EMDB-49212: Local map of the autoinhibitory unliganded CD163 trimer (map E)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49212

タイトル

Local map of the autoinhibitory unliganded CD163 trimer (map E)

マップデータ

試料

複合体: CD163 trimer

キーワード

CD163 / M130 / Scavenger receptor / ENDOCYTOSIS

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Huang C-S / White JBR / Degtjarik O

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural elucidation of the haptoglobin-hemoglobin clearance mechanism by macrophage scavenger receptor CD163
著者: Huang C-S / Wang H / White JBR / Degtjarik O / Huynh C / Brannstrom K / Horn MT / Muench SP / Somers WS / Chaparro-Riggers J / Lin L / Mosyak L

履歴

登録	2025年2月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月18日	-
マップ公開	2025年6月18日	-
更新	2025年6月18日	-
現状	2025年6月18日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49212.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49212.map.gz	230.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49212-v30.xml emd-49212.xml	15.3 KB 15.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49212_fsc.xml	13.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49212.png	67.4 KB
マスクデータ	emd_49212_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-49212.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_49212_half_map_1.map.gz emd_49212_half_map_2.map.gz	226.8 MB 226.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49212	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49208C 49209C 49210C 49211C 49213C 49214C 49215C 49216C 49217C 49218C 49219C 49220C 49221C 9nb5C 9nb6C 9nb8C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.11 Å/pix. x 400 pix. = 444. Å	1.11 Å/pix. x 400 pix. = 444. Å	1.11 Å/pix. x 400 pix. = 444. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.11 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.85
最小 - 最大	-5.096377 - 7.1838927
平均 (標準偏差)	-0.0014392278 (±0.08627394)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_49212_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_49212_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_49212_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : CD163 trimer

全体	名称: CD163 trimer
要素	複合体: CD163 trimer

-
超分子 #1: CD163 trimer

超分子	名称: CD163 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 400 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.67 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 4184104
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 391535
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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