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万見
- PDB-9nh2: In situ cryo-EM structure of porin III of the Legionella Dot/Icm ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nh2
タイトルIn situ cryo-EM structure of porin III of the Legionella Dot/Icm T4SS machine
要素Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IVB Dot/Icm Secretion Machine
機能・相同性Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Yue, J. / Liu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01AI152421 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: structures of the Dot/Icm T4SS identify the DotA-IcmX complex as the gatekeeper for effector translocation.
著者: Jian Yue / Samira Heydari / Donghyun Park / David Chetrit / Shoichi Tachiyama / Wangbiao Guo / Jack M Botting / Shenping Wu / Craig R Roy / Jun Liu
要旨: The Dot/Icm machine in is one of the most versatile type IV secretion systems (T4SSs), with a remarkable capacity to translocate over 330 different effector proteins across the bacterial envelope ...The Dot/Icm machine in is one of the most versatile type IV secretion systems (T4SSs), with a remarkable capacity to translocate over 330 different effector proteins across the bacterial envelope into host cells. At least 27 Dot and Icm proteins are required for assembly and function of the system, yet the architecture and activation mechanism remain poorly understood at the molecular level. Here, we deploy cryo-electron microscopy to reveal structures of the Dot/Icm machine at near-atomic resolution. Importantly, two proteins essential for effector translocation, DotA and IcmX, form a pentameric protochannel at an inactive state. Upon activation, the DotA-IcmX protochannel undergoes extensive rearrangements to form an extended transenvelope passage capable of transporting effector proteins from the bacterial cytoplasm into host cells as revealed by cryo-electron tomography. Collectively, our findings suggest that the DotA-IcmX complex functions as the gatekeeper for effector translocation of the Dot/Icm T4SS.
履歴
登録2025年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
B: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
C: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
D: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
E: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
F: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
G: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
H: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
I: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
J: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
K: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
L: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
M: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
N: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
O: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein
P: Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,83316
ポリマ－421,83316
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein beta-barrel domain-containing protein


分子量: 26364.537 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
参照: UniProt: Q5ZXK0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: porin III / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 6.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 73 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76409 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004228016
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.848738176
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05694224
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00715008
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.80083932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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