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万見
- EMDB-5007: Divergence of Quaternary Structures among Bacterial Flagellar Fil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5007
タイトルDivergence of Quaternary Structures among Bacterial Flagellar Filaments
マップデータVolume
試料
  • 試料: Campylobacter jejuni flagellar filament
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar filament
キーワードflagellar filament / structural polymorphism / IHRSR
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Galkin VE / Yu X / Bielnicki J / Heuser J / Ewing CP / Guerry P / Egelman EH
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Divergence of quaternary structures among bacterial flagellar filaments.
著者: Vitold E Galkin / Xiong Yu / Jakub Bielnicki / John Heuser / Cheryl P Ewing / Patricia Guerry / Edward H Egelman /
要旨: It has been widely assumed that the atomic structure of the flagellar filament from Salmonella typhimurium serves as a model for all bacterial flagellar filaments given the sequence conservation in ...It has been widely assumed that the atomic structure of the flagellar filament from Salmonella typhimurium serves as a model for all bacterial flagellar filaments given the sequence conservation in the coiled-coil regions responsible for polymerization. On the basis of electron microscopic images, we show that the flagellar filaments from Campylobacter jejuni have seven protofilaments rather than the 11 in S. typhimurium. The vertebrate Toll-like receptor 5 (TLR5) recognizes a region of bacterial flagellin that is involved in subunit-subunit assembly in Salmonella and many other pathogenic bacteria, and this short region has diverged in Campylobacter and related bacteria, such as Helicobacter pylori, which are not recognized by TLR5. The driving force in the change of quaternary structure between Salmonella and Campylobacter may have been the evasion of TLR5.
履歴
登録2008年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年4月21日-
マップ公開2009年4月22日-
更新2016年3月2日-
現状2016年3月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.118
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.118
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5007_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.118 / ムービー #1: 0.118
最小 - 最大-0.23480536 - 0.39745471
平均 (標準偏差)0.00967519 (±0.10778536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 240.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.000240.000240.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.2350.3970.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Campylobacter jejuni flagellar filament

全体名称: Campylobacter jejuni flagellar filament
要素
  • 試料: Campylobacter jejuni flagellar filament
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar filament

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超分子 #1000: Campylobacter jejuni flagellar filament

超分子名称: Campylobacter jejuni flagellar filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: None / 集合状態: helical polymer / Number unique components: 1

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超分子 #1: flagellar filament

超分子名称: flagellar filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) / Organelle: Flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 103.11 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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