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万見
- EMDB-50263: SARS-CoV-2 BA-2.87.1 Spike ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50263
タイトルSARS-CoV-2 BA-2.87.1 Spike ectodomain
マップデータBA2-87.1 cryoEM map C3 symmetry
試料
  • 複合体: BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードViral protein / immune system / SARS-CoV-2 / RBD / Spike / glycoprotein / BA.2.87.1 / receptor / coronavirus-2 / N-terminal domain / Supersite
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ren J / Stuart DI / Duyvesteyn HME
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Concerted deletions eliminate a neutralizing supersite in SARS-CoV-2 BA.2.87.1 spike.
著者: Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Chang Liu / Piyada Supasa / Barbara Kronsteiner / Katie Jeffery / Lizzie Stafford / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / / Juthathip ...著者: Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Chang Liu / Piyada Supasa / Barbara Kronsteiner / Katie Jeffery / Lizzie Stafford / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / / Juthathip Mongkolsapaya / Elizabeth E Fry / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: BA.2.87.1 represents a major shift in the BA.2 lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and is unusual in having two lengthy deletions of polypeptide in the spike (S) ...BA.2.87.1 represents a major shift in the BA.2 lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and is unusual in having two lengthy deletions of polypeptide in the spike (S) protein, one of which removes a beta-strand. Here we investigate its neutralization by a variety of sera from infected and vaccinated individuals and determine its spike (S) ectodomain structure. The BA.2.87.1 receptor binding domain (RBD) is structurally conserved and the RBDs are tightly packed in an "all-down" conformation with a small rotation relative to the trimer axis as compared to the closest previously observed conformation. The N-terminal domain (NTD) maintains a remarkably similar structure overall; however, the rearrangements resulting from the deletions essentially destroy the so-called supersite epitope and eliminate one glycan site, while a mutation creates an additional glycan site, effectively shielding another NTD epitope. BA.2.87.1 is relatively easily neutralized but acquisition of additional mutations in the RBD could increase antibody escape allowing it to become a dominant sub-lineage.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Liebschner D / Afonine PV
#2: ジャーナル: Nature Methods / 年: 2017
タイトル: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination
著者: Punjani A / Rubinstein JL
履歴
登録2024年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50263.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BA2-87.1 cryoEM map C3 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.605 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.605 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.605 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7303 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0574
最小 - 最大-0.21243459 - 0.49160874
平均 (標準偏差)0.00041368767 (±0.019395774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 255.605 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: BA2-87.1 cryoEM half map C3 symmetry

ファイルemd_50263_half_map_1.map
注釈BA2-87.1 cryoEM half map C3 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BA2-87.1 cryoEM half map C3 symmetry

ファイルemd_50263_half_map_2.map
注釈BA2-87.1 cryoEM half map C3 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein

全体名称: BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein
要素
  • 複合体: BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein

超分子名称: BA-2.87.1 variant SARS-CoV2 S protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Spike protein recombinantly expressed using sequence of human-derived BA-2.87.1 variant of SARS-CoV2.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 139.502484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAISGTN DTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKFNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNAVIKVCEF QFKNNKSLME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG N FKNLSEFV ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTQ DLFLPFFSNV TWFHAISGTN DTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKFNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNAVIKVCEF QFKNNKSLME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG N FKNLSEFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLG RGLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SSSGWTAGAA AY YVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNLCPFDEVF NAT RFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNF APFFAFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGNEVSQIA PGQTGTIADY NYKL PDDFT GCVIAWNSNK LDSNGGGNYN YMYRLFRKSK LKPFERDIST EIYQAGNTPC KGVAGFNCYF PLQSYGFRPT YGVGH QPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDAVRDP QTLEIL DIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQGVNCT EVSVAIHADQ LTPTWRVYST GSNGFQTRAG CLIGAEYVNN SYECDIP IG AGICASYQTQ TRSHGSASSV ASQPIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGD S TECSNLLLQY GSFCTQLKRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKIPPIKH FGGFNFSQIL PDPSKPSKRS FIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QGSLSSTASA LGKLQDVVNH NAQALNTLVK QLSSKFGAIS SVLNDILSRL D PPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HV TYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNNTVYDPLQ PEL DSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDLQ ELGKYEQGSG YIPEAPRDGQ AYVR KDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHGSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE
詳細BA.2.87.1 Spike

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9818 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in EER format.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 504319
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8r1c

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1)
詳細: Determined in cryosparc local resolution estimation module.
使用した粒子像数: 37441
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1) / 詳細: 3D classification without alignment in cryosparc.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8r1c


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Phenix real space refinement with manual checks using coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9f9y:
SARS-CoV-2 BA-2.87.1 Spike ectodomain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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