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- EMDB-50416: Structure of human APC3loop 375-381 bound to the NCP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50416
タイトルStructure of human APC3loop 375-381 bound to the NCP
マップデータ
試料
  • 複合体: APC3 motif bound to the NCP acidic patch
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 27 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (132-MER)
    • DNA: DNA (131-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-A
  • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-B
  • リガンド: water
キーワードArginine anchor / NCP / APC3 / Complex / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin organization / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / regulation of mitotic cell cycle / Inhibition of DNA recombination at telomere / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Meiotic synapsis / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Defective pyroptosis / Assembly of the pre-replicative complex / HDACs deacetylate histones / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / spindle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / nucleosome / nucleosome assembly / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / cell division / centrosome / protein-containing complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H2B signature. / Histone H2B ...Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Histone H2B type 1-B / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2A type 2-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Young RVC / Muhammad R / Alfieri C
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
The Institute of Cancer Research (ICR) 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Spatial control of the APC/C ensures the rapid degradation of Cyclin B1
著者: Cirillo L / Young RVC / Veerapathiran S / Roberti A / Martin M / Abubacar A / Perosa C / Coates C / Muhammad R / Roumeliotis TI / Choudhary JS / Alfieri C / Pines J
履歴
登録2024年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 216 pix.
= 224.64 Å		1.04 Å/pix.
x 216 pix.
= 224.64 Å		1.04 Å/pix.
x 216 pix.
= 224.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.049518753 - 0.11865268
平均 (標準偏差)0.0002654244 (±0.003245794)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 224.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50416_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50416_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : APC3 motif bound to the NCP acidic patch

全体名称: APC3 motif bound to the NCP acidic patch
要素
  • 複合体: APC3 motif bound to the NCP acidic patch
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 27 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (132-MER)
    • DNA: DNA (131-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-A
  • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-B
  • リガンド: water

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超分子 #1: APC3 motif bound to the NCP acidic patch

超分子名称: APC3 motif bound to the NCP acidic patch / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #6-#7
詳細: Recombinant protein sample of residues 375-381 of APC3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cell division cycle protein 27 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 27 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: This is a disorder loop of human APC3 residues 177-446 fused to a SpyTag via a 27 residue GSA linker.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.788488 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSASNCLPN SCTTQVPNHS LSHRQPETVL TETPQDTIEL NRLNLESSNS KYSLNTDSSV SYIDSAVISP DTVPLGTGTS ILSKQVQNK PKTGRSLLGG PAALSPLTPS FGILPLETPS PGDGSYLQNY TNTPPVIDVP STGAPSKKSV ARIGQTGTKS V FSQSGNSR ...文字列:
GGSASNCLPN SCTTQVPNHS LSHRQPETVL TETPQDTIEL NRLNLESSNS KYSLNTDSSV SYIDSAVISP DTVPLGTGTS ILSKQVQNK PKTGRSLLGG PAALSPLTPS FGILPLETPS PGDGSYLQNY TNTPPVIDVP STGAPSKKSV ARIGQTGTKS V FSQSGNSR EVTPILAQTQ SSGPQTSTTP QVLSPTITSP PNALPRRSSR LFTSDSSTTK ENSKKLKMKF PPKIPNRKTK SK TNKGGIT QPNINDSLEI TKLDSSIISE GKISTITGSA GSAGSAGSAG SAGSAGSAGS AGSARGVPHI VMVDAYKRYK

UniProtKB: Cell division cycle protein 27 homolog

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分子 #2: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Human histone H3.1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Human histone H4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #4: Histone H2A type 2-A

分子名称: Histone H2A type 2-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.125549 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKSRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YMAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 2-A

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分子 #5: Histone H2B type 1-B

分子名称: Histone H2B type 1-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached,This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.445771 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VTTLSGLSGE QGPSGDMTTE EDSATHIKFS KRDEDGRELA GATMELRDSS GKTISTWISD GHVKDFYLYP GKYTFVETAA PDGYEVATP IEFTVNEDGQ VTVDGEATEG DAHTGSAWSH PQFEKGSAGS AAGSGAGWSH PQFEKGSAMP EPSKSAPAPK K GSKKAITK ...文字列:
VTTLSGLSGE QGPSGDMTTE EDSATHIKFS KRDEDGRELA GATMELRDSS GKTISTWISD GHVKDFYLYP GKYTFVETAA PDGYEVATP IEFTVNEDGQ VTVDGEATEG DAHTGSAWSH PQFEKGSAGS AAGSGAGWSH PQFEKGSAMP EPSKSAPAPK K GSKKAITK AQKKDGKKRK RSRKESYSIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SR EIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-B

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分子 #6: DNA (132-MER)

分子名称: DNA (132-MER) / タイプ: dna / ID: 6
詳細: The Widom 147 bp sequence with 32 nucleotides of DNA on either side
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.911336 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA) (DT)

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分子 #7: DNA (131-MER)

分子名称: DNA (131-MER) / タイプ: dna / ID: 7
詳細: Widom 147 DNA sequence flanked with 32 nucleotides on either side
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.382633 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA) (DT)

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 75 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPEs
50.0 mMNaClSodium chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP

詳細: 20 mM HEPEs pH8.0, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2698450
詳細: Template base particel picking and Topaz trained particle picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: A previous map generated by the lab
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta-latest) / 使用した粒子像数: 414277
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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