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万見
- EMDB-48795: Subtomogram averaging of HTLV-1 Gag capsid from immature particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48795
タイトルSubtomogram averaging of HTLV-1 Gag capsid from immature particles
マップデータFinal map after RELION postprocessing.
試料HTLV-1 != Human T-cell leukemia virus type I

HTLV-1

  • ウイルス: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HTLV-1 Gag Capsid
キーワードLattice / capsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / structural molecule activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger ...Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.82 Å
データ登録者Arndt WG / Zhang W / Mansky LM
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM151775 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21DE032878 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31AI184673 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI083196 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: High-resolution analysis of the human T-cell leukemia virus capsid protein reveals insights into immature particle morphology.
著者: William G Arndt / Alireza Ramezani / Nathaniel Talledge / Guichuan Yu / Huixin Yang / Bo Chen / Juan R Perilla / Wei Zhang / Louis M Mansky /
要旨: Infection with human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) can result in adult T-cell leukemia/lymphoma and HTLV-1 associated-myelopathy/tropical spastic paraparesis. The Gag polyprotein - the major ...Infection with human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) can result in adult T-cell leukemia/lymphoma and HTLV-1 associated-myelopathy/tropical spastic paraparesis. The Gag polyprotein - the major structural protein - is crucial for driving virus particle assembly, with the capsid (CA) domain as the key determinant for Gag multimerization. Here, we characterize the immature CA lattice from immature virus particles by using cryo-electron microscopy and tomography (cryo-EM/ET). We report resolving the immature CA lattice to 3.4 Å resolution by single particle analysis (SPA). Our reconstruction reveals that the lattice is stabilized through a trimeric NTD inter-hexamer interface and a dimeric CTD inter-hexamer interface. Further analysis by cryo-ET reveals clear heterogeneity, notably the varying lattice curvatures and the varying distances from the CA layer to the membrane. Intriguingly, inositol hexakisphosphate (IP6) is dispensable for HTLV-1 immature particle assembly and proper immature lattice formation. These observations provide deeper insights into the molecular basis of HTLV-1 immature particle morphology as well as aid in revealing therapeutic targets.
履歴
登録2025年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map after RELION postprocessing.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00441
最小 - 最大-0.006116338 - 0.014380733
平均 (標準偏差)0.0003433322 (±0.0011364527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 363.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48795_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from final refinement.

ファイルemd_48795_additional_1.map
注釈Unsharpened map from final refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map from final refine used for reported FSC calculation.

ファイルemd_48795_half_map_1.map
注釈Half map from final refine used for reported FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map from final refine used for reported FSC calculation.

ファイルemd_48795_half_map_2.map
注釈Half map from final refine used for reported FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HTLV-1

全体名称: HTLV-1
要素
  • ウイルス: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HTLV-1 Gag Capsid

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超分子 #1: Human T-cell leukemia virus type I

超分子名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Virus particles were purified by co-transfecting in the HTLV-1 Gag and Env genes.
NCBI-ID: 11908 / 生物種: Human T-cell leukemia virus type I / Sci species strain: B1033-2009 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: HTLV-1 Gag Capsid

分子名称: HTLV-1 Gag Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
株: B1033-2009
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQIFSRSAS PIPRPPRGLA AHHWLNFLQA AYRLEPGPSS YDFHQLKKFL KIALETPVWI CPINYSLLAS LLPKGYPGRV NEILHILIQT QAQIPSRPAP PPPSSPTHDP PDSDPQIPPP YVEPTAPQVL PVMHPHGAPP NHRPWQMKDL QAIKQEVSQA APGSPQFMQT ...文字列:
MGQIFSRSAS PIPRPPRGLA AHHWLNFLQA AYRLEPGPSS YDFHQLKKFL KIALETPVWI CPINYSLLAS LLPKGYPGRV NEILHILIQT QAQIPSRPAP PPPSSPTHDP PDSDPQIPPP YVEPTAPQVL PVMHPHGAPP NHRPWQMKDL QAIKQEVSQA APGSPQFMQT IRLAVQQFDP TAKDLQDLLQ YLCSSLVASL HHQQLDSLIS EAETRGITGY NPLAGPLRVQ ANNPQQQGLR REYQQLWLAA FAALPGSAKD PSWASILQGL EEPYHAFVER LNIALDNGLP EGTPKDPILR SLAYSNANKE CQKLLQARGH TNSPLGDMLR ACQTWTPKDK TKVLVVQPKK PPPNQPCFRC GKAGHWSRDC TQPRPPPGPC PLCQDPTHWK RDCPRLKPTI PEPEPEEDAL LLDLPADIPH PKNSIGGEV

UniProtKB: Gag protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 100 mM NaCl, 10 mM Tris-Cl, 1 mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2 Grid Plunger.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1_cu11.6) / 使用したサブトモグラム数: 12699
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 41841 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.532)
詳細: Surface of each virus particle was modeled as a sphere and coordinates were assigned evenly along the sphere surface.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14.c7) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1_cu11.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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