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- EMDB-49208: Consensus map of the autoinhibitory unliganded CD163 trimer (map A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49208
タイトルConsensus map of the autoinhibitory unliganded CD163 trimer (map A)
マップデータCD163_Trimer_Consensus_Map_A_sharpen
試料
  • 複合体: CD163 trimer
    • タンパク質・ペプチド: CD163
    • タンパク質・ペプチド: CD163
    • タンパク質・ペプチド: CD163
キーワードCD163 / M130 / Scavenger receptor / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


CD163 mediating an anti-inflammatory response / scavenger receptor activity / Scavenging of heme from plasma / acute-phase response / endocytic vesicle membrane / scaffold protein binding / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Huang C-S / White JBR / Degtjarik O
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust221524/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural elucidation of the haptoglobin-hemoglobin clearance mechanism by macrophage scavenger receptor CD163
著者: Huang C-S / Wang H / White JBR / Degtjarik O / Huynh C / Brannstrom K / Horn MT / Muench SP / Somers WS / Chaparro-Riggers J / Lin L / Mosyak L
履歴
登録2025年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49208.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CD163_Trimer_Consensus_Map_A_sharpen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-4.8579683 - 7.5637217
平均 (標準偏差)0.00017784903 (±0.09859459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 444.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_49208_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CD163 Trimer Consensus half map 1

ファイルemd_49208_half_map_1.map
注釈CD163_Trimer_Consensus_half_map_1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CD163 Trimer Consensus half map 2

ファイルemd_49208_half_map_2.map
注釈CD163_Trimer_Consensus_half_map_2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CD163 trimer

全体名称: CD163 trimer
要素
  • 複合体: CD163 trimer
    • タンパク質・ペプチド: CD163
    • タンパク質・ペプチド: CD163
    • タンパク質・ペプチド: CD163

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超分子 #1: CD163 trimer

超分子名称: CD163 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 400 KDa

-
分子 #1: CD163

分子名称: CD163 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS ...文字列:
SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS SNFGEGSGPI WFDDLICNGN ESALWNCKHQ GWGKHNCDHA EDAGVICSKG ADLSLRLVDG VTECSGRLEV RFQGEWGTIC DDGWDSYDAA VACKQLGCPT AVTAIGRVNA SKGFGHIWLD SVSCQGHEPA IWQCKHHEWG KHYCNHNEDA GVTCSDGSDL ELRLRGGGSR CAGTVEVEIQ RLLGKVCDRG WGLKEADVVC RQLGCGSALK TSYQVYSKIQ ATNTWLFLSS CNGNETSLWD CKNWQWGGLT CDHYEEAKIT CSAHREPRLV GGDIPCSGRV EVKHGDTWGS ICDSDFSLEA ASVLCRELQC GTVVSILGGA HFGEGNGQIW AEEFQCEGHE SHLSLCPVAP RPEGTCSHSR DVGVVCSRYT EIRLVNGKTP CEGRVELKTL GAWGSLCNSH WDIEDAHVLC QQLKCGVALS TPGGARFGKG NGQIWRHMFH CTGTEQHMGD CPVTALGASL CPSEQVASVI CSGNQSQTLS SCNSSSLGPT RPTIPEESAV ACIESGQLRL VNGGGRCAGR VEIYHEGSWG TICDDSWDLS DAHVVCRQLG CGEAINATGS AHFGEGTGPI WLDEMKCNGK ESRIWQCHSH GWGQQNCRHK EDAGVICSEF MSLRLTSEAS REACAGRLEV FYNGAWGTVG KSSMSETTVG VVCRQLGCAD KGKINPASLD KAMSIPMWVD NVQCPKGPDT LWQCPSSPWE KRLASPSEET WITCDNKIRL QEGPTSCSGR VEIWHGGSWG TVCDDSWDLD DAQVVCQQLG CGPALKAFKE AEFGQGTGPI WLNEVKCKGN ESSLWDCPAR RWGHSECGHK EDAAVNCTDI SVQKTPQKAT TGRSHHHHHH HH

UniProtKB: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

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分子 #2: CD163

分子名称: CD163 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS ...文字列:
SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS SNFGEGSGPI WFDDLICNGN ESALWNCKHQ GWGKHNCDHA EDAGVICSKG ADLSLRLVDG VTECSGRLEV RFQGEWGTIC DDGWDSYDAA VACKQLGCPT AVTAIGRVNA SKGFGHIWLD SVSCQGHEPA IWQCKHHEWG KHYCNHNEDA GVTCSDGSDL ELRLRGGGSR CAGTVEVEIQ RLLGKVCDRG WGLKEADVVC RQLGCGSALK TSYQVYSKIQ ATNTWLFLSS CNGNETSLWD CKNWQWGGLT CDHYEEAKIT CSAHREPRLV GGDIPCSGRV EVKHGDTWGS ICDSDFSLEA ASVLCRELQC GTVVSILGGA HFGEGNGQIW AEEFQCEGHE SHLSLCPVAP RPEGTCSHSR DVGVVCSRYT EIRLVNGKTP CEGRVELKTL GAWGSLCNSH WDIEDAHVLC QQLKCGVALS TPGGARFGKG NGQIWRHMFH CTGTEQHMGD CPVTALGASL CPSEQVASVI CSGNQSQTLS SCNSSSLGPT RPTIPEESAV ACIESGQLRL VNGGGRCAGR VEIYHEGSWG TICDDSWDLS DAHVVCRQLG CGEAINATGS AHFGEGTGPI WLDEMKCNGK ESRIWQCHSH GWGQQNCRHK EDAGVICSEF MSLRLTSEAS REACAGRLEV FYNGAWGTVG KSSMSETTVG VVCRQLGCAD KGKINPASLD KAMSIPMWVD NVQCPKGPDT LWQCPSSPWE KRLASPSEET WITCDNKIRL QEGPTSCSGR VEIWHGGSWG TVCDDSWDLD DAQVVCQQLG CGPALKAFKE AEFGQGTGPI WLNEVKCKGN ESSLWDCPAR RWGHSECGHK EDAAVNCTDI SVQKTPQKAT TGRSHHHHHH HH

UniProtKB: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

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分子 #3: CD163

分子名称: CD163 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS ...文字列:
SSLGGTDKEL RLVDGENKCS GRVEVKVQEE WGTVCNNGWS MEAVSVICNQ LGCPTAIKAP GWANSSAGSG RIWMDHVSCR GNESALWDCK HDGWGKHSNC THQQDAGVTC SDGSNLEMRL TRGGNMCSGR IEIKFQGRWG TVCDDNFNID HASVICRQLE CGSAVSFSGS SNFGEGSGPI WFDDLICNGN ESALWNCKHQ GWGKHNCDHA EDAGVICSKG ADLSLRLVDG VTECSGRLEV RFQGEWGTIC DDGWDSYDAA VACKQLGCPT AVTAIGRVNA SKGFGHIWLD SVSCQGHEPA IWQCKHHEWG KHYCNHNEDA GVTCSDGSDL ELRLRGGGSR CAGTVEVEIQ RLLGKVCDRG WGLKEADVVC RQLGCGSALK TSYQVYSKIQ ATNTWLFLSS CNGNETSLWD CKNWQWGGLT CDHYEEAKIT CSAHREPRLV GGDIPCSGRV EVKHGDTWGS ICDSDFSLEA ASVLCRELQC GTVVSILGGA HFGEGNGQIW AEEFQCEGHE SHLSLCPVAP RPEGTCSHSR DVGVVCSRYT EIRLVNGKTP CEGRVELKTL GAWGSLCNSH WDIEDAHVLC QQLKCGVALS TPGGARFGKG NGQIWRHMFH CTGTEQHMGD CPVTALGASL CPSEQVASVI CSGNQSQTLS SCNSSSLGPT RPTIPEESAV ACIESGQLRL VNGGGRCAGR VEIYHEGSWG TICDDSWDLS DAHVVCRQLG CGEAINATGS AHFGEGTGPI WLDEMKCNGK ESRIWQCHSH GWGQQNCRHK EDAGVICSEF MSLRLTSEAS REACAGRLEV FYNGAWGTVG KSSMSETTVG VVCRQLGCAD KGKINPASLD KAMSIPMWVD NVQCPKGPDT LWQCPSSPWE KRLASPSEET WITCDNKIRL QEGPTSCSGR VEIWHGGSWG TVCDDSWDLD DAQVVCQQLG CGPALKAFKE AEFGQGTGPI WLNEVKCKGN ESSLWDCPAR RWGHSECGHK EDAAVNCTDI SVQKTPQKAT TGRSHHHHHH HH

UniProtKB: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4184104
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 391535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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