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- EMDB-47982: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47982
タイトルChicken BEST1 bound to GABA in an open state
マップデータ
試料
  • 複合体: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: water
キーワードbestrophin / ion channel / GABA / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / glutamate secretion / protein complex oligomerization / regulation of calcium ion transport / chloride channel complex ...membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / detection of light stimulus involved in visual perception / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / glutamate secretion / protein complex oligomerization / regulation of calcium ion transport / chloride channel complex / regulation of synaptic plasticity / presynapse / basolateral plasma membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pant S / Long SB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: The pentameric chloride channel BEST1 is activated by extracellular GABA.
著者: Swati Pant / Stephanie W Tam / Stephen B Long /
要旨: Bestrophin-1 (BEST1) is a chloride channel expressed in the eye and other tissues of the body. A link between BEST1 and the principal inhibitory neurotransmitter -aminobutyric acid (GABA) has been ...Bestrophin-1 (BEST1) is a chloride channel expressed in the eye and other tissues of the body. A link between BEST1 and the principal inhibitory neurotransmitter -aminobutyric acid (GABA) has been proposed. The most appreciated receptors for extracellular GABA are the GABA G-protein-coupled receptors and the pentameric GABA chloride channels, both of which have fundamental roles in the central nervous system. Here, we demonstrate that BEST1 is directly activated by GABA. Through functional studies and atomic-resolution structures of human and chicken BEST1, we identify a GABA binding site on the channel's extracellular side and determine the mechanism by which GABA binding stabilizes opening of the channel's central gate. This same gate, "the neck," is activated by intracellular [Ca], indicating that BEST1 is controlled by ligands from both sides of the membrane. The studies demonstrate that BEST1, which shares no structural homology with GABA receptors, is a GABA-activated chloride channel. The physiological implications of this finding remain to be studied.
履歴
登録2024年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.64
最小 - 最大-1.7680428 - 5.2734456
平均 (標準偏差)0.0012243397 (±0.06452896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47982_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47982_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chicken BEST1 bound to GABA in an open state

全体名称: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state
要素
  • 複合体: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state

超分子名称: Chicken BEST1 bound to GABA in an open state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 203.5 kDa/nm

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分子 #1: Bestrophin 1

分子名称: Bestrophin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 40.761727 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: TVTYTNRVAD ARLGTFSQLL LQWKGSIYKL LYSEFLIFIS LYFAISLVYR LILSESQRLM FEKLALYCNS YAELIPVSFV LGFYVSLVV SRWWAQYESI PWPDRIMNLV SCNVDGEDEY GRLLRRTLMR YSNLCSVLIL RSVSTAVYKR FPSMEHVVRA G LMTPEEHK ...文字列:
TVTYTNRVAD ARLGTFSQLL LQWKGSIYKL LYSEFLIFIS LYFAISLVYR LILSESQRLM FEKLALYCNS YAELIPVSFV LGFYVSLVV SRWWAQYESI PWPDRIMNLV SCNVDGEDEY GRLLRRTLMR YSNLCSVLIL RSVSTAVYKR FPSMEHVVRA G LMTPEEHK KFESLNSPHN KFWIPCVWFS NLAVKARNEG RIRDSVLLQG ILNELNTLRS QCGRLYGYDW ISIPLVYTQV VT VAVYSFF LACLIGRQFL DPEKAYPGHE LDLFVPVFTF LQFFFYAGWL KVAEQLINPF GEDDDDFETN WLIDRNLQVS LMA VDEMHQ DLPILEKDLY WNEPDPQEGE EF

UniProtKB: Bestrophin 1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

分子名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ABU
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 382 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 43.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6n28

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 987499
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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