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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50582 | |||||||||
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タイトル | SOLIST native mouse heart muscle tomogram #2 | |||||||||
マップデータ | SOLIST native mouse heart muscle tomogram #2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | muscle / motor protein / thick filament / thin filament | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | |||||||||
データ登録者 | Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F ...Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024 タイトル: Serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST) enables a biopsy at the nanoscale. 著者: Ho Thuy Dung Nguyen / Gaia Perone / Nikolai Klena / Roberta Vazzana / Flaminia Kaluthantrige Don / Malan Silva / Simona Sorrentino / Paolo Swuec / Frederic Leroux / Nereo Kalebic / Francesca ...著者: Ho Thuy Dung Nguyen / Gaia Perone / Nikolai Klena / Roberta Vazzana / Flaminia Kaluthantrige Don / Malan Silva / Simona Sorrentino / Paolo Swuec / Frederic Leroux / Nereo Kalebic / Francesca Coscia / Philipp S Erdmann / 要旨: Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, ...Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, has presented considerable technical challenges. Here we introduce an innovative adaptation of the cryo-lift-out technique, serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST), addressing these limitations. SOLIST enhances throughput, minimizes ice contamination and improves sample stability for cryo-electron tomography. It thereby facilitates the high-resolution imaging of a wide range of specimens. We illustrate these advantages on reconstituted liquid-liquid phase-separated droplets, brain organoids and native tissues from the mouse brain, liver and heart. With SOLIST, cellular processes can now be investigated at molecular resolution directly in native tissue. Furthermore, our method has a throughput high enough to render cryo-lift-out a competitive tool for structural biology. This opens new avenues for unprecedented insights into cellular function and structure in health and disease, a 'biopsy at the nanoscale'. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50582.map.gz | 236.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50582-v30.xml emd-50582.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_50582.png | 278.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50582.cif.gz | 4.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50582 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50582_validation.pdf.gz | 527 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50582_full_validation.pdf.gz | 526.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50582_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50582_validation.cif.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50582 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 256 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SOLIST native mouse heart muscle tomogram #2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 15.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #2
全体 | 名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #2 |
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要素 |
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-超分子 #1: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #2
超分子 | 名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #2 タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: cross-section of thick and thin filaments |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 N / 器官: heart / 組織: muscle |
-実験情報
-構造解析
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
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試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. 詳細: glow-discharged at 30 mA for 30 s (GloQube Plus Glow discharge system, Quorum Technologies) |
詳細 | SOLIST lamella preparation of native mouse heart muscle |
加圧凍結法 | 装置: OTHER 詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished ...詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished with 1 micrometer lapping paper and coated with 0.1% soy lecithin dissolved in chloroform.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
Cryo protectant | 20% dextran, 5% sucrose |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: SOLIST procedure. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 39 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.11.7) / 詳細: denoised with CryoCare 2.1 / 使用した粒子像数: 39 |
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