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万見
- PDB-9mr7: Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mr7
タイトルGenetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab
要素
  • (Pertussis toxin subunit ...) x 5
  • hu11E6 Fab heavy chain
  • hu11E6 Fab light chain
  • hu1B7 Fab heavy chain
  • hu1B7 Fab light chain
キーワードTOXIN / Pertussis / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host MAPK cascade / symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain ...Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Enterotoxin / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis toxin subunit 1 / Pertussis toxin subunit 2 / Pertussis toxin subunit 3 / Pertussis toxin subunit 5 / Pertussis toxin subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Goldsmith, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155453 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for neutralizing antibody binding to pertussis toxin.
著者: Jory A Goldsmith / Annalee W Nguyen / Rebecca E Wilen / Wassana Wijagkanalan / Jason S McLellan / Jennifer A Maynard /
要旨: Pertussis toxin (PT) is a key protective antigen in vaccine- and natural immunity-mediated protection from infection. Despite its importance, no PT-neutralizing epitopes have been characterized ...Pertussis toxin (PT) is a key protective antigen in vaccine- and natural immunity-mediated protection from infection. Despite its importance, no PT-neutralizing epitopes have been characterized structurally. To define neutralizing epitopes and identify key structural elements to preserve during PT antigen design, we determined a 3.6 Å cryoelectron microscopy structure of genetically detoxified PT (PTg) bound to hu11E6 and hu1B7, two potently neutralizing anti-PT antibodies with complementary mechanisms: disruption of toxin adhesion to cells and intracellular activities, respectively. Hu11E6 binds the paralogous S2 and S3 subunits of PTg via a conserved epitope but surprisingly did not span the previously identified sialic acid-binding site implicated in toxin adhesion. Hu11E6 specifically prevented PTg binding to sialylated N-glycans and a sialylated model receptor, as demonstrated by high-throughput glycan array analysis and ELISA, while a T cell activation assay showed that it blocks PTg mitogenic activities to define its neutralizing mechanism. Hu1B7 bound a quaternary epitope spanning the S1 and S5 subunits, although functional studies of hu1B7 variants suggested that S5 binding is not involved in its PT neutralization mechanism. These results structurally define neutralizing epitopes on PT, improving our molecular understanding of immune protection from and providing key information for the future development of PT immunogens.
履歴
登録2025年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pertussis toxin subunit 1
B: Pertussis toxin subunit 2
C: Pertussis toxin subunit 3
D: Pertussis toxin subunit 4
E: Pertussis toxin subunit 4
F: Pertussis toxin subunit 5
G: hu1B7 Fab light chain
H: hu1B7 Fab heavy chain
I: hu11E6 Fab light chain
J: hu11E6 Fab heavy chain
K: hu11E6 Fab light chain
L: hu11E6 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,36612
ポリマ－248,36612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Pertussis toxin subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Pertussis toxin subunit 1 / PTX S1 / Islet-activating protein S1 / IAP S1 / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase


分子量: 26148.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA, BP3783 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌)
参照: UniProt: P04977, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 Pertussis toxin subunit 2 / PTX S2 / Islet-activating protein S2 / IAP S2


分子量: 21913.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxB, BP3784 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04978
#3: タンパク質 Pertussis toxin subunit 3 / PTX S3 / Islet-activating protein S3 / IAP S3


分子量: 21889.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxC, BP3787 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04979
#4: タンパク質 Pertussis toxin subunit 4 / PTX S4 / Islet-activating protein S4 / IAP S4


分子量: 12072.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxD, BP3785 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P0A3R5
#5: タンパク質 Pertussis toxin subunit 5 / PTX S5 / Islet-activating protein S5 / IAP S5


分子量: 10951.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxE, BP3786 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04981

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抗体 , 4種, 6分子 GHIKJL

#6: 抗体 hu1B7 Fab light chain


分子量: 23137.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 hu1B7 Fab heavy chain


分子量: 23868.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#8: 抗体 hu11E6 Fab light chain


分子量: 23421.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#9: 抗体 hu11E6 Fab heavy chain


分子量: 24733.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 316937 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 61.87 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312771
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.663417343
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04921896
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00772220
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2664602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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