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万見
- EMDB-48694: Negative stain map of A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/20... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48694
タイトルNegative stain map of A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022 H5 in complex with monoclonal Fab 20D10
マップデータNegative stain map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal fab 20D10
試料
  • 複合体: Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10
キーワードinfluenza / hemagglutinin / H5 / monoclonal / complex / fab complex / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Leon AN / Brouwer PJM / Rodriguez AJ / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Monoclonal Antibodies that Target Clade 2.3.4.4b H5N1 Hemagglutinin
著者: Pena Alzua G / Leon AN / Brouwer PJM / Yellin T / Bhavsar D / Loganathan M / Bushfield K / Marizzi C / Rodriguez AJ / Han J / Webby R / Ward AB / Duty JA / Florian K
履歴
登録2025年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal fab 20D10
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 216 pix.
= 427.68 Å		1.98 Å/pix.
x 216 pix.
= 427.68 Å		1.98 Å/pix.
x 216 pix.
= 427.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0153
最小 - 最大-0.035099667 - 0.061719675
平均 (標準偏差)-0.00011383736 (±0.0032459495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 427.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Negative stain half map A of H5 HA...

ファイルemd_48694_half_map_1.map
注釈Negative stain half map A of H5 HA (A/Red-tailed Hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map B of H5 HA...

ファイルemd_48694_half_map_2.map
注釈Negative stain half map B of H5 HA (A/Red-tailed Hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH ...

全体名称: Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10
要素
  • 複合体: Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10

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超分子 #1: Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH ...

超分子名称: Negative stain EM map of H5 HA (A/Red-tailed hawk/New York/NYCVH 22-8477/2022) in complex with monoclonal Fab 20D10
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 280 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4k62

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 9100
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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