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- EMDB-47604: Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome (C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47604
タイトルCryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome (Consensus Map)
マップデータPyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map
試料
  • 複合体: 70S ribosome
    • 複合体: 50S Subunit
    • 複合体: 30S subunit
キーワードRibosome / Translation / Hibernation / RNA
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Nissley AJ / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002182 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of an archaeal ribosome reveals a divergent active site and hibernation factor.
著者: Amos J Nissley / Yekaterina Shulgina / Roan W Kivimae / Blake E Downing / Petar I Penev / Jillian F Banfield / Dipti D Nayak / Jamie H D Cate /
要旨: Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be ...Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be nearly universally conserved. Here we identify clades of archaea that have highly divergent ribosomal RNA sequences in the PTC. To understand how these PTC sequences fold, we determined cryo-EM structures of the 70S and 50S ribosomes to 2.4 Å and 2 Å, respectively, from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis. PTC sequence variation leads to the rearrangement of key base triples, and differences between archaeal and bacterial ribosomal proteins enable sequence variation in archaeal PTCs. Finally, we identify an archaeal ribosome hibernation factor, Dri, that differs from known bacterial and eukaryotic hibernation factors and is found in multiple archaeal phyla. Overall, this work identifies factors that regulate ribosome function in archaea and reveals a larger diversity of the most ancient sequences in the ribosome.
履歴
登録2024年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 857.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.214 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8293 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.127
最小 - 最大-0.47983724 - 0.9991797
平均 (標準偏差)-0.00049007643 (±0.025097849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ608608608
Spacing608608608
セルA=B=C: 504.2144 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47604_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map (half map)

ファイルemd_47604_half_map_1.map
注釈Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map (half map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map (half map)

ファイルemd_47604_half_map_2.map
注釈Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome consensus map (half map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome

全体名称: 70S ribosome
要素
  • 複合体: 70S ribosome
    • 複合体: 50S Subunit
    • 複合体: 30S subunit

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#68
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)

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超分子 #2: 50S Subunit

超分子名称: 50S Subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4-#39
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)

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超分子 #3: 30S subunit

超分子名称: 30S subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3, #40-#68
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
10.0 mMKClPotassium Chloride
20.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium Acetate
3.0 mMC10H26N4Spermine
2.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2360632
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 129829
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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