EMDB-49786: ARP6-ZNHIT1 module from unbound SRCAP complex (focused refinement)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49786

タイトル

ARP6-ZNHIT1 module from unbound SRCAP complex (focused refinement)

マップデータ

試料

複合体: Endogenous human SRCAP complex

キーワード

Chromatin Remodeler / Snf2 family ATPase / histone exchange / H2A.Z / GENE REGULATION

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Louder RK / Park G

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural divergence of H2A.Z-associated human chromatin remodelers SRCAP and TIP60
著者: Park G / Patel AB / Wu C / Louder RK

履歴

登録	2025年3月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2026年4月1日	-
マップ公開	2026年4月1日	-
更新	2026年4月1日	-
現状	2026年4月1日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49786.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49786.map.gz	10.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49786-v30.xml emd-49786.xml	13.8 KB 13.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49786_fsc.xml	13.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49786.png	87.6 KB
マスクデータ	emd_49786_msk_1.map	216 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-49786.cif.gz	4 KB
その他	emd_49786_half_map_1.map.gz emd_49786_half_map_2.map.gz	171.5 MB 171.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49786 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49786	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45381C 45382C 45383C 45384C 45385C 45386C 45387C 45388C 45389C 49770C 49771C 49772C 49773C 49774C 49775C 49776C 49777C 49778C 49779C 49780C 49781C 49782C 49783C 49784C 49785C 49787C 49788C 49789C 49790C 49791C 49850C 49851C 49852C 49853C 49854C 49855C 49857C 49858C 49859C 49860C 49861C 49862C 49863C 49864C 49877C 49878C 49879C 49880C 49881C 9ca7C 9ca8C 9ca9C 9caaC 9cabC 9cacC 9cadC 9caeC 9cafC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.03 Å/pix. x 384 pix. = 393.6 Å	1.03 Å/pix. x 384 pix. = 393.6 Å	1.03 Å/pix. x 384 pix. = 393.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.025 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.015
最小 - 最大	-0.0382594 - 0.06439032
平均 (標準偏差)	0.0000074345835 (±0.00056872546)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_49786_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_49786_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_49786_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Endogenous human SRCAP complex

全体	名称: Endogenous human SRCAP complex
要素	複合体: Endogenous human SRCAP complex

-
超分子 #1: Endogenous human SRCAP complex

超分子	名称: Endogenous human SRCAP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: K-562 / 器官: BLOOD / 組織: BONE MARROW / Organelle: NUCLEUS / 細胞中の位置: NUCLEOPLASM

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.6
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37293
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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