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万見
- EMDB-47687: CryoEM structure of PAR2 with GB88 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47687
タイトルCryoEM structure of PAR2 with GB88
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of PAR2 with G proteins and GB88
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase-activated receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha chimera
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-{[(2S,3S)-3-methyl-1-oxo-1-(spiro[indene-1,4'-piperidin]-1'-yl)pentan-2-yl]amino}-1-oxopropan-2-yl]-1,2-oxazole-5-carboxamide
キーワードPAR2 / GB88 / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / : / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / mature conventional dendritic cell differentiation / leukocyte proliferation / positive regulation of glomerular filtration / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway ...positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / : / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / mature conventional dendritic cell differentiation / leukocyte proliferation / positive regulation of glomerular filtration / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / thrombin-activated receptor activity / positive regulation of actin filament depolymerization / cell-cell junction maintenance / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of pseudopodium assembly / T cell activation involved in immune response / positive regulation of cytokine production involved in immune response / positive regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of chemokine production / neutrophil activation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of JNK cascade / establishment of endothelial barrier / regulation of JNK cascade / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of positive chemotaxis / leukocyte migration / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of blood coagulation / pseudopodium / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of chemokine production / positive regulation of GTPase activity / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of interleukin-6 production / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of type II interferon production / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / blood coagulation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / vasodilation / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / signaling receptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / protease binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / defense response to virus / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit ...Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteinase-activated receptor 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Lyu X / Lyu Z / Malyutin AG / McGrath AP / Kang Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the activation of proteinase-activated receptors PAR1 and PAR2.
著者: Zongyang Lyu / Xiaoxuan Lyu / Andrey G Malyutin / Guliang Xia / Daniel Carney / Vinicius M Alves / Matthew Falk / Nidhi Arora / Hua Zou / Aaron P McGrath / Yanyong Kang /
要旨: Members of the proteinase-activated receptor (PAR) subfamily of G protein-coupled receptors (GPCRs) play critical roles in processes like hemostasis, thrombosis, development, wound healing, ...Members of the proteinase-activated receptor (PAR) subfamily of G protein-coupled receptors (GPCRs) play critical roles in processes like hemostasis, thrombosis, development, wound healing, inflammation, and cancer progression. Comprising PAR1-PAR4, these receptors are specifically activated by protease cleavage at their extracellular amino terminus, revealing a 'tethered ligand' that self-activates the receptor. This triggers complex intracellular signaling via G proteins and beta-arrestins, linking external protease signals to cellular functions. To date, direct structural visualization of these ligand-receptor complexes has been limited. Here, we present structural snapshots of activated PAR1 and PAR2 bound to their endogenous tethered ligands, revealing a shallow and constricted orthosteric binding pocket. Comparisons with antagonist-bound structures show minimal conformational changes in the TM6 helix and larger movements of TM7 upon activation. These findings reveal a common activation mechanism for PAR1 and PAR2, highlighting critical residues involved in ligand recognition. Additionally, the structure of PAR2 bound to a pathway selective antagonist, GB88, demonstrates how potent orthosteric engagement can be achieved by a small molecule mimicking the endogenous tethered ligand's interactions.
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47687.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 248.4 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 248.4 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.035 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-36.560265000000001 - 67.858599999999996
平均 (標準偏差)0.0020602788 (±1.0911336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 248.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47687_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47687_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PAR2 with G proteins and GB88

全体名称: Complex of PAR2 with G proteins and GB88
要素
  • 複合体: Complex of PAR2 with G proteins and GB88
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase-activated receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha chimera
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-{[(2S,3S)-3-methyl-1-oxo-1-(spiro[indene-1,4'-piperidin]-1'-yl)pentan-2-yl]amino}-1-oxopropan-2-yl]-1,2-oxazole-5-carboxamide

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超分子 #1: Complex of PAR2 with G proteins and GB88

超分子名称: Complex of PAR2 with G proteins and GB88 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.504446 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFRE

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #2: Proteinase-activated receptor 2

分子名称: Proteinase-activated receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.150348 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VDEFSASVLT GKLTTVFLPI VYTIVFVVGL PSNGMALWVF LFRTKKKHPA VIYMANLALA DLLSVIWFPL KIAYHIHGNN WIYGEALCN VLIGFFYGNM YCSILFMTCL SVQRYWVIVN PMGHSRKKAN IAIGISLAIW LLILLVTIPL YVVKQTIFIP A LNITTCHD ...文字列:
VDEFSASVLT GKLTTVFLPI VYTIVFVVGL PSNGMALWVF LFRTKKKHPA VIYMANLALA DLLSVIWFPL KIAYHIHGNN WIYGEALCN VLIGFFYGNM YCSILFMTCL SVQRYWVIVN PMGHSRKKAN IAIGISLAIW LLILLVTIPL YVVKQTIFIP A LNITTCHD VLPEQLLVGD MFNYFLSLAI GVFLFPAFLT ASAYVLMIRM LRSSAMDENS EKKRKRAIKL IVTVLAMYLI CF TPSNLLL VVHYFLIKSQ GQSHVYALYI VALCLSTLNS CIDPFVYYFV SHDFRDHAKN ALLCRSVRTV KQMQVSLTSK KHS RKSSSY SSSSTTVKTS Y

UniProtKB: Proteinase-activated receptor 2

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha chimera

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.972578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP TQQDVLRVRV PTTGIIEYPF DLQKVNFHMF DVGGQRSERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALND FK SIWNNRW LRTISVILFL NKQDLLAEKV LAGKSKIEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRVTRAKYFI RKEFVDISTA SGD GRHICY PHFTCAVDTE NARRIFNDCK DIILQMNLRE YNLV

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.285734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW ...文字列:
SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NAICFFPNGN AF ATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGHDNRVSCL GVT DDGMAV ATGSWDSFLK IWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.679721 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAA

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分子 #6: N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-{[(2S,3S)-3-methyl-1-oxo-1-(spiro[indene-1...

分子名称: N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-{[(2S,3S)-3-methyl-1-oxo-1-(spiro[indene-1,4'-piperidin]-1'-yl)pentan-2-yl]amino}-1-oxopropan-2-yl]-1,2-oxazole-5-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1BF3
分子量理論値: 546.7 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 301011
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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