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万見
- EMDB-4997: Cryo-EM density of murine Solute Carrier 26 family member A9 (Slc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4997
タイトルCryo-EM density of murine Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) anion transporter in the inward-facing state
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9
キーワードSLC26 family / anion transporter / membrane protein structure / transport mechanism / cryo-EM / single particle / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / regulation of pH / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride channel activity / ATPase binding ...Inorganic anion exchange by SLC26 transporters / regulation of pH / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride channel activity / ATPase binding / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 26, member 9 / Solute carrier family 26 member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Sawicka M / Walter JD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_163421
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structures and functional characterization of murine Slc26a9 reveal mechanism of uncoupled chloride transport.
著者: Justin D Walter / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
要旨: The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic ...The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic fibrosis. To provide molecular details of its transport mechanism, we present cryo-EM structures and a functional characterization of murine Slc26a9. These structures define the general architecture of eukaryotic SLC26 family members and reveal an unusual mode of oligomerization which relies predominantly on the cytosolic STAS domain. Our data illustrates conformational transitions of Slc26a9, supporting a rapid alternate-access mechanism which mediates uncoupled chloride transport with negligible bicarbonate or sulfate permeability. The characterization of structure-guided mutants illuminates the properties of the ion transport path, including a selective anion binding site located in the center of a mobile module within the transmembrane domain. This study thus provides a structural foundation for the understanding of the entire SLC26 family and potentially facilitates their therapeutic exploitation.
履歴
登録2019年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rtc
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4997.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 232 pix.
= 249.4 Å		1.08 Å/pix.
x 232 pix.
= 249.4 Å		1.08 Å/pix.
x 232 pix.
= 249.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.031 / ムービー #1: 0.031
最小 - 最大-0.12677877 - 0.20427218
平均 (標準偏差)0.00023366208 (±0.004324662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 249.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0751.0751.075
M x/y/z232232232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.400249.400249.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS232232232
D min/max/mean-0.1270.2040.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4997_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4997_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4997_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)

全体名称: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
要素
  • 複合体: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9

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超分子 #1: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)

超分子名称: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9

分子名称: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 70.597641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNQPRPRYVV DRAAYSLSLF DDEFEKKDRA YPVGEKLRNT FRCSSAKFKA FVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGCIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG IHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ IFNNVTNETY V DTAAMEAE ...文字列:
MNQPRPRYVV DRAAYSLSLF DDEFEKKDRA YPVGEKLRNT FRCSSAKFKA FVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGCIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG IHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ IFNNVTNETY V DTAAMEAE RLHVSATLAC LTAVIQMALG FMQFGFVAIY LSESFIRGFM TAAGLQILIS VLKYIFGLTI PSYTGPGSIV FT FIDICKN LPHTNIASLI FALVSGVFLV LVKELNARYM HKIHFPIPTE MIVVVVATAI SGSCKMPKKY HMQIVGEIRQ GFP TPVAPM VSQWKDMVGT AFSLAIVGYV INLAMGRTLA SKHGYDVDSN QEMIALGCSN FFGSFFKIHV ICCALSVTLA VDGA GGKSQ VASLCVSLVV MITMLVLGSY LYPLPKAVLG ALIAVNLKNS LKQLTDPYYL WRKSKLDCCV WVVSFLSSFF LSLPY GVAV GVAFSILVVI FQTQFRNGST LAQVMDTDIY VNPKTYNRAQ EIAGVKIVTY CSPLYFANSE IFRQKVIAKT GMDGST FHT LILDMSGVSF VDLMGIKALA KLSSTYEKIG VQIFLVNIHA QVYNDISHGG VFEDGCVQRS HVFPSIHDAV LFAQANA RE A

UniProtKB: Solute carrier family 26, member 9, Solute carrier family 26, member 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %C56H92O25glycol-diosgenin
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 2838 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46511 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 46511
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 416164
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 112930
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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