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万見
- PDB-9mk9: Structure of the IFIT2-IFIT3 heterodimer from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mk9
タイトルStructure of the IFIT2-IFIT3 heterodimer from Mus musculus
要素
  • Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2
  • Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / innate immune recognition / interferon-induced proteins / non-self nucleic acids
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stilbenoid / cellular response to interferon-alpha / cellular response to interferon-beta / antiviral innate immune response / response to bacterium / response to virus / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response ...response to stilbenoid / cellular response to interferon-alpha / cellular response to interferon-beta / antiviral innate immune response / response to bacterium / response to virus / defense response to virus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 / Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Glasner, D.R. / Todd, C. / Cook, B.D. / DUrso, A. / Khosla, S. / Estrada, E. / Wagner, J. / Bartels, M.D. / Ford, P. / Prych, J. ...Glasner, D.R. / Todd, C. / Cook, B.D. / DUrso, A. / Khosla, S. / Estrada, E. / Wagner, J. / Bartels, M.D. / Ford, P. / Prych, J. / Hatch, K. / Yee, B.A. / Ego, K.M. / Liang, Q. / Holland, S.R. / Case, J.B. / Corbett, K.D. / Diamond, M.S. / Yeo, G.W. / Herzik Jr., M.A. / Van Nostrand, E.L. / Daugherty, M.D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24 HG009889 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RF1 MH126719 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 HG011864 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)National Human Genome Research Institute 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24 HG011735 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Short 5' UTRs serve as a marker for viral mRNA translation inhibition by the IFIT2-IFIT3 antiviral complex.
著者: Dustin R Glasner / Candace Todd / Brian Cook / Agustina D'Urso / Shivani Khosla / Elena Estrada / Jaxon D Wagner / Mason D Bartels / Pierce Ford / Jordan Prych / Katie Hatch / Brian A Yee / ...著者: Dustin R Glasner / Candace Todd / Brian Cook / Agustina D'Urso / Shivani Khosla / Elena Estrada / Jaxon D Wagner / Mason D Bartels / Pierce Ford / Jordan Prych / Katie Hatch / Brian A Yee / Kaori M Ego / Qishan Liang / Sarah R Holland / James Brett Case / Kevin D Corbett / Michael S Diamond / Gene W Yeo / Mark A Herzik / Eric L Van Nostrand / Matthew D Daugherty /
要旨: Recognition of "non-self" nucleic acids, including cytoplasmic dsDNA, dsRNA, or mRNAs lacking proper 5' cap structures, is critical for the innate immune response to viruses. Here, we demonstrate ...Recognition of "non-self" nucleic acids, including cytoplasmic dsDNA, dsRNA, or mRNAs lacking proper 5' cap structures, is critical for the innate immune response to viruses. Here, we demonstrate that short 5' untranslated regions (UTRs), a characteristic of many viral mRNAs, can also serve as a molecular pattern for innate immune recognition via the interferon-induced proteins IFIT2 and IFIT3. The IFIT2-IFIT3 heterodimer, formed through an intricate domain swap structure resolved by cryo-EM, mediates viral mRNA 5' end recognition, translation inhibition, and ultimately antiviral activity. Critically, 5' UTR lengths <50 nucleotides are necessary and sufficient to sensitize an mRNA to translation inhibition by the IFIT2-IFIT3 complex. Accordingly, diverse viruses whose mRNAs contain short 5' UTRs, such as vesicular stomatitis virus and parainfluenza virus 3, are sensitive to IFIT2-IFIT3-mediated antiviral activity. Our work thus reveals a pattern of antiviral nucleic acid immune recognition that takes advantage of the inherent constraints on viral genome size.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2
B: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4422
ポリマ－96,4422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 / IFIT-2 / Glucocorticoid-attenuated response gene 39 protein / GARG-39 / Interferon-induced 54 kDa ...IFIT-2 / Glucocorticoid-attenuated response gene 39 protein / GARG-39 / Interferon-induced 54 kDa protein / IFI-54K / P54


分子量: 51702.301 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 7-448 (Uniprot numbring) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifit2, Garg39, Ifi54, Isg54 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64112
#2: タンパク質 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 / IFIT-3 / Glucocorticoid-attenuated response gene 49 protein / GARG-49 / P49 / IRG2


分子量: 44740.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifit3, Garg49, Ifi49, Isg49 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64345
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric complex of Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 and Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.10222558 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClNH2C(CH2OH)3HCl1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2355
詳細: Images were collected on a Gatan K2 summit detector equipped with a Gatan BioContinuum energy filter
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU1画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 268606
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80378 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 107.7 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.22 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036873
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5689234
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.414910
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04967
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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