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万見
- EMDB-47949: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47949
タイトルTubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome instability protein 1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein CIN4
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Designed ankyrin repeat protein -- Darpin
    • タンパク質・ペプチド: Protein PAC2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードTubulin / cofactors / Tubulin cofactors / Tubulin biogenesis / Tubulin degradation / microtubules / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / GTPase activator activity / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / protein folding ...post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / GTPase activator activity / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / protein folding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-folding cofactor D / : / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeat / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeats / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / : / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain ...Tubulin-folding cofactor D / : / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeat / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeats / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / : / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Leucine Rich repeat / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / GTP-binding protein CIN4 / Protein PAC2 / Chromosome instability protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Sus scrofa (ブタ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Taheri A / Al-bassam J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of the tubulin cofactors reveal the molecular basis of alpha/beta-tubulin biogenesis.
著者: Aryan Taheri / Zhoaqian Wang / Bharti Singal / Fei Guo / Jawdat Al-Bassam /
要旨: Microtubule polarity and dynamic polymerization arise from the self-association properties of the αβ-tubulin heterodimer. For decades, it has remained unclear how the tubulin cofactors TBCD, TBCE, ...Microtubule polarity and dynamic polymerization arise from the self-association properties of the αβ-tubulin heterodimer. For decades, it has remained unclear how the tubulin cofactors TBCD, TBCE, TBCC, and the Arl2 GTPase mediate the biogenesis of αβ-tubulin from individual α- and β-tubulins. Here, we use cryo-electron microscopy to determine structures of tubulin cofactors bound to αβ-tubulin. TBCD, TBCE, and Arl2 form a heterotrimeric cage-like assembly, we term TBC-DEG, around the αβ-tubulin heterodimer. The TBC-DEG-αβ-tubulin structures show that TBC-DEG wraps around β-tubulin while TBCE extends along α-tubulin. The TBC-DEG/TBCC-αβ-tubulin structures reveal that TBCC forms multi-domain interactions with Arl2 and TBCD to engage the αβ-tubulin intradimer-interface, promoting TBCE rotation while TBCD holds β-tubulin. TBCC engages the GTP-bound Arl2, multiple sites of TBCD, and the native αβ-tubulin intradimer interface near the α-tubulin N-site GTP. Together, these structures uncover transition states for αβ-tubulin biogenesis and degradation, suggesting a vise-like, GTP-hydrolysis-dependent mechanism in which TBCC binding to TBC-DEG modulates αβ-tubulin interfaces. Our studies provide structural evidence that tubulin cofactors act as enzymatic regulators that assemble the invariant αβ-tubulin architecture. By catalyzing α- and β-tubulin biogenesis and degradation, the TBC-DEG and TBCC assemblies regulate the polymerization competency of αβ-tubulin for microtubule formation.
履歴
登録2024年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47949.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 529.6 Å		1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 529.6 Å		1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 529.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.324 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0343
最小 - 最大-0.0017621794 - 1.9670148
平均 (標準偏差)0.0003521891 (±0.0142941065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 529.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer

全体名称: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer
要素
  • 複合体: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome instability protein 1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein CIN4
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Designed ankyrin repeat protein -- Darpin
    • タンパク質・ペプチド: Protein PAC2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer

超分子名称: Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Chromosome instability protein 1

分子名称: Chromosome instability protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 117.608211 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHNNI RALLDSIQSG VQTVSPEKHQ QTIAAINKFQ DDPALLDTIL PRCVPLLTKS FFCMSQRDQK LVAELFYNLD KISHSKVLK SLDTSIFRLN EILNYLQDRA SPSSFSDVLC VYLNLSWLSV ILLSPYAFKD KFNKTLQVSS RFENYPICIP P INKIKAVL ...文字列:
MHHHHHHNNI RALLDSIQSG VQTVSPEKHQ QTIAAINKFQ DDPALLDTIL PRCVPLLTKS FFCMSQRDQK LVAELFYNLD KISHSKVLK SLDTSIFRLN EILNYLQDRA SPSSFSDVLC VYLNLSWLSV ILLSPYAFKD KFNKTLQVSS RFENYPICIP P INKIKAVL YFKNFTDAFD QLPEREQANV PFLNQFLKLF IQSSEKANYY FSNENLRHLQ QVALSNDGIK LLPKLFQISF NH GSHDILD AIVEFFHDHL SSNSTDTRFQ LAHSFAKIAK FLHQADPASF IELIDYTIEN TVSLLQAPCD SIDSNELHTS LLI IAEVAL AKILPIDLVD RVLTLIIPKT CHFQKSHFQI IKGHHIRDST NFIIWSVIRS NRSNSLSPQV LQSLLSHLLI NAFF DPELI IRYSSFAALQ ELLGRSNKSL ALNQNDIALI LQANWKDLPR SFEENSGLIR RLFNPENTSK SAVCVWKVFR DWSFN WNLL ENLHLTTMKL NIDYNLVPLI KSKLSSPALL QEVLNKAGSS VTQNCQILYL YLKLFENDVN CPKISEICID IYQKKI KFQ LTTQAKRQFN DNSPELFQIF VILKYWQLTG QNDFNQELFW KFVDIVSPQK KLNLYNEFIP IIQQIISQCV SLNYTRI VQ LIKSDNELTC RSICHMPDQE KMCSLFFSQF PLLSPQSRSL LIGELDHHWD VRISLLPSNS YRKFRNIIIN CLDDYTIT Q QGDVGRLVRI QALKLMQSHP DFLSGDCDSI NPKLTRLLAE PVPEIRKLSY QLLASATSQI TVLSDSSILN FRHKQGLSE EFWKGYAVSA GAIHFTDSQL TSSIDSFIVY YRSLSPSQQL ELCHDLIRII PSAKQIAESR IRDRNKDPLT GGMRFDTIKF TIHCVKFWT RIMESGLVVL HPNFNFQGVF AKFYNLHLLD CTTLRVSVIK FFPFLAISCY HTMRENADQK NLSNIILKRL L VLVKREYA ATKSKFMTDQ NVALQGMFQI FLELGVTRQL QALQVACQKH ELANILESDI TL

UniProtKB: Chromosome instability protein 1

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分子 #2: GTP-binding protein CIN4

分子名称: GTP-binding protein CIN4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.096717 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGLLSIIRKQ KLRDKEIRCL ILGLDNSGKS TIVNKLLPKD EQNNDGIMPT VGFQIHSLMI KDVTISLWDI GGQRTLRPFW DNYFDKTQA MIWCIDVSLS MRFDETLQEL KELINRDENR IGYECAVIVV LNKIDLVEDK SELHRRCLLV ESELKCLFKP D IRIELVKC ...文字列:
MGLLSIIRKQ KLRDKEIRCL ILGLDNSGKS TIVNKLLPKD EQNNDGIMPT VGFQIHSLMI KDVTISLWDI GGQRTLRPFW DNYFDKTQA MIWCIDVSLS MRFDETLQEL KELINRDENR IGYECAVIVV LNKIDLVEDK SELHRRCLLV ESELKCLFKP D IRIELVKC SGVTGEGIDN LRDRLVESCH FTQ

UniProtKB: GTP-binding protein CIN4

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分子 #3: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.121266 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRAHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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分子 #4: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #5: Designed ankyrin repeat protein -- Darpin

分子名称: Designed ankyrin repeat protein -- Darpin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.955262 KDa
配列文字列:
MRGSHHHHHH GSDLGKKLLE AARAGQDDEV RVLMANGADV NATDASGLTP LHLAATYGHL EIVEVLLKHG ADVSASDLMG STPLHLAAL IGHLEIVEVL LKHGADVNAV DTWGDTPLRL AAVMGHLKIV EALLKHGADV NAQDKFGKTA YDTSIDNGSE D LAEILQKL N

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分子 #6: Protein PAC2

分子名称: Protein PAC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: Chain E contains a well-resolved C-terminal region that was modeled with full side-chain identities. Density for the LRR and CAP-Gly domains is weaker and discontinuous, consistent with ...詳細: Chain E contains a well-resolved C-terminal region that was modeled with full side-chain identities. Density for the LRR and CAP-Gly domains is weaker and discontinuous, consistent with flexibility of this portion of the protein in the complex. Therefore, residues in these regions are modeled as poly-alanine to represent the backbone trace and overall topology only (listed as UNK in the entry). Side-chain identities are not asserted in these low-density regions. The sequence register is anchored by the well-resolved C-terminal domain and supported by the AlphaFold prediction.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 41.916664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)QSLVLK IKIRAGKKPS SDLDYWVLPS FTVR YVKSV ICRKLNFDIL NVKLFHENSE GMINEIKYNF RPISDFNVVN GDIIHVSSPV NNKSIQKVNS PS

UniProtKB: Protein PAC2

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分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 275487
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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