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- EMDB-48705: Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48705
タイトルCryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952
マップデータEnterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo
試料
  • ウイルス: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 4
  • リガンド: water
キーワードVirus / Enterovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Xu L / Pintilie G / Varanese L / Carette JE / Chiu W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1656518 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: MFSD6 is an entry receptor for enterovirus D68.
著者: Lauren Varanese / Lily Xu / Christine E Peters / Grigore Pintilie / David S Roberts / Suyash Raj / Mengying Liu / Yaw Shin Ooi / Jonathan Diep / Wenjie Qiao / Christopher M Richards / Jeremy ...著者: Lauren Varanese / Lily Xu / Christine E Peters / Grigore Pintilie / David S Roberts / Suyash Raj / Mengying Liu / Yaw Shin Ooi / Jonathan Diep / Wenjie Qiao / Christopher M Richards / Jeremy Callaway / Carolyn R Bertozzi / Sabrina Jabs / Erik de Vries / Frank J M van Kuppeveld / Claude M Nagamine / Wah Chiu / Jan E Carette /
要旨: With the near eradication of poliovirus due to global vaccination campaigns, attention has shifted to other enteroviruses that can cause polio-like paralysis syndrome (now termed acute flaccid ...With the near eradication of poliovirus due to global vaccination campaigns, attention has shifted to other enteroviruses that can cause polio-like paralysis syndrome (now termed acute flaccid myelitis). In particular, enterovirus D68 (EV-D68) is believed to be the main driver of epidemic outbreaks of acute flaccid myelitis in recent years, yet not much is known about EV-D68 host interactions. EV-D68 is a respiratory virus but, in rare cases, can spread to the central nervous system to cause severe neuropathogenesis. Here we use genome-scale CRISPR screens to identify the poorly characterized multipass membrane transporter MFSD6 as a host entry factor for EV-D68. Knockout of MFSD6 expression abrogated EV-D68 infection in cell lines and primary cells corresponding to respiratory and neural cells. MFSD6 localized to the plasma membrane and was required for viral entry into host cells. MFSD6 bound directly to EV-D68 particles through its extracellular, third loop (L3). We determined the cryo-electron microscopy structure of EV-D68 in a complex with MFSD6 L3, revealing the interaction interface. A decoy receptor, engineered by fusing MFSD6 L3 to Fc, blocked EV-D68 infection of human primary lung epithelial cells and provided near-complete protection in a lethal mouse model of EV-D68 infection. Collectively, our results reveal MFSD6 as an entry receptor for EV-D68, and support the targeting of MFSD6 as a potential mechanism to combat infections by this emerging pathogen with pandemic potential.
履歴
登録2025年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.74 Å/pix.
x 720 pix.
= 534.96 Å		0.74 Å/pix.
x 720 pix.
= 534.96 Å		0.74 Å/pix.
x 720 pix.
= 534.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-4.3708944 - 16.894093000000002
平均 (標準偏差)-0.000000002932494 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 534.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo half map A

ファイルemd_48705_half_map_1.map
注釈Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo half map B

ファイルemd_48705_half_map_2.map
注釈Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 apo half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : enterovirus D68

全体名称: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 4
  • リガンド: water

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超分子 #1: enterovirus D68

超分子名称: enterovirus D68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Enterovirus D68 propagated and purified from infection of RD cells
NCBI-ID: 42789 / 生物種: enterovirus D68 / Sci species strain: 14-18952 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: viral protein 1

分子名称: viral protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: USA/IL/14-18952
分子量理論値: 32.854242 KDa
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQTDKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SSNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKDHT SSAAQTDKN FFKWTINTRS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVNG SSNNTYVGLP DLTLQAMFVP TGALTPEKQD S FHWQSGSN ASVFFKISDP PARMTIPFMC INSAYSVFYD GFAGFEKSGL YGINPADTIG NLCVRIVNEH QPVGFTVTVR VY MKPKHIK AWAPRPPRTL PYMSIANANY KGKGRAPNAL NAIIGNRDSV KTMPHNIVTT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: viral protein 2

分子名称: viral protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Residues 1-11 deleted / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: USA/IL/14-18952
分子量理論値: 26.527137 KDa
配列文字列: RVLQLKLGNS AIVTQEAANY CCAYGEWPNY LPDHEAVAID KPTQPETATD RFYTLRSVKW EAGSTGWWWK LPDALNNIGM FGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA T IFPHQWIN ...文字列:
RVLQLKLGNS AIVTQEAANY CCAYGEWPNY LPDHEAVAID KPTQPETATD RFYTLRSVKW EAGSTGWWWK LPDALNNIGM FGQNVQHHY LYRSGFLIHV QCNATKFHQG ALLVVAIPEH QRGAHNTNTS PGFDDIMKGE EGGTFNHPYV LDDGTSLACA T IFPHQWIN LRTNNSATIV LPWMNAAPMD FPLRHNQWTL AIIPVVPLGT RTMSSMVPIT VSIAPMCCEF NGLRHAITQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: viral protein 3

分子名称: viral protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: USA/IL/14-18952
分子量理論値: 27.156867 KDa
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPVLPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHVVWDFGL Q SSVTLIIP ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPVLPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHVVWDFGL Q SSVTLIIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSD TCSLIGFIAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLDH LH AAEAAYQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: viral protein 4

分子名称: viral protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Residues 1-27 and 58-68 deleted / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: USA/IL/14-18952
分子量理論値: 3.401665 KDa
配列文字列:
QINFYKDSYA ASASKQDFSQ DPSKFTEPVV

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 46 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.089 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris-HCl, pH 8.0
120.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMEDTAEDTA, pH 8.0

詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 120 mM NaCl, and 1 mM EDTA (pH 8.0)
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Freezing carried out with 4 s blot time, 1 s wait time..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10400 / 平均露光時間: 3.28 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 23976
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: AlphaFold3 model of VP1, VP2, VP3, and VP4
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC) / 使用した粒子像数: 12930
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial rigid fitting was done using Chimera and then ISOLDE was used for flexible fitting.
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9mwz:
Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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