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- EMDB-50322: Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50322
タイトルCas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cas13b (cr)RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Phage head-tail adaptor
    • RNA: crRNA
キーワードAcrVIB1 / anti-CRISPR protein / Cas13b / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Phage head-tail adaptor
機能・相同性情報
生物種Segatella buccae (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Schmelz S / Lukat P / Blankenfeldt W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50322.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50322.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.6607462 - 1.0835227
平均 (標準偏差)-0.000009755981 (±0.024294013)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 232.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50322_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50322_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50322_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas13b (cr)RNA complex

全体名称: Cas13b (cr)RNA complex
要素
  • 複合体: Cas13b (cr)RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Phage head-tail adaptor
    • RNA: crRNA

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超分子 #1: Cas13b (cr)RNA complex

超分子名称: Cas13b (cr)RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Segatella buccae (バクテリア)

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分子 #1: Phage head-tail adaptor

分子名称: Phage head-tail adaptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Segatella buccae (バクテリア)
分子量理論値: 134.285938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQKQDKLFVD RKKNAIFAFP KYITIMENKE KPEPIYYELT DKHFWAAFLN LARHNVYTTI NHINRRLEIA ELKDDGYMMG IKGSWNEQA KKLDKKVRLR DLIMKHFPFL EAAAYEMTNS KSPNNKEQRE KEQSEALSLN NLKNVLFIFL EKLQVLRNYY S HYKYSEES ...文字列:
MQKQDKLFVD RKKNAIFAFP KYITIMENKE KPEPIYYELT DKHFWAAFLN LARHNVYTTI NHINRRLEIA ELKDDGYMMG IKGSWNEQA KKLDKKVRLR DLIMKHFPFL EAAAYEMTNS KSPNNKEQRE KEQSEALSLN NLKNVLFIFL EKLQVLRNYY S HYKYSEES PKPIFETSLL KNMYKVFDAN VRLVKRDYMH HENIDMQRDF THLNRKKQVG RTKNIIDSPN FHYHFADKEG NM TIAGLLF FVSLFLDKKD AIWMQKKLKG FKDGRNLREQ MTNEVFCRSR ISLPKLKLEN VQTKDWMQLD MLNELVRCPK SLY ERLREK DRESFKVPFD IFSDDYNAEE EPFKNTLVRH QDRFPYFVLR YFDLNEIFEQ LRFQIDLGTY HFSIYNKRIG DEDE VRHLT HHLYGFARIQ DFAPQNQPEE WRKLVKDLDH FETSQEPYIS KTAPHYHLEN EKIGIKFCSA HNNLFPSLQT DKTCN GRSK FNLGTQFTAE AFLSVHELLP MMFYYLLLTK DYSRKESADK VEGIIRKEIS NIYAIYDAFA NNEINSIADL TRRLQN TNI LQGHLPKQMI SILKGRQKDM GKEAERKIGE MIDDTQRRLD LLCKQTNQKI RIGKRNAGLL KSGKIADWLV NDMMRFQ PV QKDQNNIPIN NSKANSTEYR MLQRALALFG SENFRLKAYF NQMNLVGNDN PHPFLAETQW EHQTNILSFY RNYLEARK K YLKGLKPQNW KQYQHFLILK VQKTNRNTLV TGWKNSFNLP RGIFTQPIRE WFEKHNNSKR IYDQILSFDR VGFVAKAIP LYFAEEYKDN VQPFYDYPFN IGNRLKPKKR QFLDKKERVE LWQKNKELFK NYPSEKKKTD LAYLDFLSWK KFERELRLIK NQDIVTWLM FKELFNMATV EGLKIGEIHL RDIDTNTANE ESNNILNRIM PMKLPVKTYE TDNKGNILKE RPLATFYIEE T ETKVLKQG NFKALVKDRR LNGLFSFAET TDLNLEEHPI SKLSVDLELI KYQTTRISIF EMTLGLEKKL IDKYSTLPTD SF RNMLERW LQCKANRPEL KNYVNSLIAV RNAFSHNQYP MYDATLFAEV KKFTLFPSVD TKKIELNIAP QLLEIVGKAI KEI EKSENK N

UniProtKB: Phage head-tail adaptor

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分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 詳細: unprocessed crRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.895355 KDa
配列文字列:
CGUCGCCGUC CAGCUCGACC AGGAUGGGAA GUUGCAUCUG CCUUCUUUUU GAAAGGUAAA AACAACAUCG UCCAUUCCGA C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM HEPES pH7.0 120 mM NaCl 0.5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細for complex formation PubCas13b (1mg/ml) was mixed with crRNA in a ratio of 1:0.9 and kept on ice for 10 min prior vitrification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: EPU (ver. 3.3.1.5184)
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 3778 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: insilco model generated with cryoSPARC in C1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0) / 使用した粒子像数: 356629
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6dtd


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.71)
得られたモデル

PDB-9fcv:
Cas nuclease-CRISPR (cr)RNA ribonucleoprotein (RNP) complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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