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- EMDB-49849: Structure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49849
タイトルStructure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen
マップデータStructure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen
試料
  • 複合体: Nanchung
    • タンパク質・ペプチド: Nanchung
  • リガンド: Afidopyropen
キーワードMembrane protein / membrane channel / TRANSPORT PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Halyomorpha halys (クサギカメムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Fedor JG / Lee S-Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS132231 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Visualizing insecticide control of insect TRP channel function and assembly.
著者: Justin G Fedor / Ramani Kandasamy / Cheon-Gyu Park / Yang Suo / Martin Weisel / Nancy B Rankl / Alexandre Nesterov / Seok-Yong Lee /
要旨: Insecticides are vital to combating world food shortages and transmission of vector-borne human diseases. Increasing insecticide resistance necessitates discovery of novel compounds against ...Insecticides are vital to combating world food shortages and transmission of vector-borne human diseases. Increasing insecticide resistance necessitates discovery of novel compounds against underutilized targets. Nanchung (Nan) and Inactive (Iav), the transient receptor potential vanilloid-type (TRPV) channels in insects, likely form a heteromeric channel (Nan-Iav) and are localized in mechanosensory chordotonal organs which confer gravitaxis, hearing and proprioception. Several insecticides, such as afidopyropen (AP), target Nan-Iav through unknown mechanisms. Effective against piercing-sucking (hemipteran) insects, AP disrupts chordotonal functions preventing feeding. AP can bind to Nan alone, but only Nan-Iav exhibits channel activity with agonists including endogenous nicotinamide (NAM). Despite its importance as an insecticide target, much is unknown about Nan-Iav, such as channel assembly, modulator binding sites, and Ca-dependent regulation, hampering further insecticide development. Here we present the cryo-electron microscopy structures of hemipteran Nan-Iav with calmodulin bound in the apo state and with AP and NAM bound to cytosolic ankyrin repeat domain (ARD) interfaces. Unexpectedly, we found that Nan alone can form a pentamer, stabilized through AP-mediated ARD interactions. Our study provides molecular insights into insecticide and agonist interactions with Nan-Iav, highlighting the importance of the ARD on channel function and assembly, while also probing regulation by Ca.
履歴
登録2025年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.7824992 - 3.2854803
平均 (標準偏差)0.0066785016 (±0.07258978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_49849_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_49849_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nanchung

全体名称: Nanchung
要素
  • 複合体: Nanchung
    • タンパク質・ペプチド: Nanchung
  • リガンド: Afidopyropen

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超分子 #1: Nanchung

超分子名称: Nanchung / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Nanchung

分子名称: Nanchung / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halyomorpha halys (クサギカメムシ)
分子量理論値: 104.941031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNTESNVTS GVKKQADTSS IKIYKLVDLK GGGLLVELMK RAAQTKQYAE LDHAIKTKVE PFLYNKGQGK MMPVSQLVLM RNKERPRHK MLPPLRNLEN PDDYDIESYV VPEPTEEDLK DPNKYREVCW DLKERGAVGE TILHLCLLNA TSLHADLAKR L LRFYPKLI ...文字列:
MGNTESNVTS GVKKQADTSS IKIYKLVDLK GGGLLVELMK RAAQTKQYAE LDHAIKTKVE PFLYNKGQGK MMPVSQLVLM RNKERPRHK MLPPLRNLEN PDDYDIESYV VPEPTEEDLK DPNKYREVCW DLKERGAVGE TILHLCLLNA TSLHADLAKR L LRFYPKLI NDVYMSDEYY GESVLHIAIV NEDPAMVKFL LDSGVNVNER CFGNFMCPED QKASRTDSFD HEWVNLQSFT TY EGYVYWG EYPLSFAACL GQEECYRLML ARGANPDNQD TNGNTVLHML VIYSKIQTFD MAYEVGGDLS IRNVQYLTPL TLA AKLARI ELFFHILNIE REIYWQIGSI TCAAYPLSQI DTIDIVTGNI SKNSALNLVV FGEKDEHLEL MDGVLIDLLN AKWN AFVKF RFYRQFFLFL FYFLISLICF TLRPGPPPVK PISSINSTKP NGNNITADLS PENLTTLPKW IYKTEIKKYD PEDNT SQNS RLNVILREVI LTSLKVEDID KVVSFSNAET PDNSREDAEG LVCNGNSIHS CIGNGSDVIS VFGKGKSPKV PKPGAS ADD FDYDDTWWEE FGQCRLLQVT SYIEMTRLIS EVMLDIGALL YILAALREAR FLGWSMFVEN LMTAPSRVMF LFSCCLM LT MPFLRFTCNE EIEDMMAVII MLTTAPYFLF FCRGFKTVGP FVVMIYRMIM GDLLRFATIY LVFVMGFAQA YYIIFLSF D NPLTPEGVDD SVSNPIPNPM EAVMAMFFMS MTSFGDYYPA LERTAHEFCA KLCFVIYMAI VAILLVNMLI AMMGNTYQK IAETRNEWQR QWARIVLVVE RGVSPSERLT KLMWYSQPMS DGRRALVLRL NQSEEDKEEM KEILEMKRIH NRMVQKRKER EMSTTKSPN LINLNSPIEN TKNKNPFSAN SLEVLFQ

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分子 #2: Afidopyropen

分子名称: Afidopyropen / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: A1B32
分子量理論値: 593.664 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisTris
150.0 mMNaClNaCl
0.02 %GDNGDN
1.0 uMAPAfidopyropen
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6114 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 729894
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 481923
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5wo7


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 112.4
得られたモデル

PDB-9nvs:
Structure of a pentameric Nanchung in complex with Afidopyropen

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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