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万見
- EMDB-49794: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49794
タイトルUromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
マップデータUromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
試料
  • 組織: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
    • タンパク質・ペプチド: Uromodulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードKidney / urine / uropathogen / filament / lattice / ANTIMICROBIAL PROTEIN / kidney disease / UTI / urinary tract infection / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / collecting duct development / urea transmembrane transport / metanephric ascending thin limb development ...citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / collecting duct development / urea transmembrane transport / metanephric ascending thin limb development / regulation of protein transport / micturition / protein localization to vacuole / intracellular chloride ion homeostasis / juxtaglomerular apparatus development / antibacterial innate immune response / renal urate salt excretion / urate transport / renal sodium ion absorption / glomerular filtration / neutrophil migration / intracellular phosphate ion homeostasis / response to water deprivation / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of urine volume / endoplasmic reticulum organization / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / IgG binding / extrinsic component of membrane / ciliary membrane / leukocyte cell-cell adhesion / cellular response to unfolded protein / multicellular organismal response to stress / cellular defense response / renal water homeostasis / side of membrane / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ERAD pathway / : / RNA splicing / apoptotic signaling pathway / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / autophagy / Golgi lumen / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / response to lipopolysaccharide / cilium / apical plasma membrane / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Uromodulin-like, D8C domain / EGF domain / EGF domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain ...Uromodulin-like, D8C domain / EGF domain / EGF domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Chang AN / Fitzpatrick AWP
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human uromodulin filament networks in uropathogen capture.
著者: Andrew N Chang / Gabriele Cerutti / Yuki Ogawa / Alia Basler / Willa Switzer / Mia Eng-Kohn / Carolyn Lee / Anthony W P Fitzpatrick /
要旨: Uromodulin (UMOD), the most abundant protein in human urine, is essential for kidney function and urinary tract health. UMOD forms filaments that bind to uropathogenic bacteria, facilitating their ...Uromodulin (UMOD), the most abundant protein in human urine, is essential for kidney function and urinary tract health. UMOD forms filaments that bind to uropathogenic bacteria, facilitating their aggregation and clearance from the urinary tract. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the bacteria-binding D10C domain of UMOD and reveal its binding to the filament core. The details of D10C-core binding explain the formation of distinct filament lattice architectures adopted by UMOD. The D10C-core binding interface gives rise to diverse filament lattice structures, ranging from open and expansive to compact and dense conformations, or a combination of both. We hypothesize that other molecules present in urine may act as cross-linking agents, further stabilizing this binding interface and facilitating the connection of individual filaments into larger networks capable of effectively trapping bacteria. Structural mapping of kidney disease-related mutations points toward the abolition of disulfide bonds and promotion of mutant UMOD aggregation.
履歴
登録2025年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.64 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.64 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.174
最小 - 最大-0.34241116 - 0.93860483
平均 (標準偏差)0.0052839727 (±0.03980818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 386.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49794_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_49794_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine

全体名称: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
要素
  • 組織: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
    • タンパク質・ペプチド: Uromodulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine

超分子名称: Uromodulin filament lattice in the kinked arrangement from human urine
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Uromodulin

分子名称: Uromodulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.82168 KDa
配列文字列: MGQPSLTWML MVVVASWFIT TAATDTSEAR WCSECHSNAT CTEDEAVTTC TCQEGFTGDG LTCVDLDECA IPGAHNCSAN SSCVNTPGS FSCVCPEGFR LSPGLGCTDV DECAEPGLSH CHALATCVNV VGSYLCVCPA GYRGDGWHCE CSPGSCGPGL D CVPEGDAL ...文字列:
MGQPSLTWML MVVVASWFIT TAATDTSEAR WCSECHSNAT CTEDEAVTTC TCQEGFTGDG LTCVDLDECA IPGAHNCSAN SSCVNTPGS FSCVCPEGFR LSPGLGCTDV DECAEPGLSH CHALATCVNV VGSYLCVCPA GYRGDGWHCE CSPGSCGPGL D CVPEGDAL VCADPCQAHR TLDEYWRSTE YGEGYACDTD LRGWYRFVGQ GGARMAETCV PVLRCNTAAP MWLNGTHPSS DE GIVSRKA CAHWSGHCCL WDASVQVKAC AGGYYVYNLT APPECHLAYC TDPSSVEGTC EECSIDEDCK SNNGRWHCQC KQD FNITDI SLLEHRLECG ANDMKVSLGK CQLKSLGFDK VFMYLSDSRC SGFNDRDNRD WVSVVTPARD GPCGTVLTRN ETHA TYSNT LYLADEIIIR DLNIKINFAC SYPLDMKVSL KTALQPMVSA LNIRVGGTGM FTVRMALFQT PSYTQPYQGS SVTLS TEAF LYVGTMLDGG DLSRFALLMT NCYATPSSNA TDPLKYFIIQ DRCPHTRDST IQVVENGESS QGRFSVQMFR FAGNYD LVY LHCEVYLCDT MNEKCKPTCS GTRFRSGSVI DQSRVLNLGP ITRKGVQATV SRAFSSLGLL KVWLPLLLSA TLTLTFQ

UniProtKB: Uromodulin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 13 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1110345
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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