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- EMDB-49394: In-situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Dot/Icm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49394
タイトルIn-situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Dot/Icm machine
マップデータstructure of periplasmic ring (PR) of the Dot/Icm machine
試料
  • 複合体: periplasmic ring (PR)
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide A
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide B
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide C
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide D
    • タンパク質・ペプチド: IcmG (DotF)
    • タンパク質・ペプチド: IcmE (DotG)
    • タンパク質・ペプチド: IcmK (DotH)
キーワードType IVB Dot/Icm Secretion Machine / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Decapeptide repeat region / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IcmG (DotF) / IcmE (DotG) / IcmK (DotH)
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Yue J / Jun L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01AI152421 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: structures of the Dot/Icm T4SS identify the DotA-IcmX complex as the gatekeeper for effector translocation.
著者: Jian Yue / Samira Heydari / Donghyun Park / David Chetrit / Shoichi Tachiyama / Wangbiao Guo / Jack M Botting / Shenping Wu / Craig R Roy / Jun Liu
要旨: The Dot/Icm machine in is one of the most versatile type IV secretion systems (T4SSs), with a remarkable capacity to translocate over 330 different effector proteins across the bacterial envelope ...The Dot/Icm machine in is one of the most versatile type IV secretion systems (T4SSs), with a remarkable capacity to translocate over 330 different effector proteins across the bacterial envelope into host cells. At least 27 Dot and Icm proteins are required for assembly and function of the system, yet the architecture and activation mechanism remain poorly understood at the molecular level. Here, we deploy cryo-electron microscopy to reveal structures of the Dot/Icm machine at near-atomic resolution. Importantly, two proteins essential for effector translocation, DotA and IcmX, form a pentameric protochannel at an inactive state. Upon activation, the DotA-IcmX protochannel undergoes extensive rearrangements to form an extended transenvelope passage capable of transporting effector proteins from the bacterial cytoplasm into host cells as revealed by cryo-electron tomography. Collectively, our findings suggest that the DotA-IcmX complex functions as the gatekeeper for effector translocation of the Dot/Icm T4SS.
履歴
登録2025年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of periplasmic ring (PR) of the Dot/Icm machine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 448 pix.
= 598.08 Å		1.34 Å/pix.
x 448 pix.
= 598.08 Å		1.34 Å/pix.
x 448 pix.
= 598.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.335 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.763983 - 2.5032604
平均 (標準偏差)0.006742055 (±0.049149875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 598.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49394_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49394_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : periplasmic ring (PR)

全体名称: periplasmic ring (PR)
要素
  • 複合体: periplasmic ring (PR)
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide A
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide B
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide C
    • タンパク質・ペプチド: unknown peptide D
    • タンパク質・ペプチド: IcmG (DotF)
    • タンパク質・ペプチド: IcmE (DotG)
    • タンパク質・ペプチド: IcmK (DotH)

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超分子 #1: periplasmic ring (PR)

超分子名称: periplasmic ring (PR) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: unknown peptide A

分子名称: unknown peptide A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 1.679849 KDa
配列文字列:
CTDAALAALE YHKSNA

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分子 #2: unknown peptide B

分子名称: unknown peptide B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 910.095 Da
配列文字列:
CVSMIGGSR

-
分子 #3: unknown peptide C

分子名称: unknown peptide C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 1.775978 KDa
配列文字列:
RVSIGGTVYT AKKYDD

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分子 #4: unknown peptide D

分子名称: unknown peptide D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 505.521 Da
配列文字列:
PFGAD

-
分子 #5: IcmG (DotF)

分子名称: IcmG (DotF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 29.729969 KDa
配列文字列: MMAEHDQNND EYKFAELDSY DMDQAGESDL DSEASYQSGK EGLTKKKDIK RNALIAIGAV VFIMVMYKII GWMFFSDKSS QVTSKPAIP PVTQVATPQP VQTIPTTTPI QQVQPTTIIE DDPDLKKKVS AIEMTQQSLR SEVNALSEQI NAVNNNIKNL N AQIVNLNQ ...文字列:
MMAEHDQNND EYKFAELDSY DMDQAGESDL DSEASYQSGK EGLTKKKDIK RNALIAIGAV VFIMVMYKII GWMFFSDKSS QVTSKPAIP PVTQVATPQP VQTIPTTTPI QQVQPTTIIE DDPDLKKKVS AIEMTQQSLR SEVNALSEQI NAVNNNIKNL N AQIVNLNQ IIGNMSNQIA RQSEVINVLM ARTTPKKVVK VSRPIVQARI IYYIQAVIPG RAWLIGSNGS TLTVREGSKI PG YGMVKLI DSLQGRILTS SGQVIKFSQE DS

UniProtKB: IcmG (DotF)

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分子 #6: IcmE (DotG)

分子名称: IcmE (DotG) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 107.911891 KDa
配列文字列: MASKKENLKS LFSNTRTRVI IIFTAALLII AVVIGFFKIR GATTGSIAAA EVSTVPGGIQ SIPGVLDPTA QYAKLQEEQN ITQAQVAEK TGGSAIPTII RTQALGEGVG VIGSQSGVGF AALAQEELGG PQRSLWIQEL QDGSCSKSVI TKVVNQGAQL T DLKAACSC ...文字列:
MASKKENLKS LFSNTRTRVI IIFTAALLII AVVIGFFKIR GATTGSIAAA EVSTVPGGIQ SIPGVLDPTA QYAKLQEEQN ITQAQVAEK TGGSAIPTII RTQALGEGVG VIGSQSGVGF AALAQEELGG PQRSLWIQEL QDGSCSKSVI TKVVNQGAQL T DLKAACSC VQLKDSGYGL QELEQVCECK ELKSAGYNAR QLKEAGYSAG RLRNCGFDAC ELRNAGFTAQ EMKDGGFSDG EL KGAGFSD AEIAKASGLP DGITADDVRK AGCGAAALAK LRQAGVSASA IRKISGCTAE QLKAAGYTAK ELKDAGFSAA DLR RAGFSA AELKDAGFTA RDLLNAGFTP ADLAKAGFSD AQIKAAQAEL PPGITPQDVK NAGCDVEALK KEREAGVSAA LIRQ YAGCS AQALKAAGFT DADLANAGFT PAQISAATPL SDAEIKAAGC DPDKLKKLFS AGVSAKRIKE LNGCSAEALK AAGYD AQSL LAAGFTPQEL LAAGFTPKQL EDAGLNPVSI IADGRVADCS VESLKKARAA GVSALTIKQT LGCSAAALKA AGYTAK ELK DAGFTAAELK AAGFSAKELK DAGFTAKELR DAGFSAQELK DVGFSAKDLK DAGFSAAELK AAGFTAAQLK AAGFSAK DL KDAGFSAAEL KAAGFSAKEL KDAGFSASDL KNAGFSAKEL KDAGFSASDL KSAGFSASEL KNAGYSADEL KKAGYTSA E LRNAGFSPQE SAVAGLQGPD LQQLDSSITG IPSIPGATPR PTTSDAASSA EQLQAILQKQ NEQLAEQKYQ QEIQQRTSD MLTAATQLVQ DWKQVETQVY TEGTEETKTS GGESAVPGTG TGTGSNNQPV DQGAVSAQNQ AIIKTGDIMF AVLDTSVNSD EPGPILATI VTGKLKGSKL IGSFNLPSNA DKMVITFNTM SIPGAEKTIS ISAYAIDPNT ARTALASRTN HHYLMRYGSL F ASSFLQGF GNAFQSANTT ITIGGTGGGN NITVANGVGR STLENAVIGL ATVGKAWSQQ AQQLFNTPTT VEVYSGTGLG IL FTQDVTT I

UniProtKB: IcmE (DotG)

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分子 #7: IcmK (DotH)

分子名称: IcmK (DotH) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 38.958926 KDa
配列文字列: MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV ...文字列:
MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV IRLSQGFVSS LVFLDSTGAP WPIAAYDLGD PSSFNIQWDK TSNTLMIQAT KLYNYGNLAV RLRGLNTPVM LT LIPGQKA VDYRVDLRVQ GYGPNAKSMP TEEGIPPSAN DLLLHVLEGV PPPGSRRLVV SGGDARAWLS NEKMYVRTNL TIL SPGWLA SMTSADGTHA YEMQKSPVLL VSWHGKVMQL KVEGL

UniProtKB: IcmK (DotH)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 73.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76406
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ngv:
In situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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