[日本語] English
万見
- EMDB-48511: Cryo-EM map of H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48511
タイトルCryo-EM map of H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 and CR9114
マップデータ
試料
  • 複合体: H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 and CR9114
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: 12G1 Heavy Chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 12G1 Light Chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / hemagglutinin / H5 / monoclonal / complex / fab complex / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Leon AN / Brouwer PJM / Rodriguez AJ / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Human monoclonal antibodies that target clade 2.3.4.4b H5N1 hemagglutinin.
著者: Garazi Peña Alzua / André Nicolás León / Temima Yellin / Disha Bhavsar / Madhumathi Loganathan / Kaitlyn Bushfield / Philip J M Brouwer / Alesandra J Rodriguez / Trushar Jeevan / Richard ...著者: Garazi Peña Alzua / André Nicolás León / Temima Yellin / Disha Bhavsar / Madhumathi Loganathan / Kaitlyn Bushfield / Philip J M Brouwer / Alesandra J Rodriguez / Trushar Jeevan / Richard Webby / Christine Marizzi / Julianna Han / Andrew B Ward / J Andrew Duty / Florian Krammer /
要旨: The highly pathogenic avian influenza H5N1 virus clade 2.3.4.4b has been spreading globally since 2022, causing mortality and morbidity in domestic and wild birds, as well as in mammals, which ...The highly pathogenic avian influenza H5N1 virus clade 2.3.4.4b has been spreading globally since 2022, causing mortality and morbidity in domestic and wild birds, as well as in mammals, which underscores its potential to cause a pandemic. Here, we generate a panel of anti-hemagglutinin (HA) human monoclonal antibodies (mAbs) against the H5 protein of clade 2.3.4.4b. To develop human chimeric antibodies, H2L2 Harbor Mice®, which express human immunoglobulin germline genes, were immunized with H5 and N1 recombinant proteins from A/mallard/New York/22-008760-007- original/2022 H5N1 virus. Through hybridoma technology, sixteen fully human mAbs are generated, most of which show cross-reactivity against H5 proteins from different clade 2.3.4.4 virus variants. Fourteen out of the sixteen mAbs neutralize the virus in vitro. The mAbs with the strongest hemagglutination inhibition activity also demonstrate greater neutralizing capacity and show increased protective effects in vivo when administered prophylactically or therapeutically in a murine H5N1 challenge model. Using cryo-electron microscopy, we identify a cross-clonotype conserved motif that bound a hydrophobic groove on the head domain of H5 HA. Akin to mAbs against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 during the coronavirus 2019 pandemic, these mAbs could serve as treatments in case of a widespread H5N1 epidemic or pandemic.
履歴
登録2025年1月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48511.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å		0.72 Å/pix.
x 512 pix.
= 367.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.5813181 - 0.82693297
平均 (標準偏差)-0.0001137642 (±0.022529984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 367.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 ...

全体名称: H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 and CR9114
要素
  • 複合体: H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 and CR9114
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: 12G1 Heavy Chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 12G1 Light Chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 ...

超分子名称: H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1 and CR9114
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 280 KDa

-
分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Jiangsu/NJ210/2023
分子量理論値: 39.088605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENIVLLLAI VNLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KTHNGKLCDL NGVKPLILKD CSVAGWLLGN PMCDEFIRV PEWSYIVERD NPANDLCYPG SLNDYEELKH LLSRINHFEK ILIIPKSSWP NHETSLGVSA ACPYQGAPSF F RNVVWLIK ...文字列:
MENIVLLLAI VNLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KTHNGKLCDL NGVKPLILKD CSVAGWLLGN PMCDEFIRV PEWSYIVERD NPANDLCYPG SLNDYEELKH LLSRINHFEK ILIIPKSSWP NHETSLGVSA ACPYQGAPSF F RNVVWLIK KDDAYPTIKI SYNNTNREDL LILWGIHHSN NAEEQTNLYK NPTTYISVGT STLNQRLVPK IATRSQVNGQ RG RMDFFWT ILKPDDAIHF ESNGNFIAPE YAYKIVKKGD STIMKSGVEY GHCNTKCQTP VGAINSSMPF HNIHPLTIGE CPK YVKSNK LVLATGLRNS PPREKRRKR

UniProtKB: Hemagglutinin

-
分子 #2: 12G1 Heavy Chain Fab

分子名称: 12G1 Heavy Chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.479958 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSIS SYYWSWIRQP PGKGLEWIGY VHYSGNTNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCARTT MSRGPSLYYY YGLDVWGQGT TVT

-
分子 #3: 12G1 Light Chain Fab

分子名称: 12G1 Light Chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.116631 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSYGYIYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSDRA SGIPDRFSGS GAGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PITFGQGTRL EI

-
分子 #4: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Jiangsu/NJ210/2023
分子量理論値: 25.352949 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWQGMVDG WYGYHHSNEQ GSGYAADKES TQKAIDGVTN KVNSIIDKMN TQFEAVGREF NNLERRIENL NKKMEDGFL DVWTYNAELL VLMENERTLD FHDSNVKNLY DKVRLQLRDN AKELGNGCFE FYHKCDNECM ESVRNGTYYY P QYSEEARL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWQGMVDG WYGYHHSNEQ GSGYAADKES TQKAIDGVTN KVNSIIDKMN TQFEAVGREF NNLERRIENL NKKMEDGFL DVWTYNAELL VLMENERTLD FHDSNVKNLY DKVRLQLRDN AKELGNGCFE FYHKCDNECM ESVRNGTYYY P QYSEEARL KREEISGVGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGSENL YFQGGSHHHH HH

UniProtKB: Hemagglutinin

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.86 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 44.85 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 61353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る