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- EMDB-50186: Interface between baseplate cup and extended tail tube/sheath of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50186
タイトルInterface between baseplate cup and extended tail tube/sheath of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
マップデータ
試料
  • ウイルス: vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 1種
キーワードBaseplate cup / baseplate wedge / fibers / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, second / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 ...Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, second / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / : / Tail sheath protein Gp18-like domain I / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Tail sheath protein / Baseplate wedge protein gp10 / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate tail tube cap / Baseplate wedge subunit ...IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Tail sheath protein / Baseplate wedge protein gp10 / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate tail tube cap / Baseplate wedge subunit / Long tail fiber proximal subunit / Baseplate subunit / Putative baseplate hub subunit / Baseplate central spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella phage KP1 (ファージ) / vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Orlova EV / Isupov MN
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
著者: Orlova EV / Isupov MN
履歴
登録2024年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.29478946 - 0.5440083
平均 (標準偏差)0.004389434 (±0.03993818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: C3 map to 4.33 A resolution used to...

ファイルemd_50186_additional_1.map
注釈C3 map to 4.33 A resolution used to rebuild monomers with C3 symmetry, particularly gp199.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50186_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50186_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : vB_Kpn_Lilla1

全体名称: vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate subunit
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp6
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp7
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge tail fiber connector
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp10
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative baseplate hub subunit
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate tail tube cap
    • タンパク質・ペプチド: Long tail fiber proximal subunit
  • タンパク質・ペプチド: IraD/Gp25-like domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
  • タンパク質・ペプチド: Baseplate central spike protein
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: vB_Kpn_Lilla1

超分子名称: vB_Kpn_Lilla1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#10, #12, #2, #1 / NCBI-ID: 2070202 / 生物種: vB_Kpn_Lilla1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Klebsiella (バクテリア)

+
分子 #1: Long tail fiber proximal subunit

分子名称: Long tail fiber proximal subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 138.688438 KDa
配列文字列: MSDLLKQHFR ATNGLDAGGN KVINVALADR NVKTDGVSVE YVIQENTIQK YDPTRGYLTD FAVTYGRRIW IANKDIPKPA GDFNQANWT SLRVDPNWIY TVRKGEFEIQ SGQFINVDSN AAGNATLLLP LAPDEGDTIV VRDIGGRPGY NGILIKAQDT G ASIVFGES ...文字列:
MSDLLKQHFR ATNGLDAGGN KVINVALADR NVKTDGVSVE YVIQENTIQK YDPTRGYLTD FAVTYGRRIW IANKDIPKPA GDFNQANWT SLRVDPNWIY TVRKGEFEIQ SGQFINVDSN AAGNATLLLP LAPDEGDTIV VRDIGGRPGY NGILIKAQDT G ASIVFGES RLREVRLTRP YSQIMLTFSN GAWRASLTDF GDTAKMVVPN GIVPTQVQSG DNVVRRYTSN SEIFITLPLF AN SNDIINF TDLDGTSPIN HMTVRTFDPT ISIGTPGQTE IQVRTSGNGF LVYDSIDKIW RIFENDLRTR VRIITSDVTL MPN EHISVF GTDNNTVKTI NVTLPTDVAV GDTVTIAMNY MRKGQTVVIK ASGGDTIASN LNLLQFPKRS EYPPDAAWVQ SSSI TFNGT TSYVPVLELA YIEEKATGKS YWIITESDPT VERVDAKDNT TRARLGVIAL ATQAQANAES NAEKELAITP ETLNG RRST ETQTGIARIA TSSEVNQSTT ASYLDNVIVT PKKLNERAAT ETRRGLAEIA SNAKMDAGTD DFTIVTPKKL LYRTTS DSR LGVVQLVKTG GAPNTTNDRS SAGTGIFDHS DYKNAVTPKT LREYKATVNQ SGIVWLATDS EVRNGTPASS NIPTVVT PE ALHKKVATDG AIGLIQIATQ TEVNAGGVTN KAVTPKTLND RTATNDRTGI ARFATPGAQG EFEAGTSSTV MVNPKLLF D KFANTGRIQV NTSSGLTITG NLWDHYTINI QEASTSQRGT TTLATAAEVR TGTDAKKIVT AATLHAKTAT EGAIGLAQY ATQAQVDAGT LSDRIVPPAY LKQTIQVTES WQATDSVRGT VRLSTGDGTW KGNDTNGSTL PDNGYASKGV AVSPYELNLT LKHYLPRLG KAYDTGMLGG QTPDKYARRD IAQTISGAWS FSQDTSFSNN ISVQNIIYAN GGEVKISPTA DTGNVHVRFQ N RDGSERGI IYAEPQTASA GTLKIRVKNG TGTTAASQTY TFGGNGTLEV PNEVSTKTLR SSGNAIVGGT VMVKDVQMLA VE GLNSIFG AQSQSAFIRS RDADTQIFAQ DSTGSYPILT TKNYARLADG RYVKKAGDTM TGNLNINSSA IVITGSESWY VPT NETVIR QGSWTAEIKD ATKLKGLRGY MVPIRTPIDP ANPSTLVVTG YEEKTAAGGV LTQIGVTTNN TYQLWTPYPP TTET ADKRF AHTVWMRIYN PNLNKFDDWM RVFTSATPPT AADIGAPSSV STQVKTLEVL EWIKLGPVKI WPDRPNQTLK FEWVG D

UniProtKB: Long tail fiber proximal subunit

+
分子 #2: Baseplate tail tube cap

分子名称: Baseplate tail tube cap / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 38.263664 KDa
配列文字列: MIFEELADGL ENIKKSGTRI SQGKSKLTNA PTTKVAQFPA ERSAGNDSAQ DMRVHDLYRN GLLFTAYDFK GRTTPDLRSF RRDVMLSSV FDSPMSALAN SSSSTTSTAP VANILLPRSK SDVDSVSHKF NDVGDSLVTR GGGTATGVLS NVASTAVFGS I ESLTQGLM ...文字列:
MIFEELADGL ENIKKSGTRI SQGKSKLTNA PTTKVAQFPA ERSAGNDSAQ DMRVHDLYRN GLLFTAYDFK GRTTPDLRSF RRDVMLSSV FDSPMSALAN SSSSTTSTAP VANILLPRSK SDVDSVSHKF NDVGDSLVTR GGGTATGVLS NVASTAVFGS I ESLTQGLM ADNGEQIYNT ARSMYAGPDN RTKVFTWDLT PRSADDLIQI IRIYEIFNYY SYGVTGNSSY AKEVKAAIDE WY KGTLKSA APDGAKVENT VFEQITSFLS NVIVVSNPTI WTVRNFGYST SMDGREDIFG PCQIQSIRFD KTPNGHFNGL AIA PNLPST FTLEITMREI LTLNRGNVYI GGIE

UniProtKB: Baseplate tail tube cap

+
分子 #3: Baseplate subunit

分子名称: Baseplate subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 33.716129 KDa
配列文字列: MFTLEEFKSQ AADIDFQRTN MFSVVFATVP SSKTQALLND FGGELYNNMG LDGNWLGLTP GEFNQGITTI VTQGTRQVVR KSGVNTFMI GAMTQRVVQS LLGEFTVGTY LLDFFNMAFP TAGLMVYSAK IPENRLSYEM DKFHNAPNIK ITGRDMEPLV L SFRMDPEA ...文字列:
MFTLEEFKSQ AADIDFQRTN MFSVVFATVP SSKTQALLND FGGELYNNMG LDGNWLGLTP GEFNQGITTI VTQGTRQVVR KSGVNTFMI GAMTQRVVQS LLGEFTVGTY LLDFFNMAFP TAGLMVYSAK IPENRLSYEM DKFHNAPNIK ITGRDMEPLV L SFRMDPEA SNYRAMQDWV NAVEDPVTGL RGLPQDVECD IQVNLHARNG LPHTVCLFSG AMPVACGAPE FTYDGENTIA VF DVTFAYR SMQTGSVGKQ AAMDWLEDKA IQKIETINPN QGLSASASRL SRLGGAGGGI SNITTTTSRI I

UniProtKB: Baseplate subunit

+
分子 #4: Baseplate wedge protein gp6

分子名称: Baseplate wedge protein gp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 73.689242 KDa
配列文字列: MAIKEPLNYQ LTRTANAIPD AFTGATFDEI KNQLINWLSG QKEFQDFDFA GSRLNVLLDL LAYNTLYIQQ FGNTALYESF IGTANLRSS VVQAAQQNGY LPSSKSAATA SIMLEVTHPN PEPAIKIPRG TKFLAYARDS SVDPYNFVVT ENVIALRDTS A PEGVNRYL ...文字列:
MAIKEPLNYQ LTRTANAIPD AFTGATFDEI KNQLINWLSG QKEFQDFDFA GSRLNVLLDL LAYNTLYIQQ FGNTALYESF IGTANLRSS VVQAAQQNGY LPSSKSAATA SIMLEVTHPN PEPAIKIPRG TKFLAYARDS SVDPYNFVVT ENVIALRDTS A PEGVNRYL PIVNLAQGRI IRTQLSYDPK KPIVIRDQSI DRKQVKLWVD GAEWTNWTDR SMVHASSIST IYYMRETVDG NT EFFFGEG VAEASVAGGV LESNFIGGLK PTKGAQVVIE YIRTDGESAN GATDFSYADT LQYIVVNKII ENWSDSPDYV GAD GGGEPE DIERIRELAQ IKRESQMRCV SKTDYESFVS SRFGSIVQAV QCFTDQDKPG YAFIAIKPKS GLQLTAVQRE DIQD YLRPF CLAPITPSVM SPDYLFIRHN IKASYALNKL QESEQWLQSK IIDSINRYYV DEVEMFNKNF SKSKLLTYID DTDHS IIGS SVDIQMVREI VNYFTLPSAG IKYYNTITPR TLRSGDLVFT VTPTADSYPV NIVGTDPDKN GKGNMVIGPF KPGDIK ENT HIQPYTEDDF DRTTNGERTR WYKIGEVDYY GDNIYWSLGA IGADPLQFED QSIELYSTPT QDIVFARDGT LIVFEND LR PQYTTIKLEP ITQ

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp6

+
分子 #5: Baseplate wedge protein gp7

分子名称: Baseplate wedge protein gp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 119.645719 KDa
配列文字列: MTIAPFVTSL RIHKLSANQV NIRWDDVGAN FYYFVELAET RNRAGEVIPA DNLSWSSLGY TADNDWFEQN RIEPLTYYKM RVQTTSAGF EPSEWVETEE FQTFEENAYT FEHMQEFSLV KEFIKQKFSL NNMSYVNFNT SAMMASLMTE SFQFSPEYSH L SAIENFVV ...文字列:
MTIAPFVTSL RIHKLSANQV NIRWDDVGAN FYYFVELAET RNRAGEVIPA DNLSWSSLGY TADNDWFEQN RIEPLTYYKM RVQTTSAGF EPSEWVETEE FQTFEENAYT FEHMQEFSLV KEFIKQKFSL NNMSYVNFNT SAMMASLMTE SFQFSPEYSH L SAIENFVV GESGYHEIQG PIEAVCVDKN RTMLGEIDGI LYLFERFQHM VKVSNDKGQN WQYVQLFNDR VGNPVSRVVI YQ SKTTSYV LGYDKIFYGR KSSDVRWSSN EVKFSDNEVT FAKLGDQLKL GFEVELFGTY ASLPADVTKY AEAFTCNDDY LYV VAKDTV RKVKLKDAPI DTDPLSPTFG EKVFEKEVSH ITGNPKSVCF KMDSVGGKIF ALITGEVKTL GLDPTDPRNV VDSA TKGVY VYQEGTNTWK RVFGNTDEEK RRIEHLWTSM STDGKEIFFS SANFKTTEYA QDIELETKYP ELISTAVKNV NPIQY HSDK HYHMMSFRAD EFSRWETFVP GPMRFYAEPW FVWMAREGNR CWISTADHAV VIYNDILYQK RVDAAAQGTT ERILSE VWD KGDATFYCPP VSFNGFLQYA SGIMFHEPDG KLIGYYAFDY RVRDQVTLNW KPTDVMFKAF LQNQTREEDW TPEHTPG LR DPDLRPYLTK MMPDSYLLQD SNFEHFCKYY LQFLSDGNGT HYNSLVNLVK NKYPREENAW EYLWSEVYKR NIYLSKDA R DAVVRFFEAR KNDFYATKGI EDSYKFLFKL LYNEDVEIDI ESKNTTEYDI IVESTNISDD LVGRTIYTAS GRSNVTYIE REYRDGRLLW RITIHNLSGR FIEGQEIKSE RTDFEGIIVQ GVRGKDMLSN NIDYINRSRS YYVMKIKSQL PTSRFRDDVL RFVHPVGFG FIGITLLTMF INSGLNMKHV ETIINKLKNY KWDAGLPSVY PDRVAIIASD DTIERDPITN EPRYSSRAQA G EPFPLPAN YNQENNNSVI AGQNPGQRRK PLSPTFDQSA VTFANYRDLV NQRLKDDAGN PRDPENPTQV KIDE

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp7

+
分子 #6: Baseplate wedge subunit

分子名称: Baseplate wedge subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 38.704387 KDa
配列文字列: MSNSTRASST RSTIYRAIIT SKFRTEKMYT FYKSIGPGTD QNTLYVSFGK STPWSDNESE PGFAPPYPAD NEDGVVDIWT NMMGAVKIE SSMLDCVVPR RDWGDTRYPN PRTFLIGDIV VANSAPYNRT DAGFGWMVYR CIDVPKNGMC SIGNLTSKEE C IKLGGKWT ...文字列:
MSNSTRASST RSTIYRAIIT SKFRTEKMYT FYKSIGPGTD QNTLYVSFGK STPWSDNESE PGFAPPYPAD NEDGVVDIWT NMMGAVKIE SSMLDCVVPR RDWGDTRYPN PRTFLIGDIV VANSAPYNRT DAGFGWMVYR CIDVPKNGMC SIGNLTSKEE C IKLGGKWT PSTISGSAPR GRGDANGTVD LGDGYLWEYL YEIPADVSIN RCTNEYIVVP WPEEIEESPA RWGFQNNLTW QQ NDFNLIY RMKCNTIRFK AYLDAVYFPE FSLPGNTGFR QLSIITNPLE VKPMPNSPNV KAEKGWYSAS GLERQSGEMI YME NRQPII RSMDQTEELN LIFEF

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

+
分子 #7: Baseplate wedge tail fiber connector

分子名称: Baseplate wedge tail fiber connector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 32.380195 KDa
配列文字列: MYTDKGKKII DVGEIGNAST GDILYDGGVK INDNFDAIYN AFADQRLFAA GGGALNQKIH ATSYYQKIKF GDANSAGTVP MGSCIDADC SEGAVQIRLS KGKAGEAVFV VNSNGSASKA RSIKITTNGE GVADAFKDGS RELIINTPRC RIELWCVEVK A NGAAVWDY ...文字列:
MYTDKGKKII DVGEIGNAST GDILYDGGVK INDNFDAIYN AFADQRLFAA GGGALNQKIH ATSYYQKIKF GDANSAGTVP MGSCIDADC SEGAVQIRLS KGKAGEAVFV VNSNGSASKA RSIKITTNGE GVADAFKDGS RELIINTPRC RIELWCVEVK A NGAAVWDY SISSMFGSTY SPLEATYNLT SSPINIRLGY NDDYSTVKLL LSFSANPGGQ TIKRQSSEVM LMIDPTITSS AP NGRVFDT EYAVLRSGES SENEKMYSIS YSINAQKDLI CTASTSYGNA RLAVKVIATQ TVGVSQ

UniProtKB: Baseplate wedge tail fiber connector

+
分子 #8: Baseplate wedge protein gp10

分子名称: Baseplate wedge protein gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 66.71207 KDa
配列文字列: MKQNLIVGQS VDDGSGDYLR KGGLKINNNF DDLYSELGDG SVPFAAGAWK TFKASPTGTT LNAKFGQAFA INTQAARVNV QLPKGTAND YNKVIKLRDV WSTWRLSPIT VIPAQGDTLK GSASPKIFNT NFQDLELVYC APGRWEYIEN KTVDKLTNGN L STVAKKSI ...文字列:
MKQNLIVGQS VDDGSGDYLR KGGLKINNNF DDLYSELGDG SVPFAAGAWK TFKASPTGTT LNAKFGQAFA INTQAARVNV QLPKGTAND YNKVIKLRDV WSTWRLSPIT VIPAQGDTLK GSASPKIFNT NFQDLELVYC APGRWEYIEN KTVDKLTNGN L STVAKKSI IATAGQTDFL NIFDGVEYNE DSLNVYRRGN ILYYGETSVM DKANADYGSP GTVAGQLVEL NGKDIRLKVP CV EGEVITF ETFLDGIGVY RSSYNKLAIQ IRDSAQTTSQ TIPGSMIVDN LATLRRITLD DMGVLPGVGV NPNSLEISLN GKE LLEAGT AGLPLFYCEG AEGGYAEDCI NNGGQWVNSN QDYRLEFDST GTNVEAIIFG EAFEDKDLLT VRWFNNNIGT TMDI DDIMA ETDQVYMNAE QLVTLKNRIE YTNYDEPNQK NMRPVADDIM IKVNNIAAFF DVIYPIGTIY ENAHNHANPA DYMGF GVWK LYSQGRVTAG WNNDSSDPYF SRNNNNLNEN GQPSLTAGGT VGDLTFTLGK EHIPELMSRD KVLISDPEHG SVVIGG CQL DPDAQGPGYS KYREDTVAVN NGVVPNDITK IQPTITVYRW IRVG

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp10

+
分子 #9: Tail sheath protein

分子名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 42 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 71.695094 KDa
配列文字列: MPLVSPGIEL KETSVQSTVV LNATGRAAIV GKFQWGPAYQ VTQITNEVEL VDMFGGPNNQ TADYFMSAMN FLQYGNDLRT VRVVNREAA KNASPLVDNI EWEITTAGSN YEVGDKITVK YADQVVDDTG SVTEVDSDGK IKSVFIPTSK IIAYAKSINQ Y PDLGSSWT ...文字列:
MPLVSPGIEL KETSVQSTVV LNATGRAAIV GKFQWGPAYQ VTQITNEVEL VDMFGGPNNQ TADYFMSAMN FLQYGNDLRT VRVVNREAA KNASPLVDNI EWEITTAGSN YEVGDKITVK YADQVVDDTG SVTEVDSDGK IKSVFIPTSK IIAYAKSINQ Y PDLGSSWT TTITSQSSGV SAVITLGKII SDSTVLLTEP ETAHEEMTKT EFQTALAKYK MPGIVAAYPG ELGNQLEIEI VS KAAFDKG EQLTIYPAGG KRASTAKAVF GYGPQTDTQY AIIVRRDGAV VESAVLSTSR QDKDIYGNNI FMDDYFSKGS SRY IFATAQ GWPEGFAGVI RLGGGVSANE SVTAGDLIQG WDLFGDREAL RVNLLIAGAC AGETDEIAST VQKHVSSIAD ERQD CLALI SPPRSTIVNI PLTRAVDNLI DWRQGEGSYD SANMNINTTY AAIDGNYKYQ YDKYNDVNRW VPLAADIAGL CARTD DIAQ PWMSPAGYRR GQILNCIKLA IEPRQAHRDR MYQAGINPVT GQGTGDGFIL FGDKTATTVP TPFDRINVRR LFNMLK NNI GDSSKWQLFE LNDNFTRSSF RMETSQYLAG IKALGGVYDF RVVCDTTNNT PAVIDRNEFV ASFYIKPARS INYITLN FV ATATGADFDE LIGP

UniProtKB: Tail sheath protein

+
分子 #10: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 18.633738 KDa
配列文字列:
MELTDITRAF ESGDFARPNL FEVEIPYLGR NFSFKCKAAP MPAGIVEKVP VGYMNRKINV AGDRTYDDWT VTIYNDDKHE VRKAIIAWQ AQAHAQGNDI SGMTPADYKK VATVRQFSRD GKTITNEHTI TGLWPTNVGE VQMDWDSNNE VETFETTFAI D WWE

UniProtKB: Tail tube protein

+
分子 #11: IraD/Gp25-like domain-containing protein

分子名称: IraD/Gp25-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 15.38236 KDa
配列文字列:
MSNIDKLYSD LDPEMRLAWD TDVSKTVGAR SVKNSLLGII TTRKGSRPFD PEFGCDITNE LFENMTPLTG DTIKRNIVSA VRNYEPRIN RLSVDVLPLY DDNAIIVTVQ FSIVDDPDTL ERIRIQMRSN ANSSSRV

UniProtKB: IraD/Gp25-like domain-containing protein

+
分子 #12: Putative baseplate hub subunit

分子名称: Putative baseplate hub subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 43.526016 KDa
配列文字列: MTTQRLGYPN ISIKLYSGYD AWLANRFVEL AATFITLTMR DSLRGTNEGL LQFYDSKNMH TRMNGDELVQ ISVANSNTSR TQTRIYGIK HFTVGVDDKG DSIITLQLGT LHDIMNLKFS RAFFSSAYET IKEMIGAMYV DQPLIAPPIN GINAYVPRVP W TSTLKDYL ...文字列:
MTTQRLGYPN ISIKLYSGYD AWLANRFVEL AATFITLTMR DSLRGTNEGL LQFYDSKNMH TRMNGDELVQ ISVANSNTSR TQTRIYGIK HFTVGVDDKG DSIITLQLGT LHDIMNLKFS RAFFSSAYET IKEMIGAMYV DQPLIAPPIN GINAYVPRVP W TSTLKDYL RYVRNVGIST DNDQFIFAWE DITGINMMDY ESMISQDPNV FMFGAPQTIG QFAAGLKYPL AWDFEWLVKS NR YNRNPMK NATFYAHSFV DKDVTRIING EGQNSVFINR SGGYSDMIFR NGYEEALRIS TMAQYDGYAQ TKCYGNFELT PGM KINFVD LKDQFRTDFY IDEVIHEISN NTSITNLYMF TNGSALEPVD LIKVKNELKR DSSY

UniProtKB: Putative baseplate hub subunit

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分子 #13: Baseplate wedge subunit

分子名称: Baseplate wedge subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 24.69342 KDa
配列文字列: MLFSFFSPID YSAKTVKGAK AKAIPTADIF RNYRKYFDTV AENYLLQTYY ISGAPRPEEL AYILYGNSQL YWILLMCNNV YDPFRDWIK TQDACYQFAQ QKYADVGGDQ ILYHVDANGN RYYNLEQYPE NSGIWYDKGD FNHQYPQYTG ALAGVDIYED S IIENEKLR ...文字列:
MLFSFFSPID YSAKTVKGAK AKAIPTADIF RNYRKYFDTV AENYLLQTYY ISGAPRPEEL AYILYGNSQL YWILLMCNNV YDPFRDWIK TQDACYQFAQ QKYADVGGDQ ILYHVDANGN RYYNLEQYPE NSGIWYDKGD FNHQYPQYTG ALAGVDIYED S IIENEKLR QINIINPSDI EAFLSDIIRE MEKAPDSEYE SGRYKSQTTI GEVL

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

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分子 #14: Baseplate central spike protein

分子名称: Baseplate central spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 63.317457 KDa
配列文字列: MIEMNDSLKW FTGVVEDRQD PLKQGRVRVR VYGLHPFEKV QGAITGLPTE DLPWMSVIQP TNSAGISGVG SSITGMVEGT SVFGLWLDE FKTAGLVIGT YSAHRKTKPN YTEGFSDPTG QYPRQVGSDT NPLVQGDETG YSAIPNIIQD RNLDIGINPD D ADLSDIPE ...文字列:
MIEMNDSLKW FTGVVEDRQD PLKQGRVRVR VYGLHPFEKV QGAITGLPTE DLPWMSVIQP TNSAGISGVG SSITGMVEGT SVFGLWLDE FKTAGLVIGT YSAHRKTKPN YTEGFSDPTG QYPRQVGSDT NPLVQGDETG YSAIPNIIQD RNLDIGINPD D ADLSDIPE DPNPAITITD MLNRDEGLRL KVYWDTEGYP TVGIGHLIMA QKVRDMSVIN KTLSNQVGRT VTGNPGIITM DE AVALFKQ DRDKMLSDIK TNSRVGPVYA KVNKSRQMAL ENMSFQMGVG GLAKFGKMLD AMLIGDWKTA YTEARNSVWF NQT KGRASR VSMIILTGNM ESYGVPAPKP EGKNLSAAYV EPKSGGNPED PWTPEDSRIL FKEPESSYNG QYPYVHTMET ESGH IQEFD DTPGYERYRI VHPTGSYEEV APDGRRTRKT VADLYDMTQG DGNILISGDK KVNVGGNETY YNMYNRRQQI DGDNT LYVR GNETKTIEGD GTIFVKGNIK IVVEGNADIQ VNGDATTKVD GNHDVTVGGN LTWQVAGTVN WNVGGAWTET MASMSS IAQ GQYTVDGSRI DVG

UniProtKB: Baseplate central spike protein

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分子 #15: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM NaCl, 8mM MgSO4, 50mM Tris-HCl
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92.0 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 78.7 K / 最高: 93.6 K
詳細Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron detector model*: post GIF K3
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 83505 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 34529
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2415
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 200 / 平均メンバー数/クラス: 60
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9f4a:
Interface between baseplate cup and extended tail tube/sheath of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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