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タイトルThe pentameric chloride channel BEST1 is activated by extracellular GABA.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 16, Page e2424474122, Year 2025
掲載日2025年4月22日
著者Swati Pant / Stephanie W Tam / Stephen B Long /
PubMed 要旨Bestrophin-1 (BEST1) is a chloride channel expressed in the eye and other tissues of the body. A link between BEST1 and the principal inhibitory neurotransmitter -aminobutyric acid (GABA) has been ...Bestrophin-1 (BEST1) is a chloride channel expressed in the eye and other tissues of the body. A link between BEST1 and the principal inhibitory neurotransmitter -aminobutyric acid (GABA) has been proposed. The most appreciated receptors for extracellular GABA are the GABA G-protein-coupled receptors and the pentameric GABA chloride channels, both of which have fundamental roles in the central nervous system. Here, we demonstrate that BEST1 is directly activated by GABA. Through functional studies and atomic-resolution structures of human and chicken BEST1, we identify a GABA binding site on the channel's extracellular side and determine the mechanism by which GABA binding stabilizes opening of the channel's central gate. This same gate, "the neck," is activated by intracellular [Ca], indicating that BEST1 is controlled by ligands from both sides of the membrane. The studies demonstrate that BEST1, which shares no structural homology with GABA receptors, is a GABA-activated chloride channel. The physiological implications of this finding remain to be studied.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40249777 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.95 - 2.62 Å
構造データ

47982

9efz

EMDB-47982, PDB-9efz:
Chicken BEST1 bound to GABA in an open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.95 Å

47991

9egm

EMDB-47991, PDB-9egm:
Human BEST1 bound to GABA in an open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

47995

9egq

EMDB-47995, PDB-9egq:
Human BEST1 bound to GABA in an intermediate state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

47996

9egs

EMDB-47996, PDB-9egs:
Human BEST1 in an inactivated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

47997

9egt

EMDB-47997, PDB-9egt:
Human BEST1 in an open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA / 神経伝達物質, 阻害剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bestrophin / ion channel / GABA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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