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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4997 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM density of murine Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) anion transporter in the inward-facing state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SLC26 family / anion transporter / membrane protein structure / transport mechanism / cryo-EM / single particle / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / regulation of pH / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity ...Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / regulation of pH / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride transmembrane transport / ATPase binding / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Sawicka M / Walter JD | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures and functional characterization of murine Slc26a9 reveal mechanism of uncoupled chloride transport. 著者: Justin D Walter / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic ...The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic fibrosis. To provide molecular details of its transport mechanism, we present cryo-EM structures and a functional characterization of murine Slc26a9. These structures define the general architecture of eukaryotic SLC26 family members and reveal an unusual mode of oligomerization which relies predominantly on the cytosolic STAS domain. Our data illustrates conformational transitions of Slc26a9, supporting a rapid alternate-access mechanism which mediates uncoupled chloride transport with negligible bicarbonate or sulfate permeability. The characterization of structure-guided mutants illuminates the properties of the ion transport path, including a selective anion binding site located in the center of a mobile module within the transmembrane domain. This study thus provides a structural foundation for the understanding of the entire SLC26 family and potentially facilitates their therapeutic exploitation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4997.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4997-v30.xml emd-4997.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4997_fsc.xml | 8.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4997.png | 138.4 KB | ||
マスクデータ | emd_4997_msk_1.map | 47.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-4997.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_4997_half_map_1.map.gz emd_4997_half_map_2.map.gz | 35.5 MB 35.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4997 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4997_validation.pdf.gz | 718.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4997_full_validation.pdf.gz | 717.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4997_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4997_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4997 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4997_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4997_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4997_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
全体 | 名称: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9)
超分子 | 名称: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9
分子 | 名称: Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 70.597641 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNQPRPRYVV DRAAYSLSLF DDEFEKKDRA YPVGEKLRNT FRCSSAKFKA FVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGCIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG IHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ IFNNVTNETY V DTAAMEAE ...文字列: MNQPRPRYVV DRAAYSLSLF DDEFEKKDRA YPVGEKLRNT FRCSSAKFKA FVFGLLPVLS WLPKYKIKDY IIPDLLGGLS GGCIQVPQG MAFALLANLP AVNGLYSSFF PLLTYFFLGG IHQMVPGTFA VISILVGNIC LQLAPESKFQ IFNNVTNETY V DTAAMEAE RLHVSATLAC LTAVIQMALG FMQFGFVAIY LSESFIRGFM TAAGLQILIS VLKYIFGLTI PSYTGPGSIV FT FIDICKN LPHTNIASLI FALVSGVFLV LVKELNARYM HKIHFPIPTE MIVVVVATAI SGSCKMPKKY HMQIVGEIRQ GFP TPVAPM VSQWKDMVGT AFSLAIVGYV INLAMGRTLA SKHGYDVDSN QEMIALGCSN FFGSFFKIHV ICCALSVTLA VDGA GGKSQ VASLCVSLVV MITMLVLGSY LYPLPKAVLG ALIAVNLKNS LKQLTDPYYL WRKSKLDCCV WVVSFLSSFF LSLPY GVAV GVAFSILVVI FQTQFRNGST LAQVMDTDIY VNPKTYNRAQ EIAGVKIVTY CSPLYFANSE IFRQKVIAKT GMDGST FHT LILDMSGVSF VDLMGIKALA KLSSTYEKIG VQIFLVNIHA QVYNDISHGG VFEDGCVQRS HVFPSIHDAV LFAQANA RE A UniProtKB: Solute carrier family 26 member 9, Solute carrier family 26 member 9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 2838 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 46511 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 46511 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |