[日本語] English
万見
- EMDB-49255: In-situ structure of the flagellar motor of Campylobacter jejuni ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49255
タイトルIn-situ structure of the flagellar motor of Campylobacter jejuni pflB deletion mutant
マップデータIn-situ structure of the flagellar motor of Campylobacter jejuni pflB deletion mutant
試料
  • 細胞: Campylobacter jejuni
キーワードC. jejuni / Flagella / Complex / Flagellar motor / MOTOR PROTEIN
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.1 Å
データ登録者Tachiyama S / Liu J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI087946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI132818 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2026
タイトル: Structural insights into the assembly and evolution of a complex bacterial flagellar motor.
著者: Xueyin Feng / Shoichi Tachiyama / Jing He / Siqi Zhu / Hang Zhao / Jack M Botting / Yanran Liu / Yuanyuan Chen / Canfeng Hua / María Lara-Tejero / Matthew A B Baker / Xiang Gao / Jun Liu / Beile Gao /
要旨: Knowledge of bacterial flagella has largely come from studies of the simpler motors of Escherichia coli and Salmonella enterica. However, many bacteria harbour more complex motors. The function, ...Knowledge of bacterial flagella has largely come from studies of the simpler motors of Escherichia coli and Salmonella enterica. However, many bacteria harbour more complex motors. The function, mechanisms and evolution associated with such auxiliary motor structures are unclear. Here we deploy structural, genetic, biochemical and functional approaches to characterize complex adaptations of the flagellar motor in Campylobacter jejuni. We observed an E ring formed by 17 FlgY homodimers around the MS ring, a cage-like structure made of FcpMNO and PflD, and PflA-PflB interactions in a spoke-rim formation between the E ring and cage. These scaffolds stabilized the 17 torque-generating stator complexes. Phylogenetic analyses suggest an ancient origin and widespread prevalence of the E ring and spokes across diverse flagellated bacteria, and co-option of type IV pilus components in the ancestral motor of phylum Campylobacterota. Collectively, these data provide insight into the assembly, function and evolution of complex flagellar motors.
履歴
登録2025年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49255.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In-situ structure of the flagellar motor of Campylobacter jejuni pflB deletion mutant
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.3 Å/pix.
x 250 pix.
= 1074. Å		4.3 Å/pix.
x 250 pix.
= 1074. Å		4.3 Å/pix.
x 250 pix.
= 1074. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0765
最小 - 最大-0.4466238 - 0.55092025
平均 (標準偏差)0.000000000046204 (±0.06252968)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 1074.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map of the flagellar motor structure of...

ファイルemd_49255_half_map_1.map
注釈Half map of the flagellar motor structure of Campylobacter jejuni pflB deletion mutant
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of the flagellar motor structure of...

ファイルemd_49255_half_map_2.map
注釈Half map of the flagellar motor structure of Campylobacter jejuni pflB deletion mutant
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Campylobacter jejuni

全体名称: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
要素
  • 細胞: Campylobacter jejuni

-
超分子 #1: Campylobacter jejuni

超分子名称: Campylobacter jejuni / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C17 (17回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 141
抽出トモグラム数: 102 / 使用した粒子像数: 142
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る