MLDVNFFDEL RIGLATADDI RNWSYGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRRE RMGHIELAAP VTHIWYFKGV PSRLGYLLDL APKDLEKIIY FAAYVITSVD DEMRHNELST LEAEMAVEKK AVEDQRDADL EARAQKLEAD LAELEAEGAK SDVRRKVRDS GEREMRQLRD RAQRELDRLD EIWNTFTKLA PKQLIVDEVL YRELQDRYGE YFTGAMGAES IKKLIENFDI DAEAESLREV IRSGKGQKKL RALKRLKVVA AFQQSGNSPM GMVLDAVPVI PPELRPMVQL DGGRFATSDL NDLYRRVINR NNRLKRLIDL GAPEIIVNNE KRMLQESVDA LFDNGRRGRP VTGPGNRPLK SLSDLLKGKQ GRFRQNLLGK RVDYSGRSVI VVGPQLKLHQ CGLPKLMALE LFKPFVMKRL VDLNHAQNIK SAKRMVERQR PQVWDVLEEV IAEHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPQLVEGK AIQLHPLVCE AFNADFDGDQ MAVHLPLSAE AQAEARILML SSNNILSPAS GKPLAMPRLD MVTGLYYLTT LVEGATGEYQ AATKDAPEQG VYSSPAEAIM AMDRGALSVR AKIKVRLTEL RPPTDLEAQL FENGWKPGDA WTAETTLGRV MFNELLPKSY PFVNEQMHKK VQARIINDLA ERFPMIVVAQ TVDKLKDAGF YWATRSGVTV SMADVLVPPQ KQEILERHEA EADAIERKYQ RGALNHTERN ESLVKIWQDA TEEVGKALEE FYPADNPIIT IVKSGATGNL TQTRTLAGMK GLVTNPKGEF IPRPIKSSFR EGLTVLEYFI NTHGARKGLA DTALRTADSG YLTRRLVDVS QDVIVREHDC ETERGINVTL AERGPDGTLI RDAHVETSAF ARTLATDAVD ANGNVIIERG HDLGDPAIDA LLAAGITTVK VRSVLTCTSA TGVCAMCYGR SMATGKLVDI GEAVGIVAAQ SIGEPGTQLT MRTFHQGGVT GGADIVGGLP RVQELFEARV PRNKAPIADV AGRVRLEESD KFFKITIVPD DGGEEVVYDK LSKRQRLRVI THEDGTEGVL SDGDHVEVGD QLMEGAADPH EVLRVQGPRE VQIHLVKEVQ EVYRAQGVSI HDKHIEVIVR QMLRRVTIID SGSTEFLPGS LTERAEFEAE NRRVVAEGGE PAAGRPVLMG ITKASLATDS WLSAASFQET TRVLTDAAIN CRSDKLNGLK ENVIIGKLIP AGTGISRYRN IQVQPTEEAR AAAYTIPSYE DQYYSPDFGQ ATGAAVPLDD YGYSDYRWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MSTPHADAQL NAADDLGIDS SAASAYDTPL GITNPPIDEL LSRASSKYAL VIYAAKRARQ INDYYNQLGD GILEYVGPLV EPGLQEKPLS IALREIHGDL LEHTEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAATKASPAT EEPVKRTATK TPAKKAPAKR AAKSAAAKAG GKAPAKKAPA KRAAKGTAAK PEDGVTDDLE VTDDLEAEPG EDLDVEDTDL ELDDLDSDDD TAVEDEEEEA DAATPAVATA KAADDDIDEP SEKDKASGDF VWDEEESEAL RQARKDAELT ASADSVRAYL ...文字列:
MAATKASPAT EEPVKRTATK TPAKKAPAKR AAKSAAAKAG GKAPAKKAPA KRAAKGTAAK PEDGVTDDLE VTDDLEAEPG EDLDVEDTDL ELDDLDSDDD TAVEDEEEEA DAATPAVATA KAADDDIDEP SEKDKASGDF VWDEEESEAL RQARKDAELT ASADSVRAYL KQIGKVALLN AEEEVELAKR IEAGLYATQK LAELAEKGEK LPVQQRRDMQ WICRDGDRAK NHLLEANLRL VVSLAKRYTG RGMAFLDLIQ EGNLGLIRAV EKFDYTKGYK FSTYATWWIR QAITRAMADQ ARTIRIPVHM VEVINKLGRI QRELLQDLGR EPTPEELAKE MDITPEKVLE IQQYAREPIS LDQTIGDEGD SQLGDFIEDS EAVVAVDAVS FTLLQDQLQS VLETLSEREA GVVRLRFGLT DGQPRTLDEI GQVYGVTRER IRQIESKTMS KLRHPSRSQV LRDYLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MADRVLRGSR LGAVSYETDR NHDLAPRQVA RYRTDNGEEF DVPFADDAEI PGTWLCRNGL EGTLIEGDVP EPKKVKPPRT HWDMLLERRS VEELEELLKE RLDLIKAKRR GTGS

UniProtKB: RNA polymerase-binding protein RbpA

+
分子 #7: PafB

分子名称: PafB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GLSAVSKVER LMNLVIALLS TRTYLPAEKI RTTVAGYADS PSDEAFSRMF ERDKNELRDL GIPLETGRVS KWDSTEGYRI NRDSYALPPI GLTADEAAAV AVATQLWQSP ELVTATQNAV LKLRAAGVDV DADGVGVAIA STATLPGVRG SEEVLQSLLS AIDEGRAVQF ...文字列:
GLSAVSKVER LMNLVIALLS TRTYLPAEKI RTTVAGYADS PSDEAFSRMF ERDKNELRDL GIPLETGRVS KWDSTEGYRI NRDSYALPPI GLTADEAAAV AVATQLWQSP ELVTATQNAV LKLRAAGVDV DADGVGVAIA STATLPGVRG SEEVLQSLLS AIDEGRAVQF EHRPSRSADY TTRTVEPWGV VTHRGRWYLV GHDRDREDTR TFRLSRISAA ARPIGPAGAV QKPQDVNLRD IVRRAVAEQP TGERARIWIA GGRATALRRQ AVTSTPRTIG GRAGEEITVD IGTWDRLARE IASYGSDAVA LEPSSLRDDV VERLRAHAAG GER

UniProtKB: Transcriptional regulator-like protein

+
分子 #8: PafC

分子名称: PafC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQVSTRLVR LLNMVPYFQA NPKVTRAEAA AALGVTGKQL DADLDQLWMC GLPGYSPGDL IDFDFVGDTI EVTFSAGVDH PLRLTSTEAT GILVALRALV DVPGMVDPEA ARSAIAKIES AVGSQRAVVE GITEDTSAEP GAAATVRTAV RENRALTLEY YSASRDSLAT ...文字列:
MSQVSTRLVR LLNMVPYFQA NPKVTRAEAA AALGVTGKQL DADLDQLWMC GLPGYSPGDL IDFDFVGDTI EVTFSAGVDH PLRLTSTEAT GILVALRALV DVPGMVDPEA ARSAIAKIES AVGSQRAVVE GITEDTSAEP GAAATVRTAV RENRALTLEY YSASRDSLAT RTVDPIRVVL VGDNSYLEAW CRSAEAVRLF RFDRIVDAQL LDDPAAPPPP AVAAGPDTSL FDADPSLPSA TLLIGAAAAW MFDYYPLRDI TERPDGSCEA TMTYASEDWM ARFILGFGAE VQVLAPESLA TRVRQAAEAA LQAYARCV

UniProtKB: Protein pafC

+
分子 #9: recA-op non-template strand

分子名称: recA-op non-template strand / タイプ: dna / ID: 9 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
GTGGTGAAGA GTTCGACCGG ACTTGTCGGT GGTCTGCTCT AACGTCACGG CCAACCGATC GGAACACC

+
分子 #10: recA-op template strand

分子名称: recA-op template strand / タイプ: dna / ID: 10 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
GGTGTTCCGA TCGGTaccgg acatgtaaAG AGCAGACCAC CGACAAGTCC GGTCGAACTC TTCACCAC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 78.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab-Initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 470245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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