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万見- EMDB-50251: Human choline transporter-like protein 1 (hCTL1/SLC44A1) in peptidisc -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50251 | |||||||||
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タイトル | Human choline transporter-like protein 1 (hCTL1/SLC44A1) in peptidisc | |||||||||
マップデータ | NU refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | Choline transporter-like family / CTL / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolamine transmembrane transporter activity / ethanolamine transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / choline transmembrane transporter activity / Choline catabolism / choline catabolic process / choline transport / phosphatidylcholine biosynthetic process / antiporter activity / Synthesis of PC ...ethanolamine transmembrane transporter activity / ethanolamine transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / choline transmembrane transporter activity / Choline catabolism / choline catabolic process / choline transport / phosphatidylcholine biosynthetic process / antiporter activity / Synthesis of PC / transport across blood-brain barrier / transmembrane transport / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Driller JH / Pedersen BP | |||||||||
資金援助 | デンマーク, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: To be announced 著者: Driller JH / Pedersen BP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50251.map.gz | 120.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50251-v30.xml emd-50251.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50251_fsc.xml | 18.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50251.png | 65 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50251.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_50251_additional_1.map.gz emd_50251_additional_2.map.gz emd_50251_half_map_1.map.gz emd_50251_half_map_2.map.gz | 121.1 MB 230.1 MB 226.4 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50251 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | NU refinement | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.647 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: map from local refinement
ファイル | emd_50251_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map from local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_50251_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50251_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50251_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Choline transporter-like protein 1 (hCTL1) in peptidisc
全体 | 名称: Choline transporter-like protein 1 (hCTL1) in peptidisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Choline transporter-like protein 1 (hCTL1) in peptidisc
超分子 | 名称: Choline transporter-like protein 1 (hCTL1) in peptidisc タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Choline transporter-like protein 1
分子 | 名称: Choline transporter-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGCCSSASSA AQSSKREWKP LEDRSCTDIP WLLLFILFCI GMGFICGFSI ATGAAARLVS GYDSYGNICG QKNTKLEAIP NSGMDHTQRK YVFFLDPCNL DLINRKIKSV ALCVAACPRQ ELKTLSDVQK FAEINGSALC SYNLKPSEYT TSPKSSVLCP KLPVPASAPI ...文字列: MGCCSSASSA AQSSKREWKP LEDRSCTDIP WLLLFILFCI GMGFICGFSI ATGAAARLVS GYDSYGNICG QKNTKLEAIP NSGMDHTQRK YVFFLDPCNL DLINRKIKSV ALCVAACPRQ ELKTLSDVQK FAEINGSALC SYNLKPSEYT TSPKSSVLCP KLPVPASAPI PFFHRCAPVN ISCYAKFAEA LITFVSDNSV LHRLISGVMT SKEIILGLCL LSLVLSMILM VIIRYISRVL VWILTILVIL GSLGGTGVLW WLYAKQRRSP KETVTPEQLQ IAEDNLRALL IYAISATVFT VILFLIMLVM RKRVALTIAL FHVAGKVFIH LPLLVFQPFW TFFALVLFWV YWIMTLLFLG TTGSPVQNEQ GFVEFKISGP LQYMWWYHVV GLIWISEFIL ACQQMTVAGA VVTYYFTRDK RNLPFTPILA SVNRLIRYHL GTVAKGSFII TLVKIPRMIL MYIHSQLKGK ENACARCVLK SCICCLWCLE KCLNYLNQNA YTATAINSTN FCTSAKDAFV ILVENALRVA TINTVGDFML FLGKVLIVCS TGLAGIMLLN YQQDYTVWVL PLIIVCLFAF LVAHCFLSIY EMVVDVLFLC FAIDTKYNDG SPGREFYMDK VLMEFVENSR KAMKEAGKGG VADSRELKPM ASGASSALSA LVPR UniProtKB: Choline transporter-like protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 15mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 6758 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |