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万見
- EMDB-49158: Human TMEM63A mutant V53M lipid-open state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49158
タイトルHuman TMEM63A mutant V53M lipid-open state
マップデータHuman TMEM63A mutant V53M lipid-open state
試料
  • 複合体: TMEM63A V53M mutant
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 1
キーワードIon channel / Mechanosensitive / lipid scramblase / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / centriolar satellite / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane ...surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / specific granule membrane / centriolar satellite / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Zheng W / Fu TM / Holt JR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC01352 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2025
タイトル: Structural and functional basis of mechanosensitive TMEM63 channelopathies.
著者: Wang Zheng / Augustus J Lowry / Harper E Smith / Jiale Xie / Shaun Rawson / Chen Wang / Jin Ou / Marcos Sotomayor / Tian-Min Fu / Huanghe Yang / Jeffrey R Holt /
要旨: TMEM63A, -B, and -C constitute a mammalian family of mechanosensitive ion channels that are mutated in neurodevelopmental disorders. The molecular mechanisms underlying TMEM63 activation by force and ...TMEM63A, -B, and -C constitute a mammalian family of mechanosensitive ion channels that are mutated in neurodevelopmental disorders. The molecular mechanisms underlying TMEM63 activation by force and the impact of disease-associated mutations have not been clarified. Here, we elucidate the structural and functional bases of a prevalent TMEM63B mutation p.V44M. We first found that TMEM63B p.V44M and the homologous TMEM63A p.V53M are gain-of-function mutations that do not enhance channel activity but instead evoke constitutive lipid scramblase activity. We then solved TMEM63A p.V53M mutant structures in both closed and lipid-open states, which revealed major rearrangements of pore-lining helices, creating a lateral cleft across the membrane. Simulation studies revealed lipid scrambling through this cleft. The structural rearrangements were triggered by disruption of a surface-proximal hydrophobic latch, a putative force-sensing module that includes a cluster of disease mutation sites. Our findings provide mechanistic insight into TMEM63 channelopathies and suggest a possible force-sensing mechanism.
履歴
登録2025年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49158.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human TMEM63A mutant V53M lipid-open state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.5 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.5 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.70482737 - 1.0363497
平均 (標準偏差)-0.00072500284 (±0.022891963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 255.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49158_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49158_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMEM63A V53M mutant

全体名称: TMEM63A V53M mutant
要素
  • 複合体: TMEM63A V53M mutant
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 1

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超分子 #1: TMEM63A V53M mutant

超分子名称: TMEM63A V53M mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CSC1-like protein 1

分子名称: CSC1-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.244898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMDSPFLELW QSKAVSIREQ LGLGDRPNDS YCYNSAKNST VLQGVTFGGI PTMLLIDVSC FLFLILVFSI IRRRFWDYGR IALVSEADS ESRFQRLSST SSSGQQDFEN ELGCCPWLTA IFRLHDDQIL EWCGEDAIHY LSFQRHIIFL LVVVSFLSLC V ILPVNLSG ...文字列:
MMDSPFLELW QSKAVSIREQ LGLGDRPNDS YCYNSAKNST VLQGVTFGGI PTMLLIDVSC FLFLILVFSI IRRRFWDYGR IALVSEADS ESRFQRLSST SSSGQQDFEN ELGCCPWLTA IFRLHDDQIL EWCGEDAIHY LSFQRHIIFL LVVVSFLSLC V ILPVNLSG DLLDKDPYSF GRTTIANLQT DNDLLWLHTI FAVIYLFLTV GFMRHHTQSI KYKEENLVRR TLFITGLPRD AR KETVESH FRDAYPTCEV VDVQLCYNVA KLIYLCKEKK KTEKSLTYYT NLQVKTGQRT LINPKPCGQF CCCEVLGCEW EDA ISYYTR MKDRLLERIT EEERHVQDQP LGMAFVTFQE KSMATYILKD FNACKCQSLQ CKGEPQPSSH SRELYTSKWT VTFA ADPED ICWKNLSIQG LRWWLQWLGI NFTLFLGLFF LTTPSIILST MDKFNVTKPI HALNNPIISQ FFPTLLLWSF SALLP SIVY YSTLLESHWT KSGENQIMMT KVYIFLIFMV LILPSLGLTS LDFFFRWLFD KTSSEASIRL ECVFLPDQGA FFVNYV IAS AFIGNGMELL RLPGLILYTF RMIMAKTAAD RRNVKQNQAF QYEFGAMYAW MLCVFTVIVA YSITCPIIAP FGLIYIL LK HMVDRHNLYF VYLPAKLEKG IHFAAVNQAL AAPILCLFWL YFFSFLRLGM KAPATLFTFL VLLLTILVCL AHTCFGCF K HLSPLNYKTE EPASDKGSEA EAHMPPPFTP YVPRILNGLA SERTALSPQQ QQQQTYGAIH NISGTIPGQC LAQSATGSV AAAPQEA

UniProtKB: CSC1-like protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30276
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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