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万見
- EMDB-48554: Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48554
タイトルGenetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab
マップデータReconsctruction of pertussis toxin bound to hu1B7 and hu11E6
試料
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: hu1B7 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: hu1B7 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hu11E6 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: hu11E6 Fab heavy chain
キーワードToxin / Pertussis / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host MAPK cascade / symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Aerolysin/Pertussis toxin domain ...Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Enterotoxin / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis toxin subunit 1 / Pertussis toxin subunit 2 / Pertussis toxin subunit 3 / Pertussis toxin subunit 5 / Pertussis toxin subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bordetella pertussis (百日咳菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Goldsmith JA / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155453 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for neutralizing antibody binding to pertussis toxin.
著者: Jory A Goldsmith / Annalee W Nguyen / Rebecca E Wilen / Wassana Wijagkanalan / Jason S McLellan / Jennifer A Maynard /
要旨: Pertussis toxin (PT) is a key protective antigen in vaccine- and natural immunity-mediated protection from infection. Despite its importance, no PT-neutralizing epitopes have been characterized ...Pertussis toxin (PT) is a key protective antigen in vaccine- and natural immunity-mediated protection from infection. Despite its importance, no PT-neutralizing epitopes have been characterized structurally. To define neutralizing epitopes and identify key structural elements to preserve during PT antigen design, we determined a 3.6 Å cryoelectron microscopy structure of genetically detoxified PT (PTg) bound to hu11E6 and hu1B7, two potently neutralizing anti-PT antibodies with complementary mechanisms: disruption of toxin adhesion to cells and intracellular activities, respectively. Hu11E6 binds the paralogous S2 and S3 subunits of PTg via a conserved epitope but surprisingly did not span the previously identified sialic acid-binding site implicated in toxin adhesion. Hu11E6 specifically prevented PTg binding to sialylated N-glycans and a sialylated model receptor, as demonstrated by high-throughput glycan array analysis and ELISA, while a T cell activation assay showed that it blocks PTg mitogenic activities to define its neutralizing mechanism. Hu1B7 bound a quaternary epitope spanning the S1 and S5 subunits, although functional studies of hu1B7 variants suggested that S5 binding is not involved in its PT neutralization mechanism. These results structurally define neutralizing epitopes on PT, improving our molecular understanding of immune protection from and providing key information for the future development of PT immunogens.
履歴
登録2025年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48554.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48554.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconsctruction of pertussis toxin bound to hu1B7 and hu11E6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å		1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å		1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.644
最小 - 最大-0.21250474 - 1.4145198
平均 (標準偏差)-0.00030964022 (±0.041326873)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 385.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map for reconstruction of pertussis toxin bound...

ファイルemd_48554_additional_1.map
注釈Sharpened map for reconstruction of pertussis toxin bound to hu1B7 and hu11E6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B for reconstruction of pertussis toxin bound...

ファイルemd_48554_half_map_1.map
注釈Half-map B for reconstruction of pertussis toxin bound to hu1B7 and hu11E6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A for reconstruction of pertussis toxin bound...

ファイルemd_48554_half_map_2.map
注釈Half-map A for reconstruction of pertussis toxin bound to hu1B7 and hu11E6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

全体名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
要素
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: hu1B7 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: hu1B7 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hu11E6 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: hu11E6 Fab heavy chain

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超分子 #1: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

超分子名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pertussis toxin subunit 1

分子名称: Pertussis toxin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 26.148666 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: DDPPATVYKY DSRPPEDVFQ NGFTAWGNND NVLDHLTGRS CQVGSSNSAF VSTSSSRRYT EVYLEHRMQE AVEAERAGRG TGHFIGYIY EVRADNNFYG AASSYFEYVD TYGDNAGRIL AGALATYQSG YLAHRRIPPE NIRRVTRVYH NGITGETTTT E YSNARYVS ...文字列:
DDPPATVYKY DSRPPEDVFQ NGFTAWGNND NVLDHLTGRS CQVGSSNSAF VSTSSSRRYT EVYLEHRMQE AVEAERAGRG TGHFIGYIY EVRADNNFYG AASSYFEYVD TYGDNAGRIL AGALATYQSG YLAHRRIPPE NIRRVTRVYH NGITGETTTT E YSNARYVS QQTRANPNPY TSRRSVASIV GTLVRMAPVI GACMARQAES SEAMAAWSER AGEAMVLVYY ESIAYSF

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 1

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分子 #2: Pertussis toxin subunit 2

分子名称: Pertussis toxin subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 21.913676 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: STPGIVIPPQ EQITQHGGPY GRCANKTRAL TVAELRGSGD LQEYLRHVTR GWSIFALYDG TYLGGEYGGV IKDGTPGGAF DLKTTFCIM TTRNTGQPAT DHYYSNVTAT RLLSSTNSRL CAVFVRSGQP VIGACTSPYD GKYWSMYSRL RKMLYLIYVA G ISVRVHVS ...文字列:
STPGIVIPPQ EQITQHGGPY GRCANKTRAL TVAELRGSGD LQEYLRHVTR GWSIFALYDG TYLGGEYGGV IKDGTPGGAF DLKTTFCIM TTRNTGQPAT DHYYSNVTAT RLLSSTNSRL CAVFVRSGQP VIGACTSPYD GKYWSMYSRL RKMLYLIYVA G ISVRVHVS KEEQYYDYED ATFETYALTG ISICNPGSSL C

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 2

+
分子 #3: Pertussis toxin subunit 3

分子名称: Pertussis toxin subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 21.889867 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: VAPGIVIPPK ALFTQQGGAY GRCPNGTRAL TVAELRGNAE LQTYLRQITP GWSIYGLYDG TYLGQAYGGI IKDAPPGAGF IYRETFCIT TIYKTGQPAA DHYYSKVTAT RLLASTNSRL CAVFVRDGQS VIGACASPYE GRYRDMYDAL RRLLYMIYMS G LAVRVHVS ...文字列:
VAPGIVIPPK ALFTQQGGAY GRCPNGTRAL TVAELRGNAE LQTYLRQITP GWSIYGLYDG TYLGQAYGGI IKDAPPGAGF IYRETFCIT TIYKTGQPAA DHYYSKVTAT RLLASTNSRL CAVFVRDGQS VIGACASPYE GRYRDMYDAL RRLLYMIYMS G LAVRVHVS KEEQYYDYED ATFQTYALTG ISLCNPAASI C

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 3

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分子 #4: Pertussis toxin subunit 4

分子名称: Pertussis toxin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 12.072426 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列:
DVPYVLVKTN MVVTSVAMKP YEVTPTRMLV CGIAAKLGAA ASSPDAHVPF CFGKDLKRPG SSPMEVMLRA VFMQQRPLRM FLGPKQLTF EGKPALELIR MVECSGKQDC P

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 4

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分子 #5: Pertussis toxin subunit 5

分子名称: Pertussis toxin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 10.951524 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列:
GLPTHLYKNF TVQELALKLK GKNQEFCLTA FMSGRSLVRA CLSDAGHEHD TWFDTMLGFA ISAYALKSRI ALTVEDSPYP GTPGDLLEL QICPLNGYCE

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 5

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分子 #6: hu1B7 Fab light chain

分子名称: hu1B7 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.137705 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPAT LSVSPGERVT LTCSASSSVS FMYWYQQKPG RAPKPLIYLT SNLPSGVPAR FSGSGSGTSY TLTINSLEAE DAATYYCQQ WSSHPPTFGS GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAT LSVSPGERVT LTCSASSSVS FMYWYQQKPG RAPKPLIYLT SNLPSGVPAR FSGSGSGTSY TLTINSLEAE DAATYYCQQ WSSHPPTFGS GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

+
分子 #7: hu1B7 Fab heavy chain

分子名称: hu1B7 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.868709 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYKFT SYWMHWVRQA PGQGLEWIGN IFPGSGSTNY AQKFQGRVTL TVDTSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCTRW LSGAYFDYWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYKFT SYWMHWVRQA PGQGLEWIGN IFPGSGSTNY AQKFQGRVTL TVDTSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCTRW LSGAYFDYWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDK

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分子 #8: hu11E6 Fab light chain

分子名称: hu11E6 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.421963 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPSS LSASVGDRVT ISCRASQDID NYLSWFQQKP GGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YTLTISSLQP EDIATYFCQ QGNTFPWTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSPSS LSASVGDRVT ISCRASQDID NYLSWFQQKP GGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YTLTISSLQP EDIATYFCQ QGNTFPWTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #9: hu11E6 Fab heavy chain

分子名称: hu11E6 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.733768 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQVVESGGG LVQPGRSLRL SCTTSGFTFT DYYVSWVRQA PGKALEWLGF IRNKVNGYTT EFSSSVKGRF TISRDNSKSI LYLQMNSLK IEDTAVYYCA RVSYYGRGWY FDYWGQGTTL TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
EVQVVESGGG LVQPGRSLRL SCTTSGFTFT DYYVSWVRQA PGKALEWLGF IRNKVNGYTT EFSSSVKGRF TISRDNSKSI LYLQMNSLK IEDTAVYYCA RVSYYGRGWY FDYWGQGTTL TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3k6s

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 316937
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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