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万見
- EMDB-49620: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49620
タイトルTransmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit in complex with miniGs/gust25
マップデータ
試料
  • 細胞: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit in complex with miniGs/gust25
    • タンパク質・ペプチド: miniGs/gust25
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35 (NB35)
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 2
キーワードSweet / taste / receptor / GPCR / TAS1R2 / TAS1R3 / T1R2 / T1R3 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sweet taste receptor complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sweet taste / sweet taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of sweet taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / positive regulation of cytokinesis / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade ...sweet taste receptor complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sweet taste / sweet taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of sweet taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / positive regulation of cytokinesis / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Taste receptor type 1 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Juen Z / Lu Z / Yu R / Chang AN / Wang B / Fitzpatrick AWP / Zuker CS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: The structure of human sweetness.
著者: Zhang Juen / Zhengyuan Lu / Ruihuan Yu / Andrew N Chang / Brian Wang / Anthony W P Fitzpatrick / Charles S Zuker /
要旨: In humans, the detection and ultimately the perception of sweetness begin in the oral cavity, where taste receptor cells (TRCs) dedicated to sweet-sensing interact with sugars, artificial sweeteners, ...In humans, the detection and ultimately the perception of sweetness begin in the oral cavity, where taste receptor cells (TRCs) dedicated to sweet-sensing interact with sugars, artificial sweeteners, and other sweet-tasting chemicals. Human sweet TRCs express on their cell surface a sweet receptor that initiates the cascade of signaling events responsible for our strong attraction to sweet stimuli. Here, we describe the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human sweet receptor bound to two of the most widely used artificial sweeteners-sucralose and aspartame. Our results reveal the structural basis for sweet detection, provide insights into how a single receptor mediates all our responses to such a wide range of sweet-tasting compounds, and open up unique possibilities for designing a generation of taste modulators informed by the structure of the human receptor.
履歴
登録2025年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.12 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.12 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.823 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.88820994 - 1.4104972
平均 (標準偏差)0.000015705158 (±0.027223045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 362.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49620_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49620_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49620_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit ...

全体名称: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit in complex with miniGs/gust25
要素
  • 細胞: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit in complex with miniGs/gust25
    • タンパク質・ペプチド: miniGs/gust25
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35 (NB35)
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 2

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超分子 #1: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit ...

超分子名称: Transmembrane domains of the human TAS1R2 sweet receptor subunit in complex with miniGs/gust25
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: miniGs/gust25

分子名称: miniGs/gust25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.469336 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKAAAAPL CLSQQLRMKG DYVLGGLFPL GEAEEAGLRS RTRPSSPVCT RFSSNGLLWA LAMKMAVEE INNKSDLLPG LRLGYDLFDT CSEPVVAMKP SLMFLAKAGS RDIAAYCNYT QYQPRVLAVI GPHSSELAMV T GKFFSFFL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKAAAAPL CLSQQLRMKG DYVLGGLFPL GEAEEAGLRS RTRPSSPVCT RFSSNGLLWA LAMKMAVEE INNKSDLLPG LRLGYDLFDT CSEPVVAMKP SLMFLAKAGS RDIAAYCNYT QYQPRVLAVI GPHSSELAMV T GKFFSFFL MPQVSYGASM ELLSARETFP SFFRTVPSDR VQLTAAAELL QEFGWNWVAA LGSDDEYGRQ GLSIFSALAA AR GICIAHE GLVPLPRADD SRLGKVQDVL HQVNQSSVQV VLLFASVHAA HALFNYSISS RLSPKVWVAS EAWLTSDLVM GLP GMAQMG TVLGFLQRGA QLHEFPQYVK THLALATDPA FCSALGEREQ GLEEDVVGQR CPQCDCITLQ NVSAGLNHHQ TFSV YAAVY SVAQALHNTL QCNASGCPAQ DPVKPWQLLE NMYNLTFHVG GLPLRFDSSG NVDMEYDLKL WVWQGSVPRL HDVGR FNGS LRTERLKIRW HTSDNQKPVS RCSRQCQEGQ VRRVKGFHSC CYDCVDCEAG SYRQNPDDIA CTFCGQDEWS PERSTR CFR RRSRFLAWGE PAVLLLLLLL SLALGLVLAA LGLFVHHRDS PLVQASGGPL ACFGLVCLGL VCLSVLLFPG QPSPARC LA QQPLSHLPLT GCLSTLFLQA AEIFVESELP LSWADRLSGC LRGPWAWLVV LLAMLVEVAL CTWYLVAFPP EVVTDWHM L PTEALVHCRT RSWVSFGLAH ATNATLAFLC FLGTFLVRSQ PGRYNRARGL TFAMLAYFIT WVSFVPLLAN VQVVLRPAV QMGALLLCVL GILAAFHLPR CYLLMRQPGL NTPEFFLGGG PGDAQGQNDG NTGNQGKHEG GGSGGGSGGG SGGGSGGGSG NSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD K VNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNDFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG KS KIEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTRAKYFIRD EFLRISTASG DGRHYCYPHF TCAVDTQNVK FVFDAVTDII IKE NLKDCG LF

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody 35 (NB35)

分子名称: Nanobody 35 (NB35) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 17.352498 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGASI SYTGSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SHHHHHHEPE A

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分子 #5: Taste receptor type 1 member 2

分子名称: Taste receptor type 1 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.239008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAYPYD VPDYAAAAEP AENSDFYLPG DYLLGGLFSL HANMKGIVHL NFLQVPMCKE YEVKVIGYNL MQAMRFAVE EINNDSSLLP GVLLGYEIVD VCYISNNVQP VLYFLAHEDN LLPIQEDYSN YISRVVAVIG PDNSESVMTV A NFLSLFLL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAYPYD VPDYAAAAEP AENSDFYLPG DYLLGGLFSL HANMKGIVHL NFLQVPMCKE YEVKVIGYNL MQAMRFAVE EINNDSSLLP GVLLGYEIVD VCYISNNVQP VLYFLAHEDN LLPIQEDYSN YISRVVAVIG PDNSESVMTV A NFLSLFLL PQITYSAISD ELRDKVRFPA LLRTTPSADH HIEAMVQLML HFRWNWIIVL VSSDTYGRDN GQLLGERVAR RD ICIAFQE TLPTLQPNQN MTSEERQRLV TIVDKLQQST ARVVVVFSPD LTLYHFFNEV LRQNFTGAVW IASESWAIDP VLH NLTELR HLGTFLGITI QSVPIPGFSE FREWGPQAGP PPLSRTSQSY TCNQECDNCL NATLSFNTIL RLSGERVVYS VYSA VYAVA HALHSLLGCD KSTCTKRVVY PWQLLEEIWK VNFTLLDHQI FFDPQGDVAL HLEIVQWQWD RSQNPFQSVA SYYPL QRQL KNIQDISWHT INNTIPMSMC SKRCQSGQKK KPVGIHVCCF ECIDCLPGTF LNHTEDEYEC QACPNNEWSY QSETSC FKR QLVFLEWHEA PTIAVALLAA LGFLSTLAIL VIFWRHFQTP IVRSAGGPMC FLMLTLLLVA YMVVPVYVGP PKVSTCL CR QALFPLCFTI CISCIAVRSF QIVCAFKMAS RFPRAYSYWV RYQGPYVSMA FITVLKMVIV VIGMLATGLS PTTRTDPD D PKITIVSCNP NYRNSLLFNT SLDLLLSVVG FSFAYMGKEL PTNYNEAKFI TLSMTFYFTS SVSLCTFMSA YSGVLVTIV DLLVTVLNLL AISLGYFGPK CYMILFYPER NTPAYFNSMI QGYTMRRD

UniProtKB: Taste receptor type 1 member 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55925
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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