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万見
- EMDB-48323: Structure of the IFIT2-IFIT3 heterodimer from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48323
タイトルStructure of the IFIT2-IFIT3 heterodimer from Mus musculus
マップデータSharpened map of mm IFIT2-3
試料
  • 複合体: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 and Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
キーワードinnate immune recognition / interferon-induced proteins / non-self nucleic acids / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stilbenoid / cellular response to interferon-alpha / cellular response to interferon-beta / antiviral innate immune response / response to bacterium / response to virus / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response ...response to stilbenoid / cellular response to interferon-alpha / cellular response to interferon-beta / antiviral innate immune response / response to bacterium / response to virus / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 / Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Glasner DR / Todd C / Cook BD / DUrso A / Khosla S / Estrada E / Wagner J / Bartels MD / Ford P / Prych J ...Glasner DR / Todd C / Cook BD / DUrso A / Khosla S / Estrada E / Wagner J / Bartels MD / Ford P / Prych J / Hatch K / Yee BA / Ego KM / Liang Q / Holland SR / Case JB / Corbett KD / Diamond MS / Yeo GW / Herzik Jr MA / Van Nostrand EL / Daugherty MD
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24 HG009889 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RF1 MH126719 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 HG011864 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)National Human Genome Research Institute 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24 HG011735 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Short 5' UTRs serve as a marker for viral mRNA translation inhibition by the IFIT2-IFIT3 antiviral complex.
著者: Dustin R Glasner / Candace Todd / Brian Cook / Agustina D'Urso / Shivani Khosla / Elena Estrada / Jaxon D Wagner / Mason D Bartels / Pierce Ford / Jordan Prych / Katie Hatch / Brian A Yee / ...著者: Dustin R Glasner / Candace Todd / Brian Cook / Agustina D'Urso / Shivani Khosla / Elena Estrada / Jaxon D Wagner / Mason D Bartels / Pierce Ford / Jordan Prych / Katie Hatch / Brian A Yee / Kaori M Ego / Qishan Liang / Sarah R Holland / James Brett Case / Kevin D Corbett / Michael S Diamond / Gene W Yeo / Mark A Herzik / Eric L Van Nostrand / Matthew D Daugherty /
要旨: Recognition of "non-self" nucleic acids, including cytoplasmic dsDNA, dsRNA, or mRNAs lacking proper 5' cap structures, is critical for the innate immune response to viruses. Here, we demonstrate ...Recognition of "non-self" nucleic acids, including cytoplasmic dsDNA, dsRNA, or mRNAs lacking proper 5' cap structures, is critical for the innate immune response to viruses. Here, we demonstrate that short 5' untranslated regions (UTRs), a characteristic of many viral mRNAs, can also serve as a molecular pattern for innate immune recognition via the interferon-induced proteins IFIT2 and IFIT3. The IFIT2-IFIT3 heterodimer, formed through an intricate domain swap structure resolved by cryo-EM, mediates viral mRNA 5' end recognition, translation inhibition, and ultimately antiviral activity. Critically, 5' UTR lengths <50 nucleotides are necessary and sufficient to sensitize an mRNA to translation inhibition by the IFIT2-IFIT3 complex. Accordingly, diverse viruses whose mRNAs contain short 5' UTRs, such as vesicular stomatitis virus and parainfluenza virus 3, are sensitive to IFIT2-IFIT3-mediated antiviral activity. Our work thus reveals a pattern of antiviral nucleic acid immune recognition that takes advantage of the inherent constraints on viral genome size.
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of mm IFIT2-3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 327.936 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 327.936 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 327.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.854 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.38876384 - 0.7516551
平均 (標準偏差)0.000013081694 (±0.010886232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 327.93597 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48323_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of mm IFIT2-3

ファイルemd_48323_additional_1.map
注釈Unsharpened map of mm IFIT2-3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of mm IFIT2-3

ファイルemd_48323_half_map_1.map
注釈Half map B of mm IFIT2-3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of mm IFIT2-3

ファイルemd_48323_half_map_2.map
注釈Half map A of mm IFIT2-3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopept...

全体名称: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 and Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
要素
  • 複合体: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 and Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3

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超分子 #1: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopept...

超分子名称: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 and Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 102.22558 KDa

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分子 #1: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2

分子名称: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 51.702301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ESLVCNLRQL KCHFTWNLIA EDESLDEFED RVFNKDEFQN SEFKATMCNI LAYVKHCRGL NEAALQCLGE AEGFIQQQHP DQVEIRSLV TWGNYAWVYY HMGQFSKAQA YLDKVKQVCK KFSSPYRIEN PALDCEEGWA RLKCTKNQNE RVKVCFQKAL E KDPKNPEF ...文字列:
ESLVCNLRQL KCHFTWNLIA EDESLDEFED RVFNKDEFQN SEFKATMCNI LAYVKHCRGL NEAALQCLGE AEGFIQQQHP DQVEIRSLV TWGNYAWVYY HMGQFSKAQA YLDKVKQVCK KFSSPYRIEN PALDCEEGWA RLKCTKNQNE RVKVCFQKAL E KDPKNPEF TSGWAIANYR LDDWPARNYC IDSLEQAIQL SPDNTYVKVL LALKLDAVHK NQAMALVEEA LKKDPSAIDT LL RAARFYC KVYDTDRAIQ LLRKALEKLP NNAYVHYYMG CCYRSKVHHM LNRREMVFSG DRKKLEELIQ LAVNHLRKAE EIK EMLEYS CSFLADLYII AKKYDEADYY FQKELSKDLP PGPKQLLHLR YGNFQFFQMK RQDKAIYHYM EGVKIKKKTI PQKK MREKL QRIALRRLHE DESDSEALHI LAFLQENGGG QQADK

UniProtKB: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2

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分子 #2: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3

分子名称: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.740059 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SLEAILPQLK CHFTWNLFRE GSMSSHMEDR VCNQVEHLNS EEKATMYDLL AYIKHLDGES KAALECLGQA EDLRKSEHND QSEIRRLVT WGNYAWIYYH MGRLSEAQAY VDKVRQVCQK FANPYSMECP ELECEEGWTR LKCGRNERAK MCFEKALEEK P KDPECSSG ...文字列:
SLEAILPQLK CHFTWNLFRE GSMSSHMEDR VCNQVEHLNS EEKATMYDLL AYIKHLDGES KAALECLGQA EDLRKSEHND QSEIRRLVT WGNYAWIYYH MGRLSEAQAY VDKVRQVCQK FANPYSMECP ELECEEGWTR LKCGRNERAK MCFEKALEEK P KDPECSSG MAIAMFRLEE KPEKQFSVDA LKQAMELNPQ NQYLKVLLAL KLLRMGEEAE GERLIKDALG KAPNQTDVLQ KA AQFYKKK GNLDRAIELL GKALRSTVNN SPLYSLVMCR YREILEQLQN KGDADSSERR QRMAELRRLT MEFMQKTLQR RRS PLNSYS DLIDFPEVER CYQMVISKES PDVEEEDLYE RYCNLQEYHR KSEDLAALEC LLQFPR

UniProtKB: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2355 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
詳細: Images were collected on a Gatan K2 summit detector equipped with a Gatan BioContinuum energy filter
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 268606
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 80378
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 107.7
得られたモデル

PDB-9mk9:
Structure of the IFIT2-IFIT3 heterodimer from Mus musculus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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